第四章
阴谋の影
回到卫星的众人还来不及歇息，居然因为可能被SEED感染而收到了医疗室的强制检查（如果玩家选的是机器人，则不用接受这一优惠活动）。万幸的是我们还算健康，只有冰河被勒令2次检查，看来这和他前作在HIVE内发生的某些事件有关。心情还没平静下来的莱娅不久就被老同学玛雅（マヤ）给骗过去了，不过这难得的老友重逢立刻就被轰鸣的警报声给破坏了，原来殖民星内用做实验的原生生物突然全部逃了出来。这下又有的忙了
ACT1
有了玛雅这样的FO加入，战斗自然轻松多了（虽然本来就不难），关卡没什么难度，依然是凑钥匙的老套路
稍做补给后，得知控制室居然做出丢弃部分设施来控制局势的决定，托尼奥（トニオ）和雷欧负责去阻止这愚蠢的计划，而我们就是负责尽可能在剩余时间内救更多的人
ACT2
这次要在15分内救援6人，时间很吃紧，和怪物的战斗要速战速决。至于救援，靠近伤者会有音效提示，再用ゴーゲル查看附近的废墟堆，再用打击系武器破坏就可以了（这里FO和RA一定要配把单手剑）
接着玛雅和尼维（ネーヴ）老师去负责寻找失踪的守护者总裁奥贝鲁·达尔刚（オーベル·ダルガン），而我们继续净化被污染的生物第2个场景只要全灭原生生物就可以了之后总裁奥贝鲁·达尔刚突然出现，原来莱娅是奥贝鲁·达尔刚的养女。
玛雅名片入手
开放任务：
エンドラムの残
