第二章 邪恶机器
获得总部的同意后，Konoko和两个同伴来到Musashi工业，接待处小姐与Konoko周旋的同时按响了内部警报器，很快就有BGI士兵从大厅两旁冲出（存盘点1）。消灭他们后穿过大厅右侧的门，操作控制终端把旁边的门打开，在门右侧的终端里有一些关于“死亡之脑”计划的资料，其中提到BGI将展开一次大规模行动以实验他们的新型自控机器人，为此他们必须分散TCTF的注意力。继续前进，穿过几个几乎空无一人的房间后，Musashi工业的安全系统竟然自行动作，将Musashi工业的所有出口关闭了！Konoko意识到中了敌人的调虎离山之计，立刻向总部汇报了这一情况，但在总部证实这一推测之前她只能继续呆在这里寻找BGI的犯罪证据。
Konoko在走廊另一头的房间里（存盘点2）找到一个控制终端，打开了前厅二楼的门。开门回到前厅，干掉附近的敌人后得到一把SML3离子步枪和一些补给品。从二楼的门进入厂房内部，在右边的墙角里有一个能量匣。Konoko发挥SML3准确的优势，逐个把厂房里的敌人点倒之后又缴获了BGI士兵的蜂巢火箭发射器。从厂房另一头的小门上楼（存盘点3），通讯器忽然响了，Griffin先生发来消息说Konoko的猜测已得到证实——BGI正在攻击离此地10分钟路程的一个研究所，总部已经派队前往那里。他命令Konoko尽快前往增援，但在前往增援之前必须先想办法离开这里。穿过两扇门来到1号控制室，这里有一扇带棕黄色矩形标志的门打不开，Konoko只好先穿过防御带，用滑行动作从激光光栅下面钻过去。通道另一端是2号控制室，里面有一个控制终端，用它关闭过道一侧房间里控制终端前的激光光栅，回到过道里进入那个房间，棕黄色矩形标志的控制终端正在这个房间里。这时Shinatama发来消息说她探测到Musashi工业内部的实验室使用了生物控制系统，该系统还有抗干扰和反入侵能力——是“死亡之脑”！如果能控制“死亡之脑”就能进入安全系统，所以Konoko计划先找到“死亡之脑”。进入刚才打开的棕黄色矩形标记的门，操作控制终端打开过道另一侧有蓝色矩形标记的门，进去打翻几个敌人后再次操作控制终端，2号控制室里的门被打开了。回到走廊穿过防御带，进入那扇有黄色矩形标记的门，一个自称Kafelnikov博士的人惊慌失措地跑过来，他就是“死亡之脑”计划的主管人，原来这里就是“死亡之脑”所在地。Konoko把他赶走后来到楼下（存盘点4），Shinatama已经连入“死亡之脑”并切断了Musashi工业的内部网络，她正打算接入TCTF的安全节点，然后把“死亡之脑”孤立并控制住，但“死亡之脑”开始动作了！它打开了防卫系统，Konoko必须操作“死亡之脑”的断路器切断电路才能将它解决。Konoko按照Shinatama的提示连接上了4个断路器（必须重复做3次），在第3次合上所有断路器后，“死亡之脑”终于认输了……
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