第一关
20XX年，发生了争夺世界霸权的战斗，战斗围绕着一个贴着“天帝”标签的三寸软盘展开……据说谁得到这张软盘，就相当于得到了世界支配统治权。为了维护世界和平，挫败野心勃勃的邪恶势力的阴谋，必须把那张软盘里的内容删除掉。赏金猎人的行动开始，去抓土星博士。
土星博士抓住了，领到赏金。据可靠情报，天帝软盘在Jonny那里，Jonny的出没场所具体位置也已打探清楚，于是，赏金猎人再次出动。舞台成了擂台，Jonny穿着吉他歌手的华丽装束从舞台中央粉墨登场。向场向观众道声Hello，并宣布：今天我们最重要的贵宾，是勇敢的赏金猎人，演出现在开始！轻敌的Jonny被击败，天帝软盘落在了舞台上，雇主提示赶快将这张软盘拿回总部……忽然，土星博士驾驶着他的黑象机体上舞台，抢走了软盘。赏金猎人奇怪地问：“土星博士？你不是已经被捕了吗？怎么会在这里出现？”土星博士的浅绿色部下回答：“逃脱是我们的最擅长技能！”
赏金猎人追赶土星博士，欲夺回软盘。追上土星博士后，又是一场激战，土星博士战败逃走。忽然后面冒出一彪女兵，为首的……强壮的红衣女，“且慢，赏金猎人。你们去过Jonny那里了！一定领到了什么大礼了吧！”“你是谁？啊，不好，土星逃跑了！遭糕，要赶紧去追！你们，后会有期。”赏金猎人乘着摩托追赶土星博士，虽然将土星博士的黑象机体击毁，但并未擒住土星博士。越过公路尽头，来到海滩，再次遇到强壮的红衣女。“到此为止了，你这不听话的臭小子！看姑奶奶巴巴拉我怎么教训你！”虽然赏金猎人打败了巴巴拉，但是，土星博士早已逃得无影无踪。
雇主向赏金猎人说明了天帝系统的由来，原来，这是一个为了支配全世界计算机而制造的系统，依靠这个系统，有可能征服世界。因为这个危险性所以将其封印。那张软盘，却是天帝系统的启动盘！如果软盘落到坏人手里，那就糟了，所以要尽快夺回软盘并将其内容删除。土星博士的居住点已探明，于是赏金猎人向那里潜入……经过一番激烈的战斗，杀退了大小敌人，终于见到了土星博士。“想夺回软盘吗？讨厌的赏金猎人！”，土星博士说。“这次可与以前完全不同了，主人。”浅绿色的部下附和说。“我这里没有不可能！Octpus Mark2，Come on!”土星博士恨恨地按下了手里的控制器。一台黄色的四脚大机器从空而降，却恰好落在土星博士身上，把土星博士压在下面。一场激战，赏金猎人打爆了四脚大机器，土星博士气急败坏地从控制台上漂下来，来到赏金猎人面前：“咕呶呶呜，你这小子，总是把我的得意作品……”“你听天由命吧。”忽然，土星博士背后的墙壁破裂了，倒下的墙壁压住了土星博士，在奇异古怪的奏乐中，几个怪模怪样的小喽啰组成的仪仗队吹吹打打，撒着彩纸，大模大样地走了进来。一个骑着双头白色马身鸟腿怪兽，赤发，手持红矛，身贯红甲的人从外面跳了进来，盯着屋内的一切，端坐不动。“你这家伙是什么人！”绿色植物问道。“呃，打败Jonny的赏金猎人吗？”“我辈只是为取回奴等夺去的软盘而来的。”“休得阻挠！”话音刚落，双头白色马身鸟腿怪兽两张马嘴一张，喷出好多黑色油状物，弄得赏金猎人浑身都是黑油，一时失去了作战能力。一名小喽啰从土星博士身上搜出了软盘。红甲人吩咐将赏金猎人与土星博士拿下。
第五关
赏金猎人在牢房中醒了过来，忽然发现几个带刺的飞速旋转的大铁轮子在缓缓向自己靠近，看来不抓紧逃出牢房，死定了。赏金猎人对着墙壁一顿拳打脚踢，终于虎口脱险。离开牢房后，又找到了土星博士的关押地点，将土星博士也救了出来。“呼，我可不想对你致谢，Green！即使没有你这小子帮忙，我的优秀部下一会儿也会来到这里……”“主人，你在哪里……我来救你来了……”浅绿色的部下果然乘坐着黑象机体来救主人来了，可是，黑象机体却把土星博士撞倒并压在了下面。还好，总算很快发现了压在下面的土星博士，于是将土星博士放入黑象机体，回去治疗。在丛林与山崖处，赏金猎人先后击败了Dave与黄衣人Doc。进入Zipang离去所用的异次元，去找Zipang要软盘去了。
在船上，追到了Zipang，Zipang吃了一惊，嘱咐一个日本武士退敌，自己匆匆离去。在一座大桥上，赏金猎人与Zipang为软盘而展开了异常激烈的战斗。Zipang被击败后，赏金猎人从Zipang那里问出了软盘目前的去向，现在软盘已经在Pluto手中，而天帝系统在安第斯山中。
山中，再次遇到了红衣女巴巴拉，这次巴巴拉约了黄衣女桑德拉与黑衣女阿修罗协同作战。击败三名女战士，找到了天帝系统的隐藏入口，却没想到土星博士跟着也进来了，看来是打不过三名女战士，躲在一边等着赏金猎人来，他坐山观虎斗后顺便找到了天帝系统的隐藏入口。土星博士又召唤来了他制造的红色的四脚大机器Octpus Mark3，争夺天帝系统的战斗再次展开。击败土星博士后，赏金猎人向天帝系统深处进发，寻找Pluto。“到如今，我已挺过了千难万阻，你等同样阻挡不了我。我已经启动了天帝系统！而后，只要我料理了你们这些小子，世界就是我的了！”打败了Pluto这个老头子，赏金猎人来到圆形屏幕前，正在考虑如何停止天帝系统时，雇主来电，告知拔下软盘，删除之后会实体化的Master Program，否则，如果发生与Master Program的战斗，要事先做好心理准备的！赏金猎人选择了与Master Program交手的这一难得的机会，如果删掉了，那么，恐怕永远没有这个挑战机会了。实体化的Master Program破屏而出，上半身貌似青鬼，下半身是一条冰龙……“我是掌管天帝系统的中枢的Master Program！愚蠢的人类，想来我这里捣乱吗？！”“等等！”土星博士冲了进来，“天帝系统是我的……”“给我消失吧！”Master Program下半身的冰龙吹出一口冻气，将土星博士冻僵。雇主把赏金猎人的所有技能进行了升级，升到最高级。
赏金猎人最后打败了Master Program。离开前，赏金猎人安放了炸弹，天帝系统被炸了个稀八烂。最终，英雄拯救了世界。
