第二层 工程操作层（Deck 1- Engineering）
任务：找到控制流控计算机（Fluidics Computer）的方法。在第五储藏室找到指定的电路板并把它安装到流控计算机系统上；使用流控计算机清除冷冻剂管道（Coolant Tubes）中的辐射污染；取得进入引擎中心（Engine Core）的密码；重新启动左右引擎和主电力控制计算机恢复主电力供应及电梯的电力供应。
这一层简直就是找密码，现将各个密码罗列如下：Storage 4 Code：59004；Enginerring Control Code：15016；Storage 5 Code：34760；Set Engin Core to Overload Code：94834。
要进入引擎核心，必须清除辐射；为避免辐射的伤害，先到四号储藏室拿到笨重的防护服。流控计算机在工程控制区上层，进门密码在2号货舱（Cargo Bay 2）。搜索控制中心（Command Control）和1号货舱，找到进入2号货舱的令牌以及工程控制区（Engineering Control）的密码。
在2号货舱得到5号储藏室的密码，在储藏室里拿到45m/dEx电路板，并把它安装进控制中心控制室（坐引力电梯上去）的中心电脑使之脱离 Xerxes 的控制。返回工程控制区，打开流控计算机，清除辐射污染。使用得到的密码，进入引擎核心，启动左右引擎，恢复电力供应（包括电梯的电力供应）。
嗨，兄弟记着顺手带上武士的激光剑。在引擎核心的上层还有一间密室没有密码，你将在第六层完成某些任务后得到。在这悄悄告你：94834，以后不要再多跑路了。恢复电力后，别忘了乘门口（地图2号地点）的电梯到底舱转转，你会碰到一种新怪物：接生婆（Midwife）。
