第四章
阴谋の影
回到卫星的众人还来不及歇息，居然因为可能被SEED感染而收到了医疗室的强制检查（如果玩家选的是机器人，则不用接受这一优惠活动）。万幸的是我们还算健康，只有冰河被勒令2次检查，看来这和他前作在HIVE内发生的某些事件有关。心情还没平静下来的莱娅不久就被老同学玛雅（マヤ）给骗过去了，不过这难得的老友重逢立刻就被轰鸣的警报声给破坏了，原来殖民星内用做实验的原生生物突然全部逃了出来。这下又有的忙了
ACT1
有了玛雅这样的FO加入，战斗自然轻松多了（虽然本来就不难），关卡没什么难度，依然是凑钥匙的老套路
稍做补给后，得知控制室居然做出丢弃部分设施来控制局势的决定，托尼奥（トニオ）和雷欧负责去阻止这愚蠢的计划，而我们就是负责尽可能在剩余时间内救更多的人
ACT2
这次要在15分内救援6人，时间很吃紧，和怪物的战斗要速战速决。至于救援，靠近伤者会有音效提示，再用ゴーゲル查看附近的废墟堆，再用打击系武器破坏就可以了（这里FO和RA一定要配把单手剑）
接着玛雅和尼维（ネーヴ）老师去负责寻找失踪的守护者总裁奥贝鲁·达尔刚（オーベル·ダルガン），而我们继续净化被污染的生物第2个场景只要全灭原生生物就可以了之后总裁奥贝鲁·达尔刚突然出现，原来莱娅是奥贝鲁·达尔刚的养女。
玛雅名片入手
开放任务：
エンドラムの残
第五章
疑惑の溪谷
这次要去ビストニア废墟搜寻托姆雷因（トムレイン）博士和伊尔米那斯的人员，尼维老师同行。
ACT1
这里有不少喷火怪，不过AI不高，绕身后就可以。
来到下一场景，莱娅似乎发现伊桑也在此地，之后据点补给去废坑内
ACT2
通道、开关都有陷阱，四把钥匙都是打喷火怪出来的，还有数量不少的连射炮台，伤害很高，不要硬着头皮上。随后遇到伊桑，得知伊尔米那斯为了使人类获得最高统治权制造了名为ガジェット的爆弹来消除人类以外的种族文明。之后接到玛雅的通信，本该住院的冰河失踪。
尼维名片入手
开放任务：
矿山防卫
第六章
ヒューガ救出作战
一路追着玛雅来到列车上，还是联系不到，只能在车上进行搜索了
ACT1
3号车：要获得钥匙只能硬头皮闯一连串的炮台了，最好有双头的冲刺技能，可以放心过去。之后的场景还会有炮台，不过这次可以击破，远距离攻击搞定后后继续前进。
2号车：无特别
1号车遇到玛雅，粗心大意的玛雅不小心启动了保镖机器，我们只能去收拾残局了，干掉100个机器后过关，之后本该在沙漠就被干掉的马卡西再次出现，从马卡西和士兵的谈话中得到了一些情报。
ACT2
有一排红色机关别乱踩，先用眼睛扫一遍，在补充体力和PP值后进行最后的杂兵战
冰河名片入手
开放任务：
货物列车救援
