本作的故事发生在前作的一年后，尽管世界恢复和平，却变成了星球分裂成两半，而且出现许多名为立方体之方块的世界。某一天，其中一个立方体出现了一只外貌邪恶的龙……在吉布拉王的委托下，修一行人前往该地展开调查，这次他们将会在无数的立方体舞台上展开激战。
battle 11 召使ロボの街
胜利条件:全员乘坐电梯
宝箱中会有陷阱,小心.场景内的蓝色球受攻击后会解除蓝色电子门,黄色的解除黄色的电子门.与中央附近的小机器人对话可以得到"大ダイヤリング","呼吸の首飾り"转换门的时候不要让我方人员停留在门处,否则转换不能.来到中央的房子上边(需要转换两次开关)开启红色电源从而开启电梯，之后全员乘坐上即可过关。
battle 12 凍結エリア
胜利条件：敌全灭
本关的敌人会攻击墙壁，建议将队伍分成2队来防止敌人破坏墙壁。墙壁万一被破坏掉就会从里面出现非常强的敌人。敌人会从两边出现增援，记得去迎他们然后消灭掉。
battle 13 古代の焼却炉
胜利条件：接近尼涅->敌全灭
前进几步后萨莉亚加入，接近尼涅后西米可出现，全灭敌人的同时注意不要让尼涅战斗不能。
battle 14 メカロボ工場
胜利条件：敌全灭
因为发生装置(三角立方体)内部会不断出现敌人所以要优先击破。破坏中央装置的门会有特里普加入。建议兵分两路最后机种攻击中央敌人的大部队。
battle 15 古代の発電所
胜利条件：打倒扎波最终形态->打到四天王
与尼涅接触后，再将力量给予尼涅3次(让我方人员在尼涅旁边然后点屏幕左下角的标识)之后尼涅加入。对付四天王用他们怕的属性打很简单。
battle 16 船の墓場
胜利条件：到达西米可处
只要到达西米可附近就可以
battle 17 機械仕掛けの施設
胜利条件：消灭全部的扎波复制装置
到达扎波地点后使用“心机关”将扎波恢复原样过关，扎波加入。
battle 18 左脳エリア
胜利条件：到达中央区域
本关需要频繁使用传送点，先开启场景中四个小的石版。之后让任意一个人接触最中央的大石版后将带影子的敌人全灭。
battle 19 鉄の島 (需要吉罗和修一起到达此处)
胜利条件：让尼涅到达西米可身边
魔法障壁必须要用尼涅才能破坏。沿路的那条龙HP很多，要注意我方的回复。
battle 20 右脳エリア
胜利条件：击败超级大便蛇
周围的一些装置接近后有一段小剧情，不过似乎没什么影响。大便蛇怕土属性，用库露卡的土暗魔法有效，马鲁马洛的第2个技能对付他很不错，用强级别的可以打到600+伤害
battle 21 巨大思考機関
胜利条件：击倒幻影
本关中四个方角各有一个真身，必须消灭真身才能让该区域的敌人全部消失。将四个真身都消灭后会出现巨大的幻影。给予尼涅3次能量后就可以攻击敌人了。
battle 22 闘技場
胜利条件：敌全灭
将敌人全灭后还会出现两批增援。继续消灭后会出现两个古代生命体。消灭后即可过关。
battle 23 爆弾製造工場 (需要修和佐拉同时到达此处)
胜利条件：消灭全部的机器量产装置
尽量快速消灭生产装置，不然敌人会不断的出现HP很多，比较麻烦。觉得队伍够强可以选择兵分两路。胜利后吉布拉尔王会自动与众人汇合。
battle 24 思考機関の中心
胜利条件：打倒尼涅的幻影-打倒尼涅-打倒三头龙
初期将尼涅的全部幻影打倒后出现剧情，尼涅被邪恶的意识控制。攻击尼涅一次后就会出现三头龙，对付它用修的光属性。萨莉亚的降防。吉罗的保险也记得用上。
battle 25 キューブの深淵
胜利条件：打倒三头龙-打倒思考机关
开始的三头龙无敌，先去打思考机关引发剧情。之后后三头龙的无敌解除，这个时候再去打它。它会在4个地形内交替出现。四个机器人(光属性弱点)包围的地方用技能就可以打到，高台用机器人上去打。钉子板的话在边上放技能就可以。水的区域用大范围攻击可以打到，佐拉也可以进水。
主要利用吉罗的回复和保险，萨莉亚的降防，修的光属性攻击会好打一些。将龙消灭后就可以攻击思考机关了。之后尼涅出现，尼涅回抑制住龙的攻击，这个时候集中攻击尼涅等提示的时候就要用影子打，注意我方人员的回复就可以，打倒他后就可以欣赏美丽的结局了。
