在《航海世纪》中，当玩家被投入监狱的时候，玩家身上的物品将被暂时没收，直到出狱后再归还。虽说这是对杀人者的惩罚，但由于现在游戏物品越来越珍贵，但没收哨子和食物会造成玩点的丢失。另外，当玩家被投入监狱的时候，如果刚好有紧急事情要处理，于是选择越狱，那身上的物品将全部丢失，造成的损失也是相当之大。
入狱：如果主动攻击其他玩家，杀害玩家，都会增加恶名。当恶名大于 0 的时候进入城市，会被卫兵抓到监狱中服刑。
赌运：监狱中有一个奇怪看守，非常好赌又霸道，不为钱财，只为了耍犯人取乐，一直私自搞鬼给玩家增刑、减刑。坐牢的玩家可以问他要赌具然后赌运，赌注当然是坐牢的时间。不过还好，他的赌运游戏非常简单，就是填数字游戏。如果减刑出来，一样被大家认为是改过自新了。
越狱：想要越狱的话就要先看看监狱中的环境：除了看守、监狱铁门，还有下水道铁栅栏、老鼠。。。监狱中有很多从下水道窜上的老鼠。这些老鼠又肥又大、非常好杀，还会掉落一些奇怪的肉、牙齿。怪牙很大，稍微烂点的铁栅栏就可以用它撬开。
