第一层（Deck 2 - Med/Sci）医疗研究科学层
任务：搜索整个医疗科学研究层，获得有关冯·布劳恩的线索。为电池充电，打开进入医疗区的门；在 Biopsy section 找到 Crew Card ；在研究发展区找到Dr. Watts 的办公室，取得维修许可密码（12451）并进入工程操作层（ Engineering Deck ）。
科学研究区
游戏开始：在低温舱睡了四年的你醒了过来，这个飞船里的一切都变得很糟，冯·布劳恩同志（Von Braun：德裔贵族？兴许和冯·迪特利什上校同出一宗）看来出了什么事。这时传来在Deck 4陷入困境的Dr. Polito的声音，她将不停地给你发E-Mail来帮助你，提供线索和奖赏（Cyber Modules：用于升级的点）。
检查尸体捡起扳手装备上，打扫一下周围。清除面前梯子前的障碍，爬上去进门（开关在门边上）找到磁碟（Cryogenics Access Card）得到进入气压隔离舱的密码（45100）。别犹豫赶快进去，这里的空气不多了。任何一个地方都别忘了打扫战场（尸体、桌子、箱子、密码箱（需要HACK技术）等等），带上能带上的东西，尤其是小磁碟，一定要听一听里面都讲了些什么。透过右边的窗户往外看，一个异形杂种拎着霰弹枪正在追逐虐杀一名女船员，惨叫撕心裂肺...。住手！我来了。
向左，弯腰爬进通风管道，七拐八拐爬到头，掉进一个大房间，气压隔离舱门在左边，没有电门可打不开。在尸体上找到电池，在充电器上充好电并安装到电源单元上，门就开了。一进门，Dr. Polito同志就送来了四个升级点，马屁拍得挺及时。好好干，有赏。
这个地方有一套完整的升级设备，包括武器、技术、超能力和状态训练升级器，记住这个地方经常回来升级。打扫一下几个房间，不要放过任何角落（包括头顶上的横梁），任何东西（“钱”：Nanites、各种子弹、铠甲、磁碟、补血针剂、超能力针剂、体力针剂等等等等）。上电梯，右边房间，在尸体上搜到一个超能力放大器（Psi Amp）带上，要想施展超能力没有它可不行。电梯左边房间，找到Science Sector Access Card，要不然就进不了科研区。
穿过走廊，进门右手是科研区。里面两个异形杂种举着棒子正等着你呢，用你的扳手干掉它们，边移动边格斗，不要站在那挨打。要是用枪就容易多了（断喝：现在哪里来的枪，你这个大老千！）。完事后，别忘了搜一搜尸体找些好东西（提醒：烟酒有害健康），还有它们的组织器官，找些化学元素研究研究这些生物的组织，知己知彼，百战不殆。
在安全保卫站，你会发现一台监控计算机，黑掉它，那些监视摄像头和小枪塔就会失灵，不过时间有限。一旦响起警报就会引来大批敌人，所以有能力就黑它一把，然后敲掉那些摄像头，有了火器还可以干掉枪塔。
从安全保卫站出来，左转走到头进门，右边有一个异形杂种；左边你将第一次见到生物结构重建机，按下开关打开它。万一你不行了，还可以通过它获得再生。在里屋还可以找到些东西。
出门穿过保卫室，那里有两个重要的门：一个通向维修梯（里头有个MP机器人，不觉得眼熟么？《机器战警》里头…）；另一个则是电梯门。在这一层电梯门是打不开的，要等到在下一层恢复电力供应以后。要到Engineering Deck必须要有进第一扇门的密码，这只有 Dr. Watts 知道。你只有拿到了R&D Access Card 才能进入位于研究发展区Dr. Watts 的办公室，而R&D Access Card 则在医疗区（Medical Sector）的某个地方。电梯左边屋子中央就是 Xerxes （上面的的头像有点像曾经是德国人的爱因斯坦，在以后的很多层都会见到），也就是名叫冯·布劳恩的负责安全保卫的超级计算机。
现在你必须找到电池并充电，以打开通往医疗区的门。That’s easy! 在这个过程中，你将拥有你的第一只手枪，当然你要有能力使用维护它。你还可以在自动售货机（Replicator）那买到一些你急需的补给物资。消灭掉那些讨厌的小猴子。找到电池充上电，现在就可以去医疗区了。
医疗区
插入电池，门开了，别忙着进去先给自己来两针补一补（哇，吸毒！）。跨进门博士同志（Dr. Polito）又忙不迭地送来了几个慰问点，还呜哩哇啦地谝了一通。进入隔离舱，揿下按钮进入医疗区。
舱门左手的门（进入船员休闲区）需要 Crew Card 才能打开， Crew Card 则在活组织切片检查区（ Biopsy Area ）的 Grassi 手中，现在就去找他。前进干掉异形，检查上层每个房间。顺着斜坡下去，小心前头的枪塔，快速拐进左边的房间，四下转转。出来右手房间里打开生物结构重建机，沿着走廊继续往下，左边有个摄像头，搞掉它，还有一个异形。
穿过ICU实验室（小心辐射），当心前面有两个持枪异形，保持距离射杀之。顺着活组织切片检查区的标记前进，干掉枪塔、几个异形和摄像头，在房间里的尸体上找到Crew Keycard。
返回到入口，现在可以进入船员休闲区（Crew Lounge）了。你将发现一套升级系统，一台售货机和一部特殊的 OS 升级机。整个游戏中只有四部 OS 升级机（Deck 2、Deck 3、Deck 5和Deck 7），仔细研究选择一下千万别错过了，建议以提高火力，防护为主。下面找到 R&D Access Card 没有困难，去见 Dr. Watts 听他临死前的唠叨只是时间问题了（你将得到维修入口的密码：12451）。别忘了到处走走、爬爬，拾拾“破烂”，不时地“吸”上几针以保持肌体兴奋。夜正长，路也正长…
