第三章
HIVE扫讨作战
这次伊桑的好友前作的冰河（ヒューガ）与玩家一起执行第一个正式任务，但莱娅对于这个要签约保密书执行的任务颇为不满，身为守护者但得不到上头信任的她认为这样有损她的骄傲。多亏之后赶到的卡滋（カーツ，同是前作人物，身为机器人的他原本很蔑视其他种族，之后在伊桑的影响下渐渐改变，是同盟军中与守护者交情很好的一位）的劝说，莱娅勉强的签了自己的名字。之后的作战说明众人得知这次的任务是同盟军提出的，由守护者们协助去讨伐HIVE，冰河一行在听到还存在HIVE时感到十分的诧异，原来HIVE是那些小行星的代号，前作最后消灭的只不过是被SEED所侵蚀的小行星的一个而已，为了不让民众受到惊恐，所以才施行绝对保密政策。这次身为守护者的我们的主要任务是侵入HIVE进行内部破坏，为此出动了大量的守护者，莱娅一行也是其中之一。
ACT1
1号锁需要两把钥匙，注意有些敌人必须要击破箱子后才出现。这里的魔法系大型怪物非常难缠，HP多不说，魔法极其强劲，还会瞬移，给玩家们造成不少麻烦，推荐用浮空技来对付，不要让它有出手的机会。
第2个场景需要四把钥匙来开锁，有三把分散在箱子里（ゴーゲル扫一下就知道哪个箱子是有钥匙的了），地图较大，没办法 ，只能多跑跑了。全灭敌人后入手最后一个。之后发生剧情，守护者的先行部队死伤惨重，连雷欧（レオ）也受了重伤，冰河为了照看雷欧离队。
ACT2
这里有个小迷题，5个机关必须要一起打开才能过关，但每个机关只能支撑一分钟，之后会自动关闭。先把迷宫走一遍 ，怪物清光，了解下所有机关的所在位置，有一个机关所处的房间要踩灯才能打开，需要注意。这里要利用莱娅来稳住一个机关，这样玩家只需要自己抓紧时间去开其他四个就可以了，不过不是让莱娅站哪个机关前都可以的，必须让她站第2个机关处才能顺利完成，因为机关1到机关2和机关2到机关3的跑距离是相邻机关中最长的，把莱娅放第2个机关处就能避免这两段冤枉路所需要的时间了。之后重伤的两位守护者居然SEED化了，发生战斗。
接着和卡滋失去联系，感到中央制御室后BOSS战BOSS依然是前作的ダルケ.ファキス没什么变化，把玩家吹飞的雾依然很讨厌，要抓紧攻击其主体。BOSS的攻击都没什么威胁，而且没有第2形态，没必要留一手了。
结束后众人对这次任务产生了不少疑惑，到底这个任务是同盟军的要求还是GRM研究社方面提出的，以及和之前的岩矿发现的SEED实验场相似的机器和联系，神秘机构伊尔米那斯，众人还是一头雾水。
卡滋名片入手
开放任务：
双头の守护兽
暗黑の卫星
