游戏方式
初次玩《黑暗孢子》游戏时，游戏会向玩家详细介绍《黑暗孢子》的背景故事，接著带你进入教学关卡。
玩家要开始教学关卡，点击导览画面上的“开始”（Start）。教学关卡会介绍游戏的基本操作方式，包括移动、攻击、使用特殊能力以及切换队伍中不同英雄角色。如果玩家忘记了任何游戏操作方式，“附录”中提供了快速参考表。当完成教学关卡后，按“返回太空船”（Return to Spaceship）离开教学关卡。
玩家的太空船是玩家的大厅画面，在这里玩家可以：
1.透过“军械库”（Arsenal）查看及变更基因英雄小队
2.透过“编辑器”（Editor）编辑与升级英雄
3.透过“导览”继续战斗或投入 PvP 竞技场
这些选项都可透过画面右上方的选单列找到。然而，离开教学关卡时，这些选项会被锁定，直到你彻底结束教学关卡。
玩家返回太空船时，游戏会先要求玩家选择第三名角色。在教学关卡中，玩家已解开了三名初始角色中的其中两名，但队伍还有一个空栏位、共有三名“经重新改造的”英雄让玩家挑选（上图中的方块2）。玩家标记想使用的英雄，然后选择“启用”（Activate）解开他。
要将新启用的英雄加入玩家的队伍，点击空的队伍栏位，然后点击新英雄。一旦选好了角色并补满了队伍，前往“编辑器”（下图右上角）初次升级英雄。
编辑你的角色：
编辑器画面会显示编辑中的角色，以及四个主要控制面板：
1.物品清单显示了编辑中英雄可使用的组件。利用物品清单上方的六个标签，切换不同类型的组件。
2.属性面板显示了你的角色的目前属性，以及安装新组件对属性造成的影响（将游标移至物品清单内的组件上方，查看其属性，并查看角色属性会受到什么样的影响）。
3.中央面板显示了编辑中的英雄等级、类型、兵种。
4.玩家可以按右下方的角色选择钮，如此便可变换收集来的角色，而无须返回上个选单画面。
要替角色增添组件，从物品清单中拖出组件，然后拖曳至角色上。将组件移至适当位置，然后调整大小 – 当滑鼠游标置于组件上时会出现操作选项，这时可滚动滑鼠滚轮进行选择。
增添新的组件需消耗 DNA 点数。可用的 DNA 总点数会显示在物品清单面板底部（上图中的方块 1）。本次编辑目前耗损的点数会以红色显示。
当玩家完成角色编辑，按画面右下角的“完成”（DONE）可返回“军械库”画面。
合作游戏
美商艺电指出，《黑暗孢子》骨子里是一款合作游戏，可让至多四名玩家组成队伍同乐。玩家可以按下“配对游戏”（Matchmaker）与其他在线玩家共组队伍进行游戏，或者可以事先创造一支队伍并邀请他人加入自己。
在导览画面中点击“邀请”（Invite）
前往“大厅”（Lobby）查看目前正在进行游戏的所有玩家
·要邀请某人，选择“邀请加入队伍”（Invite to Party）
·要增加某人至你的朋友名单，选择“增加朋友”（Add Friend）
玩家最多可邀请 3 名其他玩家加入队伍
当玩家组好一支队伍后，提出邀请的玩家可以开始战役。
要开始战役 – 所有队员必须在“导览”画面中 – 选择“战役”（Campaign）。
游戏会将下个战役关卡标示出来给玩家看。按“开始”（Start）传送至下个关卡。
当然，玩家可以独自继续战役，但此举不只会令后面的关卡非常困难，玩家也会错过《黑暗孢子》的重头戏。
