在遥远的未来，地球人发现外太空有一个非常适合移民的星球，于是就派了殖民飞船兴高采烈的去了。结果一个星期后，在星球上登陆的考察队员和飞船上的殖民者遭到外星种族Kerak(有点像四条腿的昆虫)的攻击，５万人在此次袭击中丧生。随后，Kerak攻击了每一个地球人的定居点和殖民飞船，并势如破竹的向地球袭来。最后，Kerak对地球发起总攻并摧毁了地球。
在此之前的两个月，地球联邦就开始了逃亡计划。针对逃亡途中可能遇到的困难，地球联邦制订了非常严酷的规定，其中包括登船的人类将不享有任何的人权，以及在可能的食物短缺时，享有优先配给权的顺序。另外还有很多各种各样的建议，诸如在飞船上配备大量的军队和武器等由于各种原因没有被采纳。同时，地球联邦想尽一切办法，用尽一切手段安抚民众，并隐瞒了Kerak即将攻击地球的消息。但总有各种消息灵通人士想尽办法挤进逃亡飞船。
在总攻开始之前，成千上万的逃亡飞船被Kerak的飞船拦截并摧毁。最终，阿姆斯特朗号成为这次总攻惟一的幸存者开始逃亡。不幸的是，在逃亡之前，一艘Kerak的登陆舰避开了阿姆斯特朗号的火力攻击，并成功在阿姆斯特朗号后侧登陆。另外还有一艘Kerak战舰紧随其后。
逃亡飞船上的士兵做了顽强的抵抗，暂时压制住Kerak的进攻，并修复了飞船操作系统故障。作为飞船导航员(POLIT)的智能计算机，决定让所有人类进入冬眠状态，然后在飞船上释放毒气，希望能毒死所有的Kerak。
但是释放毒气的计划没有成功，面对Kerak凶猛的进攻，不受人权约束的POLIT做出了一个它认为惟一能够延续人类种族的决定：将平民和机器结合，制造一种比Kerak更强悍的战士。和一般的改造方案不同，这种结合方式主控方是计算机，而被改造的人类将脑死亡。
最初，POLIT通过电子网络将已经植入机械义肢的平民从冬眠中唤醒，并在他们还没有恢复意识的时候进行了改造。这些改造人投入对Kerak的战争之后，一开始并没有很快的扭转局势，于是更多的人类被改造。最后，POLIT将改造的目标转向了还没有植入义肢的人类。另一方面，POLIT对改造人的升级在不断继续，改造人变得更强大，同时也更不像人。
这时，不甘就范的人类面对两个敌人——Kerak和POLIT手下的改造人。遇到任何一方都是死，而貌似遇到改造人的结果更令人毛骨悚然。许多苏醒的人类用各种障碍和武器保护自己，开始了东躲西藏的地狱般的日子。
两周后，主角Walker从冬眠中苏醒，发现周围一片狼藉，和POLIT的通讯也处于时断时续。可怜的Walker和很多人类一样，不知道POLIT已经为人类准备了一个可怕的未来。在糟糕的通讯条件下，Walker意外地和指挥官Verga联系上，并得知他正全力搜救幸存者，并命令Walker也立即投入战斗。
Walker联系上一个女飞船驾驶员Gina，于是在Kerak的阻击中杀开一条血路，向Gina的藏身之处接近。遇到Gina的同时，他也第一次遇到了改造人。显然Gina也不清楚这些改造人的来历，但是改造人和Kerak相似的武器，让他们误以为Kerak残忍的制造了改造人。
在Gina的带领下，Walker突破两方敌人的重重防线，来到了飞船的医疗中心(MDC)。Gina娴熟的利用网络，将MDC和外界隔绝开来，并和POLIT取得了稳定的联系。POLIT决定和Walker合作消灭飞船上的Kerak，但它隐瞒了改造人的真相。Walker在MDC搜寻到一个HR-V机器人的部件，并成功将其拼装起来。至此，Walker终于有了自己的宠物。
Gina通过网络搜寻飞船上的生命迹象，发现有一个人体改造专家(名字忘了，姑且叫Old)在氧气仓利用自己的设备做最后的抵抗，于是Walker赶去救援Old。在救出Old的时候，Old将手头的一个电子眼送给Walker，声称可以提高Walker的战斗力。POLIT和Old都强烈建议Walker马上安装电子眼，但Gina对可怕的改造人心有余悸，极力反对。在后面的战斗中，Walker不时找到新的电子设备，Gina都要和POLIT，Old就是否安装吵成一片。
回到MDC，Walker联系上了昔日战友Jack，他正双腿受伤动弹不得。通过Gina搜索到Jack的位置后，Walker马上赶往营救，并成功的用自动轮椅将Jack护送回MDC，由Old进行了简单的护理。
这时，一个人从通讯频道中呼救，声称自己周围有很多幸存者，但是坚持不了多久了。但是要去往那个地区，必须先恢复轨道交通，而通往轨道交通控制中心的门被一个工程师Jake锁住了。Walker赶往Jake的所在地，再三保证了他的安全之后，Jake才开放了权限，接着他们就被Kerak包围了。但在Walker强大的火力掩护下，他们成功的退回了MDC。这时，Walker从通讯频道中听到了Verga的惨叫声。这意味着Verga遇难了。
接着，在POLIT的指引下，Walker完成了很多任务，包括恢复轨道交通，将冬眠区里的三个Kerak头领杀死，以打乱舰内Kerak的部署。令他们意外的是，在最后一个头领处，Walker发现改造人正在和Kerak激烈交战。
他们对改造人的来历产生了怀疑，为了寻找真相，Walker要去找到一个没有损坏的电子设备主芯片。Old研究这个芯片的结果是，这个芯片会直接导致被植入人体的脑死亡，而非接受人脑的命令。对芯片上一个回路的观察，发现这个芯片的制造者正式他们最信任的智能电脑POLIT。
POLIT对此供认不讳，并坚持认为这是惟一可以延续人类的办法，而正是它的努力，使得Walker不受Kerak打扰地在冬眠状态下生存了两个星期。而且它现在认为，只有改造了所有的人类，才能抵御Kerak的进攻。但是Walker等人无法认同它的行为，将人类改造成杀人机器和保护人类完全背道而驰。
Walker立即赶到最近的一个POLIT改造工厂，关闭了那里的设备。但是只要POLIT不被关闭，它在任何合适的地方都可以进行改造。
Walker等人决定要关闭POLIT，但Old担心POLIT关闭之后改造人的行为会无法预测。于是Walker赶往舰桥，准备将Old编写的病毒注入网络，以便在关闭POLIT之后能控制改造人。在寻找到两把通往舰桥的钥匙之后，他们惊讶的发现第三把原来由Verga持有的钥匙正在移动，而这人正是他们以为已经遇难的Verga。不过很快真相揭晓：Verga被POLIT改造成了最新型的改造人，拥有四条腿的怪物。
打败Verga之后，Walker成功进入舰桥。开门的瞬间，听到电脑用温柔的女声说“欢迎归来，Verga指挥官。”时，不禁感慨万千。就在他要将病毒注入网络时，一个鬼魅般的身影从计算机后跳出来，三下五除二地把Walker击晕了。
等Walker醒来时，他已经被绑在手术台上，旁边站着一个双手持剑的女改造人。POLIT得意的宣称Walker将是它最杰出的改造人，不仅会把所有人类幸存者一个个送上手术台，还将打败Kerak，成为人类的未来。
就在这时，HR-V破门而入，一连串翻滚，扫射等眼花缭乱的动作，将女改造人击毙。原来Old和Gina通过定位，将HR-V成功的送到Walker所在地并救了Walker一命。脱困的Walker将病毒注入网络，等待它的发作。
这时MDC遭到了攻击，当Walker赶到时，发现POLIT手下的机器人正在和他没有见过的Kerak交火。消灭了敌人之后，他们发现这些Kerak显然经过了POLIT改造工厂的改造，很可能Kerak攻占了POLIT的一个改造工厂，并用里面的设备对自己进行了强化。
突然通讯频道响起，沉寂许久的幸存者请求立即救援。当Walker赶到时，见到的只有满地的尸体。强化后的Kerak突破了幸存者的防线，无一幸免。愤怒的Walker决定马上赶往改造工厂，消灭那里所有的Kerak。在那里等着他的，是Kerak最新的改造成果，一个巨大的怪物。
消灭了Kerak，Walker发现这里正是Kerak入侵飞船的地方。于是他让Kerak登陆舰脱离，并爆炸成一团火球。Walker蛮以为就此拜托了Kerak的追击，却不料Gina告诉他，在舰尾，Kerak建立了三个信号发射台，正引导后面的Kerak战舰追击阿姆斯特朗号。没办法，Walker只得穿上宇航服，到舰外逐一关闭这些发射台，顺便用手雷将那些Kerak炸得永远在宇宙中做匀速运动。
在回舰的路上，Walker听到通讯器传来Gina的尖叫声，随后Jack说，“Walker，赶紧回来，我们正被攻击。”。Walker心急火燎的赶到MDC，发现所有人都不见了。
这时Jack出现了，他说他躺着不能动弹的时候想了很久，他认为POLIT是对的，Kerak会一直追击人类。人类只有全部接受改造，才能在下次被Kerak攻击的时候做好准备，有反抗的力量。所以他把MDC里的幸存者都交给了POLIT。刚才POLIT给他装了两条电子义肢，他觉得自己又有了和Kerak战斗的实力。而POLIT正在为他打造一副全新的躯体，所拥有的力量将大大超过人体可能达到的极限，能够轻而易举把Kerak撕成碎片。
最后，他诚挚的邀请Walker加入POLIT和他的行列。
Walker拒绝了他的邀请。Jack很遗憾的跑掉了。这时，Jake联系上Walker，告诉Walker自己被关押的位置，但Gina和他没有关在一起。Walker救出Jake后，又通过被改造的双胞胎获得了Gina的位置。Walker随后赶去营救Gina。Gina说她知道Old被关押的地方，POLIT在那里设下了埋伏，等着Walker送上门。鉴于Walker对她以及她的工作的关心，她决定回去继续自己的工作。
接着救出Old，他建议马上去关闭POLIT，而POLIT的终极打手Jack挡在路上。这时的Jack不是一般的变态，以至于Walker不只一次的后悔当初把他给救出来。好不容易打败了Jack，赶紧去关闭了POLIT。这家伙被关闭之前还絮絮叨叨的说自己是正确的，真烦啊。
然后看结局动画。这时就是体现你人品(人性)的时候了！
