第三章 谜题
离开Musashi工业后，Konoko立即赶到研究所。根据情报，这次攻击由BGI的头目Muro亲自领军，其目的是为了夺取基因改造工程所需要的器材。TCTF已经控制了研究所正门周围地区，但敌人封锁了正门，Konoko决定强行冲入。
着陆后Konoko马上要面对Syndicate最强的战士Barabas——一个身穿重甲、手持离子炮的巨人（存盘点1），Barabas的远战近战都很强，但弱点也很多，一是行动缓慢，二是离子炮聚能需要时间，三是非常依赖离子炮。Konoko抓住离子炮聚能的时候冲过去把他打翻在地，然后赶紧跑开，Barabas爬起来就想去捡离子炮，趁这空当儿Konoko又跑过来把他踢倒……二三十个回合后，Barabas终于支持不住，抛下一句“等着瞧吧！”就开动单人飞行器开溜了。
Konoko捡起附近的武器弹药，从左侧一扇小门进入研究所（存盘点2），解决掉一楼的两个散兵，打开两边实验室的门。这时楼上的敌人可能听到了什么响动，跑下来想查看一下，正好撞到枪口上。二楼和三楼都有不少敌人，不过研究员们也给了Konoko大量补给品。天台上就是研究所的制高点——警卫塔，只要占领了它就可以控制研究所门前的一整块区域。Konoko沿着楼梯直扑警卫塔，在塔顶只有一个BGI爆破手，打翻他后Konoko轻易夺取了警卫塔的控制权，TCTF的突击小组马上冲入研究所，但一楼大厅的敌人火力很猛烈，突击小组被压制在门外。这时刚才被打晕的爆破手爬起来想与Konoko同归于尽，Konoko急中生智把他扔到大厅里，结果大厅里的敌人反而遭了殃，突击小组不失时机地控制了一楼大厅。Konoko来到一楼大厅（存盘点3），协助突击小组解决掉隐藏在各楼层的敌人，打开三楼通往研究所后半部分的通道。穿过通道来到分解池旁，Muro已经将设备运到停车场，现在正在装货，但是一楼通向停车场的卷闸门已经关闭了，Konoko知道情况紧急，只好强行冲过天桥（千万小心不要掉进分解池）。来到楼下，操作控制终端打开卷闸门，可还是晚了一步，卡车已经启动了……第四章 尾随
Konoko跟踪Muro卡车来到机场，BGI早些时候袭击了这里，看来Muro想借混乱之机撤离。机场入口处一片狼籍（存盘点1），到处是尸体和燃烧的汽车残骸，Konoko干掉门外的BGI士兵，进入机场内部。操作控制终端打开候机厅的门，在几名机场工作人员的帮助下干掉候机厅和楼下通道里的敌人，来到停机坪（存盘点2），用缴获的SML3离子步枪远远地把大部分敌人都点倒。穿过停机坪来到另一侧的候机室（存盘点3），Muro果然在这里，他用一种奇怪的眼神盯着Konoko：“真令我感动，你的潜质居然几乎跟我一样强。但不幸的是，这意味着你对我来说将是一种威胁，我不能容忍任何威胁的存在。”潜质？是什么？趁Konoko迷惑之际，几个Muro的手下围了上来。Konoko三下五除二解决掉他们，操作控制终端打开通向修理库的门。来到修理库，干掉几个BGI士兵后进入控制室，却发现控制终端被锁了起来。只好先到对面的控制室找到开锁的终端，消灭闯入的两名士兵后，打开卷闸门，而Muro已经过去多时了。
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