引子
一日，诸葛村两小童萧啸天、皇甫云呤正在村外玩耍，忽然来了一些江湖客，为首的是三色鬼魔和毒手唐锁魂，正密谋暗杀武林大侠萧秋秋。萧啸天忍不住仗义出手，但不敌被擒。两人的父亲萧常剑、皇甫悟非赶到，怎奈不是这伙人的对手。这时，萧秋秋路过，杀散群寇。萧啸天等四人被天玄剑派“江山一剑”余逸空所救。皇甫悟非伤重不治，萧啸天、皇甫云吟拜入余逸空门下学文习武。
一、出山
十二年后，萧啸天和皇甫云吟已长大成人。一天两人正在练武，闻得师傅召唤，急忙来到天玄大殿，师傅命二人出外闯荡。出了天玄派，先去墓地拜祭皇甫老伯，下山返回诸葛村萧家，见家中满地血迹，向五叔打听，原来近日家中已有数人失踪。到后院书房仔细察看，发现一条秘道。正要秘道探“宝”，遭五叔阻挡，并得知关于武林秘宝－幽魂车的消息。回到萧家大厅，皇甫云呤出主意用软筋散放倒五叔。到村上方药店，老板要两人为他教训铁匠铺老板，选答应或拒绝都可。拒绝后，可到皇甫家取得软筋散。回家后骗五叔服下，搞定！进入秘道，见萧父倒在血泊中，秘道中有两个神秘人物钱阿龟、玄风八。与其交战，正在危急关头，幽魂车突然出现，铁、钱二人登车而去，并击杀五叔。将萧父和五叔埋葬后，去坟场小屋嘱咐两句。（千万要有礼貌，不然……）
二、惊艳
二人回到卧龙岗找师父，小师弟告知师父去了孟津城替姓“织”的祝寿。立刻赶往孟津城找到炽织天，得知师父已赶去诸葛村。出了炽家，云呤大叫肚子饿。去酒楼，碰上英雄会的几位香主在自吹自擂。教训他们一顿后，上楼与寒诸葛和自称“童化铁”的少年交涉，没想到这老头老奸巨滑，在酒菜中下了迷药，二人中计被迷倒。醒来后，见一年青公子正在欺负童化铁，萧啸天被寒老头威胁，只得扮成“天羽奇剑”欧自傲，吓退羁浪蝶。原来童化铁是一美貌少女卓灵灵改扮。萧啸天对她一见钟情，可惜卓灵灵不领情而去。二人出城后，被羁浪蝶盯上。还好这小子被一阵鬼叫吓跑了。接着又遇上鬼叫的“残金碎玉”夫妇，被逼进一个山洞。在山洞里找到一个无腿无眼的残废，谈话后才知是师伯欧自傲，他把掌门信物金虹剑传给萧啸天，并讲出当年与师父余逸空和一女子宋自涟的恩恩怨怨。师伯死后，两人到右首石室，杀出骷髅阵。出洞后又碰上“残金碎玉”，击败万碎玉。这对夫妇老羞成怒，欲施展“天杀地绝”神功，幸好师父余逸空赶到，吓退二人。回到卧龙岗不久，余逸空病故。
三、服毒
二人决定追查幽魂车的下落。在孟津城妓院中打听到武馆馆主指点四方知道些消息。去武馆踢馆，再去赌场与赌霸天赌一把，胜之，得知幽魂车是玄灵教镇教之宝，由司徒狂看管，并听说英雄会在酒楼聚会。到酒楼跟踪英雄会的香主到码头，被码头看守敲诈50两纹银，驾一叶扁舟赶往金陵。
到金陵城，碰上少林天龙暗算卓灵灵，正好演出一场“英雄救美”。陪灵灵在城内邀请些武林人士，顺便练练级。回到码头扶灵灵上船见英雄会帮主卓超然，没想到碰上羁浪蝶和他老爸劫余岛主羁无茫。和劫余岛门下动手，胜之。羁无茫正欲加害，这时绝心教教主来访。为证明萧啸天掌门的身份，与绝心教徒交战，胜之。冲上绝心教主的座船，被教主点中穴道。
醒来后，杀入座船底舱，发现绝心教主竟是师母宋自涟。在临安上岸，继续寻找幽魂车。按老办法去武馆踢馆，得知英雄会在临安观开会。赶到临安观，被三大堂主误会是花花公子羁浪蝶的帮凶。没办法，用武力解决。胜利后，误会解除。羁无茫杀到，强词夺理，并杀人灭口。(嘿嘿，此人甚合老夫心意。啊哟，哪位大虾用汽水瓶扔我)。卓超然约羁无茫在临安古刹决斗。赶到临安古刹，羁浪蝶正要暗算卓帮主，冲上去K他。决斗结果，两大高手一断臂，一中毒，答应卓超然为他护法。谁知，羁无茫用还魂丹断臂再生(壁虎哇！)。与羁老怪动手，被迫服下百日十龙丹。卓超然趁机打伤羁无茫，救下萧啸天并将女儿卓灵灵许配。想到自己只有百日生命，萧啸天忍痛拒绝。
四、冰释
离开临安古刹，二人到少室山脚下的酒店借酒消愁。听到少林寺几个和尚谈论卓灵灵闯寺被擒。与其动手(哈，有个和尚名叫石榴)，胜之。摇摇晃晃地杀进少林寺，打败天龙和尚(咦，这和尚和上次那个不一样)。到后院右首第二间房子破铜人阵，救卓灵灵。出门时碰上罗汉堂主持吾音，被这秃驴吊在树上。幸好三大堂主赶到相救。和卓灵灵等人去临安书院见寒诸葛。灵灵向啸天表达爱意，萧啸天想到仅剩百日生命，忍痛拒绝。卓灵灵伤心而去。萧啸天去酒店消愁，听说幽魂车在越村出现，二人急忙赶往临安西面的越村。去右下方越村书院瞻仰萧大侠遗迹，又碰上老对头三色鬼魔和唐锁魂。打败他们，救下铁玄岗之女铁惠。唐锁魂临死还要害人，铁玄岗夫妇及时赶到，救下众人。萧啸天从铁惠处得知灵灵已去恒山出家，决定不顾一切阻止。离开越村，又遇上幽魂车，二人驾车赶往恒山。途中遇上司徒狂和幽冥血奴的一场厮杀。一路杀上恒山，在恒山大殿击败老尼姑佛心，与灵灵冰释前嫌，和好如初。下山时，萧啸天毒发，决定回诸葛村了却残生。
五、救兵
回村途中，碰上黑金会的“七尸迎宾”。一道人出现，杀尽黑金会徒，并对灵灵出言不逊。和其动手，却发现是武当派的长风。打败长风，来到天山脚下，见一只受伤的信鸽。又和阴罗教交手，终于看到信鸽传出的消息“被困九阴谷”。在九阴谷救下寒诸葛，才知道卓超然等众多武林高手已失踪多日。萧啸天闯入九阴谷，发现卓超然等人被困在山洞里，情况危急。放出英雄会紧急令，然后冲入山洞。与山洞中众高手交谈，发觉武当松风道人有异。数次想杀出山洞不成，松风突然暗算少林天心大师，幸得萧啸天相救，并认出他就是幽冥血奴。这时援兵赶到，杀散邪派。追杀途中又遇上司徒狂走火入魔，吸了萧啸天的血，误打误撞，解了“百日十龙散”的毒，司徒狂却死翘翘了。
六、屠魔
三人去开封饮酒，打听到松风等人逃至黑天林。来到越村南方的黑天林，打败林主忘天株。找到剩余的一个党徒，卓灵灵单挑获胜，知道松风已逃往恒山佛光寺投奔他师父华孤求败。赶到恒山派，佛心老尼自杀以破门规，天心大师随之圆寂。萧啸天使用轻功“逝者如斯夫”，飞渡恒山绝壁，杀松风，及杀父仇人铁阿龟、玄风八。最后，决战华孤求败。
