自开天辟地，鸿钧讲道始，世间万物便是阴阳相生，对立统一的。矛盾最突出的阐教和截教两教分别选择支持各自认可的首领，来建立劫后的新格局。公元前1100年间，乃千年浩劫来临之际。陈塘关总兵官李靖的夫人怀胎三年不产子，只因哪吒的化身正在集中精力解决一件棘手的事，就是要挫败龙三（东海龙王三太子）的阴谋。阴暗邪恶的龙三，此时正处心积虑的筹谋篡位及毁灭西歧的阴谋。为了壮大自己的力量，他用法术把掌握海之神力的龙女迷惑了心智，让其成为摧毁所有正义力量的“魔女”。玩家进入波澜壮阔的《封神2》世界后，首先要做的便是协助哪吒化身一起拯救龙女。当龙三最终被赶走，龙女恢复了心智并成为玩家修真封神路上的朋友，而世间所面临的威胁，仍是随时卷土重来的龙三。为了保护西歧，哪吒将继续肩负他的使命，用他真正的肉身杀死龙三。
