故事发生在一代大爆炸前30分钟，一代主角在追捕Paxton Fettel过程找到的各类证据，都证明ATC总裁Genevieve Aristide有罪。二代主角Becket是三角洲部队的成员，他和队友前往Genevieve Aristide的住所，逮捕她。但是Genevieve Aristide的住所，正被ATC董事会雇佣的佣兵攻击。当主角找到Genevieve Aristide时，她对主角说起Harbinger计划，并称主角和他的队友是对付Alma的唯一希望。当她要详细解释时，一代主角引爆了反应堆，产生了巨大的爆炸，而主角则被震晕。
主角苏醒时，发现Genevieve Aristide指挥的几个医生正对他进行手术。当他完全醒来后，他发现他在一个地下医院，而ATC董事会的雇佣兵正在准备炸毁医院，以毁尸灭迹。在逃往地面的过程中，主角遭到Alma的袭击，而一个自称Snake Fist的人，对他提供帮助，并告诉他因为手术，主角的精神力量大大增加，变得更加醒目，造成Alma要吸收主角。 逃到地面后，只剩下四人的队伍，前往Snake Fist藏身的Wade小学。在小学中，主角发现这里是ATC “Paragon“计划的实验场所。同时主角还得知所谓的”Harbinger“计划就是制造类似一代中Paxton Fettel的精神力量指挥官，以控制克隆士兵。而主角和另一幸存队友Keegan是最有希望成功的。在地下实验室，主角找到了实际上是ATC也就人员的Snake Fist。被克隆杀手杀死之前Snake Fist告诉主教，要战胜Alma，就需要Still Island上（一代中囚禁Alma的地方）的精神力量加强器，加强主角的精神力量，战胜Alma。
在赶往Still Island途中，Keegan独自一人离开了，主角追了上去。但是因为克隆士兵的攻击，而一直没追到。最后主角与队友会合后，与女上尉一起前往精神力量加强器。当上尉要开启加强器时，Genevieve Aristide出现，打死了上尉i，阻止加强器的运行。她告诉主角因为Origin计划的败露，她对董事会已经失去了利用价值。为了拥有与董事会谈判的砝码，她要囚禁Alma。以Alma作为谈判筹码。而方法就是将Alma关在这个加强器中，游戏开始时手术就是加强主角的精神力量，而Alma对精神力量极其敏感，这样主角就成为了诱饵，将Alma引到Still Island。 这时Alma突然出现，Genevieve Aristide将Alma和主角一起关在了加强器里。
主角发现自己处在一个幻境之中，当他要开启加强器时，Keegan突然出现攻击主角，同时叫嚷着为什么不是我？？ 最后主角击败了Keegan并启动了加强器。这时主角发现自己退出了幻境并被封在加强器内。突然加强器打开，主角发现Alam站在他面前，身后是一片废墟。而且Alma怀孕了。Alma走向主角，把他的手放在肚子上，主角听到了一个女声叫唤”Mummy“
二代的结局留下可很多悬念。。。。。。。。。。。那孩子是不是Becket？？Alma为什么要吸收Becket？？为了Becket拥有的强大精神力量？？为了和Becket生个孩子？？为了找一个Paxton Fettel的替代者来控制克隆军队？？还有一代的主角到底则么样了？？
ATC的各个计划，下面的东西在最后一关的一个资料盘上。
Icarus 计划
ATC在1973展开的关于微重力下人体状况的生物工程方面的研究。这个计划因为Perseus计划而取消。现在这个计划所剩下的不过是几个拥有快速反应和强大力量的超级士兵原型体。
Origin计划
这个计划原本是通过Alma的DNA来制造原型体，但是Harlan Wade认为精神力量未必就是完全基因方面的。所以他使Alma怀孕，产下了两个原型体。而Alma则一直处在人造昏迷状态。
Alma产下的第一个原型体（主角），起初被认为是失败。过一段时间后，Alma再次怀孕并产下了第二个原型体（Paxton Fettel）。在Paxton Fettel十岁时，Alma和他拥有了精神联系，这个造成了Paxton Fettel爆走，并杀死了数名研究人员。这个事件时Origin计划被终止，研究基地被封闭，Alma的生命维持机也被暂停。Harlan Wade声称Alma在这之后六天，死去了。
一代游戏开始前，Genevieve Aristide再次启动Origin计划，她派出人员进入研究基地，并打开了封存Alma的封闭仓，这使得Alma的精神力量散播出去，并和Paxton Fettel再次发生精神联系，这次联系，造成了Paxton Fettel的反叛，也就是一代游戏的开始。
Perseus计划
这个计划包括了Origin计划中出生的Paxton Fettel。 Paxton Fettelzu作为指挥官，用他的精神力量来控制克隆部队，这支部队最后因为Alma的复苏而造反，游戏中的大多数敌人都是他们。
Harbinger计划
这时Origin 计划的后继者，目的是制造更多，更可靠的精神力量指挥官，二代主角和他的数位队友都是这个计划的选中者。在二代里的医院就是这个计划的实验基地，主角遇到了很多失败的实验品。
Paragon计划
这是一个长期的研究计划，目的是在Wade小学学生中寻找拥有精神力量天赋的小孩，将他们发展成精神力量的使用者。在小学的地下实验室内研究人员对学生进行暗示, 药物,甚至秘密手术，以激发他们的能力。Alma曾经也是这里的学生，因为她拥有的强大力量和不稳定性而被转移。
