《海底两万里》采用动画般的章节模式来进行叙事，同时结合SLG与AVG两种要素。玩家将从精于机械的（约翰）的观点，和拥有神秘力量的女主角（娜汀亚）一起经历古文明寻访之旅，同时品尝一段酸甜交织的爱恋滋味。当然除了男女主角外，动画中的鹦鹉螺号船长、副船长艾特拉、葛兰蒂丝三人组等重要角色也都会全员到齐，另外还新增金发千金苏菲雅、黑发眼镜娘拉斯等多位角色，而这些美少女似乎会因为游戏中选项的不同，和玩家发展出比女主角更加亲密的关系！
在游戏内容上，SLG部分以鹦鹉螺号的潜舰战斗来呈现，玩家必须扮演尼莫船长在有限时间内依照雷达画面与情报做出正确回避动作，和选用适当兵器反击敌人获取胜利，有时则是以到达指定地点摆脱敌人追击为目的，战斗中的各种动作会以动画呈现。AVG模式则以发展人际关系和获取游戏线索为主要目的，就像樱花大战一样，随着玩家的行动方针与对话选项的差异，将会对剧情和结局与人物好感度产生影响，也决定是否能完美收藏游戏中的大量事件CG。
