《恋爱物语之魔法学院》的情节取自《恋爱物语》的第二阶段，可以视为《恋爱物语》的特别版。一代的主要人物全部再次登场，并增加大量新图片和新事件。
游戏最后以毕业典礼为完结，在毕业典礼之前一周，喜欢你的一众女孩便会要你表态。你一旦表态，毕业典礼便正式开始，而结局及你的将来亦受你的修为和所选之爱人而定。
游戏有着大量的突发事件，剧情会随玩家行动而变化，产生多种不同的结果，因此能让你百玩不厌。
进行创造魔法集训，使该项数值达到二百多的时候再去找娜依秀。修理失败。娜依秀说起儿时的一段往事，接着两人一同使用创造魔法，终于把太阳眼镜修理好。
娜依秀生日时送她耳环（第二年送书），诞生祭时约她到诞生祭会场。选择地方约会：公园———选“让喜欢的人拥抱的温柔”
咖啡厅———如果是招牌菜为“火球雪糕”就会高
服饰店———选择手帕：森林、白色（朴素类的）
花店———选择花束：小孤挺、兰属
动物园———选择“一边牵手一边散步”
水族馆———会令到娜依秀不高兴
到了一定时候（笔者是在第二年的十月），你就可以与娜依秀一起到鬼神山去，记着要深入调查。两人去咖啡厅查问一下关于鬼神山的事情。
去蜜丝的店继续查问。去找学者欧蕾了解一下情况。参观画展，看到一些记载了过去真实事情的画。再次找欧蕾，他会说到古书上所记载的一个传说及传说女神EBE，还有谈到巨木。再次到凤鸣山丘，看到一座城镇正遭受龙卷风袭击，只靠防护屏苦苦支撑。继续找欧蕾，他谈到最近的反常现象。找校长，他说女神EBE就是魔法师。到鬼神山调查，两人得知只有修理巨木才能拯救世界。
祝大家游戏愉快！！！
