sequence 01
refresher coures
游戏开始，desmond老爸会带着玩家回顾整个系列到目前为止的剧情。主角一行人驱车来到一个洞穴，desmond用金苹果打开了洞穴的石门，这里就是第一文明建造的神庙。desmond捡起地上发光的方块，启动了神庙的设施，周围的一切变得模糊，回头看到老爸也变成了一个穿着古代服装的陌生人，desmond意识到新的穿越又要开始了。
环境重新构筑，现在主角位于奇异空间之中。此处为教学场景，玩家在此熟悉自由奔跑、攀爬等操作，本作的自由奔跑操作经过简化，玩家只要按着rt并推动左摇杆就能攀爬和平台之间跳跃。沿途空中暗杀两个敌兵，可以注意到，在暗杀的瞬间，时间有微小的停止。
a deadly performance
到达石门，desmond的衣服也变了，现在我们将扮演haytham kenway，一位刺客，此人应该就是connor的父亲。跟着刚才拍你肩的人走，进入剧院坐下，接头人会让你用鹰眼寻找目标，目标位于剧院右侧靠近舞台的二层。刺杀行动开始，跟着绿色的标志走，从后台绕到右侧看台，路途中会遇到撬门场景，先后转动左右摇杆直到找到适合的位置，最后rt撬开。来到目标背后的位置坐下，对方也知道我们的来意但却毫无反抗的意思，根据提示将目标暗杀，并拿走了对方胸前吊坠。一切看似滴水不漏的暗杀行动却被身边小侍从看到了，然而杀(和谐)人灭口这不符合刺客的信条，只是稍作安抚便匆匆离开了现场。没过多久暗杀就被发现了，剧院乱作一团，卫兵到处抓人，然而作为一个刺客，泰山崩于前而色不变，一路快步走到剧院门口，乘着马车离开这是非之地。
journey to the new world
乘上开往新大陆的帆船，在船上能与船员们对话，并能跟船员下棋（其中一种为3连棋，另一种没见过）。跟着路标来到甲板，kenway受到几个水手的挑衅，干架准备开始。这里将学习反击这一重要的作战方式，持续按着b进入防御姿态，抵挡敌人的3次攻击之后可以按出拳攻击敌人x，接下来敌人会换人，这次就要学习反击了，在敌人要攻击的瞬间，头顶会出现红色的光标，此时按下b就能完成瞬间防御，并进入时间减慢的特写，迅速按下x就会发动威力巨大的反击。对手眼看打不过，只能无耻的掏出短剑，然而这也不会对kenway造成威胁。应对方法同反击，只需要把x换成a，kenway轻轻松松地把对方给缴械了。
最后船长过来劝架，事情才得以收场。一路跟着船长来到船长室，船长让你帮忙调查船上的事情，到晚上调查开始，与那些头上顶着绿光标的船员对话收集线索。在跟舵手谈话的时候，kenway发现船尾飘着一些桶，这些桶明显是船舱里的，回到舱内，根据提示使用鹰眼后找到木桶并调查。一段时间过去，某日清晨海盗来袭，船长命令kenway回到船舱，而舱内mills正在等待他。此人正是当日挑衅水手其中一人，他知道kenway在剧院的暗杀行动，海盗也是他招来的，目的就是为了kenway手上的钥匙—那个吊坠。暴风雨来临，现在kenway需要协助船员们作战，根据提示系缆绳释放船帆。接下来一道闪电击中桅杆，一名船员遇险悬挂在半空之中，kenway必须在30秒之内将其救下。救下船员后，kenway向远方的敌船，敌船已倾翻在波涛汹涌的海上。航行2个月之后，终于到达了目的地，爬上船首桅杆去眺望新大陆吧。让人想起了《海上钢琴师》的那句“america！”
sequence 02
welcome to boston
kenway风尘仆仆来到了波士顿，charles lee来接风，一路跟着他走遇到了benjamin franklin。franklin说他遇到了麻烦，他的年鉴被抢了，书页还散的到处都是，希望kenway能够帮他收集回来，这也是本作的收集要素之一。lee会带你熟悉波士顿的生活，有武器店能买武器，骑马跟着lee来到旅馆见william johnson，一番交谈过后kenway与lee离开旅馆。
johnson’s errand
johnson让kenway帮他取回被偷走的文件，来到目的地与thomas hickey会合。要取回的目标物品就在前方的据点之中，经过商量，由kenway从后方突袭，另两人从正面进攻。解决掉一个守卫后从侧面的小坡爬上，在目标地点的枪架上取一把长燧发并瞄准目标开启第一枪，之后lee与hickey就会开始与门口的卫兵搏斗。3人一路杀到据点门口，敌人关了门据守在内，射击城门口的炸药轰掉门口，来到城内找到了目标的箱子。接下来由lee搬着箱子其他两人负责护卫，kenway不能离两人太远，必须呆在地图所示的篮圈范围内，左上角有两人的生命值。走到终点任务圆满结束。
the surgeon
与lee对话，接下来要去找名单中的下一个人benjamin church。来到church家门前，发现没人应门，lee破门而入，看到church家中一片狼藉，事情看似不妙，必须赶快找到church。首先要收集线索，偷听是重要的手段，来到指定区域就开始了偷听教学。只要走到白色的环内就可开始偷听，两人对话讲到一半便注意到了在旁的kenway，目标的头上出现了黄色的倒三角，这说明对方开始关注你，这时候根据提示走到左边靠墙的两人中间隐蔽起来，隐蔽的时候主角的头上会出现白色的圆环，说明你已隐藏。接着爬上附近的最高建筑new south meeting house，进行系列经典的鸟瞰，最后当然是最经典信仰之跃了。调查继续进行，接着偷听完几组对话之后，lee会与你会和并跟随。来到港口，地图所示是红色区域，在这里只要被敌兵看见就会触发警报。lee的身手出奇的好，虽然不是刺客但是却会爬墙，带着他从屋顶上走就不会被发现。来到目标门口发现上了锁，kenway让lee在门口等着自己去找钥匙。打倒区域内的3个橙色目标并搜索身体，钥匙会在港口其中一个士兵身上。打开门锁，church正在被拷问，解决房内的3个士兵救出church。
the soldier
为了拉john pitcairn入伙，kenway找到其上司braddock，然而braddock说什么也不让，所以kenway打算用计迫使braddock交人。首先我们需要跟踪braddock一行人，braddock与他的士兵会在室内巡逻，而kenway与lee打算跟着他们。跟的太紧会让braddock回头，如果这时候被看到，braddock的头上会亮起黄色倒三角之后变成红色倒三角，最后触发警报。所以玩家要利用好人群作为掩护，如果能上到房顶也会比较安逸。随着kenway一声令下，lee跑到队伍前端，抓起牛粪砸到了braddock身上，braddock怒不可遏开始追赶lee，kenway也跟着一起追过去。lee最终还是被braddock抓到，kenway上前继续找braddock说理，然而两人最终还是没谈拢，braddock拔刀相向，战斗不可避免了。解决掉braddock小队，在袖剑的威逼下braddock只能放人。
infiltrating southgate
人员找齐，接下来就要开始干活了，众人密谋攻占silas thatcher的堡垒。第一步计划是袭击一个押送slave囚车的小队，并换上敌人的衣服。在这里kenway遇到一个印第安女性，也就是connor的母亲。换上衣服架着敌人的马车一路前进，途中需要用lb呼唤伙伴干掉路上的卫兵。顺利进入堡垒，马上开始第二步计划—释放被囚禁slave。堡垒中一共有3个地方的slave需要释放，在红衫的掩护下，普通的士兵不会注意到你，你还可以混到士兵之中进行隐蔽，但是有一些队长级别的士兵会注意到你不是部队里的人，这些队长通常会在slave旁边巡逻，对我们的行动会造成很大的影响必须在不被发现的情况下解决掉。好在slave点附近都有隐藏点和草垛，那是我们进行暗杀的好地方。
释放了所有的slave，接下来就是计划的第三阶段，攻占整个堡垒。敌人从现在开始就会进行列阵射击了，如果看到敌人头上出现巨大的黄色三角，那就说明敌人已经在瞄准了，找到身边离你最近的敌人按下a，这时候主角就能把敌人架在前方抵挡这一轮射击。找到并打倒thatcher，最后thatcher被处死。
sequence 03
unconvinced
1755年冬，kenway决定寻找之前遇到的印第安女性--ziio，也就是connor的母亲。骑着马一路跑到城门，出门后进入边境。这是游戏首次进入边境，边境中有许多野生动物，其中一些肉食性动物还会主动进攻。边境中有岩壁和树木，需要注意的是，跟connor不同，kenway不能爬树。找到lee，他说看到目标在附近扎营，接着便带我们去找人。一路跟着lee来到她的营地，然而营地中人已经不在了，不过似乎并未走太远。跟着雪地中的足迹追踪找到了ziio，此时她正在装陷阱狩猎，lee看到周围的狼群开了枪，也吓跑了ziio。kenway上前追赶，难耐雪中迈步艰难，而ziio能在树上穿梭。一路追到下一个营地，kenway遭到了狼群的袭击，接下来就是狩猎中的一环—qte猛兽对抗。击退狼群，ziio又跑掉了，这次需要在地图的绿色范围内搜寻她，请玩家抬头找，ziio在树上的平台处。最终kenway赶上了ziio并说明了来意，还把吊坠交予了ziio。ziio高速kenway，她的族人每天都在有人因为被捉为slave而失踪，而罪魁祸首就是之前我们遇到的braddock。两人来到酒馆打探braddock的消息，偷听2对英军士兵的对话之后本要离开，却在门口被拦下。出言不逊的英军小队被kenway击败，ziio也因此对受伤的kenway稍微开启了心扉。
excecution is everything
为了打听braddock的行踪，kenway要潜入st-mathieu堡垒。偷偷爬入正要开入堡垒中的马车，借助马车轻松的进入了堡垒。看到堡垒中的两门加农炮，kenway意识到这两门大炮会造成大麻烦，必须要处理一下。偷听正前方一对士兵的谈话，由于士兵会边谈话边移动，所以要借助堡垒中灌木隐藏，跟着两人走，途中还要小心巡逻兵。可以先把巡逻兵清掉，这样就不会被发现的危险了，注意不能用武器，100%同步的条件之一就是不能杀（和谐）人。两人的谈话提及一张地图，此地图就在身旁的帐篷中，取走后解决两门加农，最后与外面等候的ziio会合，任务结束。
the braddock expedition
5个月之后的某一天，ziio来到了酒馆找kenway，是时候进行暗杀行动了。春天冰雪消融，边境也呈现出另一番色彩，与ziio会合后众人决定先伏击一个英军营地弄一套红衫伪装。在部族的协力下，英军小队很快就被解决了。穿上伪装骑马来到队伍最前方找到braddock，靠近后触发剧情，中途出现小插曲，braddock找到机会逃命，kenway一路策马追赶，沿途上的火药桶可以射爆。追到尽头，braddock被设计好的大树拦住去路，kenway赶上正要抓住braddock，岂料身旁杀出braddock的手下将kenway的马射翻，在旁的ziio见状将小兵按倒，braddock见势不妙只能继续逃跑，kenway将其追上给与致命一击。在履行完刺杀braddock的诺言之后，ziio带着kenway找到了神庙的打门，然而此门只有金苹果能开启，kenway手中的吊坠对应的则是神庙内部的设施，ziio安慰了失落的kenway，两人也因此擦出了爱的火花。
回到酒馆，kenway决定让lee加入组（和谐）织并向众人征询意见，在大家一致同意后，kenway带着lee宣誓，并给lee带上了戒指。“欢迎加入圣殿骑士。”“等等，什么！？”desmond在animus上惊醒。desmond不满父亲对自己毫无关心的态度并得到了父亲的一拳，大家决定让desmond先休息一下再继续作业。这里可以和大家对话，也可以直接躺回animus。从与父亲对话得知这两父子的关系一直不是很好。
sequence 04
almanacs
休息一番过后，desmond躺回animus上继续回忆，这次终于到connor了。幼年的connor在族人的照顾下茁壮成长，某一天，connor与小伙伴们结伴去森林玩耍。一路跟着小伙伴们来到森林深处，其中一人提议要玩捉迷藏，抽签决定谁当鬼，运气不好的connor抽到了短签，无奈的背对大家开始倒数。接下来开始教学狩猎系统的另一环—追踪，对着地上的足迹按b可以探索，不断的调查足迹，搜索范围就会缩小，最后圈定到点，这时就可以拽出躲藏在草丛中的伙伴。找齐伙伴之后，大家决定再玩一次，这次换到别人当鬼，在数到1000之前找个草丛躲起来吧。然而，找到connor的并不是小伙伴，而是另外几个熟面孔，lee几人抓住了connor并让他说出村子的所在。lee最终没有杀掉connor，把他放了回去。connor回到村子，发现村子已变成一片火海，在火海深处，connor找到深陷火场中的母亲，年幼的他无力救出母亲，只能眼看着这一切发生，最后时刻，母亲把吊坠交给了connor。
feathers and trees
与母亲一样，connor能够在树上穿梭，本关主要内容为爬树的教学。clan mother需要你收集羽毛，而这些羽毛在树上和山崖上，connor将在这里讲解爬树的技巧。中途同伴会失足落水，connor要去救援。收集了3根羽毛后跟同伴对话，进入下一个任务。
hunting lessons
这次是狩猎的教学，再逐个示范了射猎、陷阱之后，connor决定两人分头狩猎。这里connor需要狩猎5头猎物，如果想达成100%同步率，需要满足三个条件：狩猎3种不同的猎物（这里只有鹿、兔子、狐狸），空中暗杀2只猎物，用诱饵和陷阱狩猎一只猎物。结束之后去跟同伴会合，你的同伴运气太好遇到了黑熊，qte赶跑黑熊之后回到村子。可以一路跟着黑熊跑，黑熊跑到一阵子就会停下来什么也不做，轻松干掉，还能获得熊皮。由于有connor的教学，同伴也收获丰盛。
something to remember
来到clan mother的长屋，一段对话后clan mother从箱子里拿出了一个水晶球，定睛一看那是个金苹果，connor周围的一切变得黑暗，clan mother也变成了先知，先知带着connor化身为鹰展开一段精神之旅，她告诉connor，他要找一个人来帮助他完成刺客修行，否则村子和族人都会被毁灭。connor的刺客之旅从此开始了。
sequence 05
a boorish man
一路跋山涉水离开边境来到一处大宅子，主人achilles achilles一口就回绝了connor的请求。天色已晚，connor只好宿营在马厩旁边。第二天，achilles仍是态度强硬，说什么也不肯答应connor。无奈之下，只好回到马厩等待转机。这天夜里，出现了一群陌生的来客，听起来他们是要对achilles不利，说了几句之后便要对connor出手了。在解决了若干人等之后，connor不小心被领头的家伙放到，千钧一发之际achilles出手就下了connor，并答应跟connor谈话。achilles跟connor讲述了刺客与圣殿骑士之间的战争，而connor的父亲kenway则是圣殿骑士中的一员并且已经集齐了大部分的钥匙，只缺一个金苹果。
a trip to boston
经过数个月的训练，connor的身手小有所成，achilles决定带connor去波士顿见见世面。在商店交易完之后回去跟achilles碰头，沿途看到英军跟市民扭打在一起，人群的中心，民众在向英军抗议。人群中，connor看到了kenway，显然有些不好的预谋，achilles示意让connor跟踪一个拿着长燧发的人，connor跟着目标来到楼顶，发现此人正在往人群中瞄准，随时可能会开枪。connor上前及时阻止了枪手，然而站在街对面屋顶上的lee鸣枪，楼下的英军士兵以为遭到了民众的袭击也开枪射击，这就是著名的波士顿惨案。站在屋顶的connor被kenway发现，全城的卫兵都来追捕connor，无奈之中connor只能逃跑。
boston’s most wanted
逃离了追捕的connor遇到了samuel adams，adams告诉connor现在整个波士顿都在通缉他，全城都贴有他的通缉令，而connor需要做的，就是把这些通缉令都撕掉。由于现在connor被全城通缉，所以只要被士兵看到便会触发警报，走路时尽量躲着点，当然要玩刺客无双的同学当我没说。撕掉2张海报之后回去找adams，adams买通了某个人，经他一番高谈阔论，connor的通缉值瞬间清零。接下来adams要带connor走波士顿的下水道，下水道将与2代的快速旅行点一样，不过这次下水道之中也有场景了。进入下水道会提着油灯，油灯可以用来点燃墙上的挂灯，遇到岔路口的时候跟着老鼠的方向拐就能走到终点。
river rescue
在adams的帮助下终于回到家，师父把双袖剑授予了connor，刚接过袖剑，就有人敲窗求救。跟着跑到河边，看到一个人抱着圆木正随着水流被冲往下游，情况相当危急。踩着河中突起的石头和圆木一路追赶，最终在人落下瀑布之前救了下来。
跟着提示，achilles带着connor去找住在湖边的一个醉汉robert faulkner，他就是那艘在湖中倾翻的aquila号的船长。在connor等人的协助下，6个月后aquila号被修复，可再度出航。
the hard way
随着aquila号的修复，connor也开始了第一次出航，游戏首次展现航海模式。来到舵手的位置，根据船长提示开就可以。地图上会有风向，要学会见风使舵，别让风把你吹到岸上，触礁会造成伤害。进港之后，robert与connor去到酒馆，connor认出酒馆中的一些人是圣殿骑士的人员，他立即上前询问lee的下落，结果当然是不欢而散。回到海上继续航海训练，此次是射击训练，lt与rt分别对应枪和加农，射击时按下对应键蓄力，松开就会射击，右摇杆操纵视角，对应左右舷开炮。加农威力大，枪则用于打火药桶。回程途中遇到敌舰袭击，第一场真正的海战开始了。成功收拾掉一艘舰船和三艘小艇后，敌人全面，aquila号打道回府。回到家中achilles老爷子抱怨道connor这一走就走了3个星期，connor只能道歉，最后老爷子让connor穿上了那套标志的刺客服装，connor正式成为兄弟会中的一员。
从animus中回到现实，desmond马不停蹄的来到一栋建设中的大楼内，这次要侵入附近的大楼偷钥匙，爬到楼顶的起重机顶端，信仰之跃往前跳，在提示打开降落伞时开伞滑翔至前方大楼的楼顶，触发剧情。desmond偷钥匙被发现，敌人一击就被解决了。
sequence 06
on johnson’s trail
当年一同狩猎的伙伴找到connor，向他诉说族人的遭遇，william johnson要把族人所居住的土地买下，当然也轮不到族人不同意，为了拯救族人william johnson成为了connor的第一个目标。师父建议connor去波士顿找adams，他会帮助connor寻找johnson。谈话的途中，两人遇到市民与英军收税者发生冲突并遭到多名英军围困，connor出手相救。参与adams的会议，刚才解救的市民也出现了，大家在讨论最近的茶叶事件，johnson于此有关。现在adams让connor去港口炸毁走私的货物，炸毁3箱货物，并解决街上搬运货物的人员，任务结束。
the angry chef
来到酒馆的厨房，看到厨师stephane，也就是刚才的那个市民，他被税收人员惹火了，怒气腾腾的拿着把菜刀就冲了出去。connor尾随其后，以防万一。暴走的stephane看到英军就会上前挑衅，但是自己又技不如人一不小心就被干翻了，所以还是先走一步把前方的敌兵解决吧。来到集市，看到收税者又在欺凌百姓。这里会解锁援助模式，锁定目标后lb就可以让同伴除掉目标，对着收税者lb，stephane上前就是一刀。最后得知这个收税者是johnson的人。
the tea party
为admas干了一天的活，然而丝毫没打探到johnson的消息，connor沉不住气了，怒斥admas在浪费时间。admas告诉connor，这一切都在计划中，只要摧毁了johnson的经济支持，那johnson自己就会出现。
夜幕降临，来到港口，解决了港口的守卫，众人开始船上茶叶投入海中，这就是著名的“波士顿倾茶事件”。行动过半，英军陆续支援赶来，connor在扔茶的同时保证其他同伴的安全，当左上角的扔茶数达到100%时，行动圆满成功。johnson将一切看在眼里怒在心头，connor当着他的面，将最后一箱茶叶投入海中。同步率100%的三个条件：一次滑膛枪空中暗杀，将3个英军推入水中，投掷10箱茶叶入海。手持滑膛枪时不能攀爬，登上附近的货物箱也能造成高度差。推英军入海的方法是背对海面，等待对方攻击，在格挡的瞬间按b，可以迫使敌人失去重心向前冲，这样敌人自己就会掉进水里。
hostile negotiations
回到家中，老爷子问connor有没有把johnson干掉，connor认为这已经没必要了，因为他已经通过倾茶运动摧毁了johnson的经济，johnson不会再有钱去买族人的土地。然而事与愿违，k（kanien*****，名字太难打，以后用k代替）再次找到connor，告诉他johnson已经筹集足够的资金购买土地，connor必须阻止这一切的发生。来到边境，与k对话，得知johnson就在河对岸的山崖上。来到悬崖上方，看到johnson正在逼迫族人，遭到族人反抗，士兵举起了枪，connor必须赶快行动，每过一段时间士兵就会开枪，造成族人死伤。来到屋顶，对着johnson来一记完美的空中刺杀吧。
sequence 07
本章中，connor将参与史上著名的事件“莱克星敦的枪（和谐）声”。
the midnight ride
connor的下一个目标—john pitcairn，听说“自由之子”手上有john pitcairn的消息，并且正在寻求connor的帮忙，connor马不停蹄来到了波士顿。找到“自由之子”，他们收到消息英军要收缴康科德和莱克星敦民兵的军火武器，paul revere打算通知各个村庄中的民兵，让他们及时武装起来。
黎明，connor和paul骑着马出发了，按lb可以让paul指路，沿着paul指示的方向走就行，路上的英军要注意避开。当两人通知到第三个村庄时，没想到被英军提早了一步，在此设下埋伏，解决掉敌人后继续赶路，最终来到莱克星敦。在这里，connor见到了老朋友adams，他让adams赶紧离开这个危险的地方，自己则留下来帮助对抗英军。
lexington and concord
1775年4月19日，莱克星敦。john pitcairn带领他的红衫军出现，民兵在正规军的攻势下落荒而逃，眼看着莱克星敦的势头不妙，长官john parker立即让connor送信给镇守于康科德的james barrett。一路策马狂奔来到康科德，james打算沿河岸防守，而让connor担任指挥官。接下来玩家需要指挥部队的开火时机，一共有3个阵地，骑马切换各个阵地，按b命令开枪，选在最恰当的时机开枪造成最大伤害。左上角显示部队的剩余人数与击杀英军人数，必须要在部队被消灭之前干掉130个英军。最终英军被击退，然而这也让connor错失刺杀john pitcairn的良机。
conflict looms
邦克山战役。由于英军海上的炮火压制，大陆军寸步难行。穿过城市来到海岸，connor需要炸掉两艘战列舰。这里的场面相当壮观，城市受到火炮的轰炸，建筑物被炸得粉碎，connor也要时刻小心被火炮炸到。炸毁两艘战列舰，在舰船主帆顶端挂上星条旗，任务结束。
battle of bunker hill（这里将出现宣传中的千人同屏）
跟着npc回到阵地，借助望远镜，connor看到john pitcairn就在敌阵之中，下面将要上演一场百万军中取上将首级的好戏。一路借助掩体躲掉敌人的列阵射击，往左绕路到后方，诀窍是看到敌军大部分都开火时跑出掩体，这样就不会被射中。来到高地上，john pitcairn正骑着高头大马在指挥部队，有耐心潜入的玩家可以从左侧绕路并爬树跳上旗杆，左侧的巡逻兵计较少。杀掉john pitcairn，并从他的怀中取到密函，回到阵地交给putnam将军，信中写着一个惊人的计划，神殿骑士要刺杀华盛顿。
sequence 08
something on the side
thomas hickey是暗杀华盛顿行动的主要策划人，connor来到纽约寻找thomas的踪迹。走到市集，发现有疑似thomas手下的人出现，跟着他一定能有所收获。跟踪并偷听到目标的两段对话之后触发剧情，目标果然带着我们找到了thomas。thomas拔腿就跑，connor也奋起追赶，两人引起了周围民兵的注意，最终两人都被捕入狱。
bridewell prison
监狱里，kenway将thomas调到了vip牢房，而connor则交由lee处理。lee说自己想到了一个一石二鸟之计，随之就离开了。他到底有什么打算？现在华盛顿随时都有被暗杀的危险，而connor却身陷狱中无法行动，总之先在狱中收集一下情报吧。通过偷听临近牢房的对话，似乎有一个叫weems的人能够帮助到我们。放风的时候用鹰眼找到这个人，金色目标的weems正坐在一张桌子后面等待下棋的对手，坐下与他对话，他要求先来一盘。这就是普通的三连棋，每走一步两人都会对话，不一定要下赢。当connor提起有人要暗杀华盛顿的事情时，weems决定帮助connor。weems告诉connor要先去偷一把钥匙，这把钥匙在其中一个犯人手里。上到3楼，对目标长按b键偷钥匙，偷到后放风时间就结束了，回到牢房的connor发现这钥匙根本无法打开牢门。
再次找到weems，weems告诉他这钥匙用于打开另一扇门，要接近thomas就必须先把自己送到禁闭牢房，为此他现在要大闹一场。跟众囚犯大打出手后，connor如愿以偿的被关禁闭。偷取一个会靠近门口的守卫，得到了牢房门钥匙。
现在钥匙找齐，去目标地点找thomas吧，沿途注意警卫。来到thomas的牢房，里面只有一具别人的尸体，随后赶来的thomas和lee把connor抓了个“人赃并获”，connor被处以死刑也只是时间问题了。
public execution
行刑之日，connor被押往刑场，两旁都是愤怒的人群，人们还不时向connor投掷水果。仔细的玩家也许能注意到，其实这时候兄弟会的人已经开始动手了，两旁建筑物上的守卫都已被除掉。老爷子都过来，对着connor说：“you’re not alone. only give a cry when you need us…”大家应该都知道怎么做了吧。行刑瞬间，按下lb呼唤同伴，connor被救下。拿起老爷子递于你战斧，追上逃跑的thomas，一斧子解决了他。然而，自此华盛顿的危险还没被解除，thomas并不是一个人在行动。
回到现实中，desmond又要去偷能源块了，这次的目标在巴西。乘着地铁来到场馆，这个体育馆此刻正在进行搏击比赛，能量块就在这个场馆的某处。desmond的通缉令已经被圣殿骑士散布得满世界都是了，附近的墙上就有一张，但是撕不掉。由于遭到通缉，你必须避着警卫走，如果被注意到就藏到人群里。这里没有了传统的路标，玩家跟着绿色的“exit”标志走就好。利用灯光支架从空中越过体育馆来到另一端，这里我们看到了之前头能量块时出现的那位仁兄，能量块就在他手上。追赶并击败敌人拿到能量块，这一系列的动作引起了警报，跟着蓝色的路标逃走，终于赶在地铁里站前的最后一秒乘上了。
sequence 09
随着thomas hickey的死亡，刺杀华盛顿的计划遭到挫败，此时此刻，美洲殖民地已纷纷宣布独立。随着冬天的到来，connor预感到新的一轮针对华盛顿的袭击将要到来。
missing supplies
来到营地跟华盛顿对话，华盛顿说通敌叛徒benjamin church被从狱中释放了，他很担心church会对我方造成不利的影响。connor闻之，即刻主动请缨帮助搜索church。来到山中的一间教堂内，connor的背面突然感受到一股寒意，然而他没想到杀手竟然是自己的父亲。kenway没有立即杀死connor，抓住机会的connor迅速摆脱了父亲的控制。两人对话辩驳一番之后，两人的目的似乎都是要除掉church，并且以目前的身手connor也都不过kenway，好汉不吃眼前亏，暂时跟kenway合作吧。
沿着大路走，在路中间找到踪迹并调查。接下来在附近找到一个车夫，跟他对话，提起church这名字时车夫拔腿就跑，抓住盘问，没问几句老爸就把他给杀了。两人分头行动，kenway留在原地而connor要一路跟着马车偷听车上两人的对话，两人下车后还将不断的移动，玩家可以利用身边大量的灌木隐蔽自己，跟着前进。来到湖边，两个人架着被发现的kenway登场，虽然是敌对阵营，看到老爸被打connor怎能不出手相助。解决掉13个敌人之后事件结束，kenway在战斗的中途就逃走了。
father and son
一个月后，纽约。与老爸约定的日期到来，跟随老爸飞檐走壁找到church的大本营。途中由于观念和信仰的不同，两人又吵了一架。门口，重兵把守，connor决定弄另一身衣服再老爸一起混进去。找到港口的目标，击倒后搜索身体弄到衣服。
the foam and the flames
父子俩谈到了ziio的话题，kenway说他对ziio的死感到遗憾，connor很愤怒：“当年就是你下令让lee来搜查村庄，你现在竟然对我说你感到遗憾！”，kenway有点惊讶“什么，我没有下过这种命令…”，connor根本不理会父亲的解释说：“你别再提这事！”。酿酒厂中，church早已逃走，还设下陷阱围攻父子俩，结果仍然是没办法击溃身手了得的两人。抓到活口盘问church的下落，问完话后老爸又把人给杀了，增援的敌人击爆了火药桶，酿酒厂一片大火，两人被困于火海之中。接下来要做的事情就是逃离了，老爸果然身手不凡，总是先我们一步。最终两人成功脱离险境。
a bitter end
得知church逃到了caribbean海，正往马提尼克岛逃去。乘上aquila号追击，接下来是一场精彩的海战。用普通炮弹摧毁周围的小船后，点rb换位锁链弹攻击敌人旗舰，使其失去动力，最后接舷战处理掉甲板上的3个目标，下到船舱找church。他已经被kenway揍得一塌糊涂，给他来个爽快点的结束吧。
sequence 10
connor终于和父亲重聚，他们拥有共同的目的—美国独立。圣殿骑士与刺客们是否真正能够协力作战呢？
alternate methods
来到纽约与kenway一同打探消息，跟随kenway爬到高楼偷听敌方会议。然而，从敌方的口中听不到任何有价值的情报，kenway打算用更直接的方法，他直接跳下解决了3个敌兵，随之也被大批红衫军团团包围。connor随后也跳下加入战斗，这场战斗中，远处会有3名敌兵专门负责射击，每隔一段时间就会开枪，大家要拿捏好时间找肉盾。战斗结束后，两人抓住刚才负责远程火力支援的3人，其中一人趁乱逃跑，kenway便下令让connor追赶，沿途目标会呼唤路边的同伴来阻挡你，当看到敌人并排站在你面前，按a跳跃穿过，否则会被拦下。在足够近的时候后，按b飞扑抓住目标。把人押到大本营，敌人向connor求情说：“我什么都愿意说，但千万别让我进去，若进去我就是死人一个了。”接下来的这段比较有意思，connor要把目标押往审讯室，但是目标不肯动，按下a推他，他会走一小段之后又停下，需要不断的推。不用猜也知道，kenway审讯结束后就把敌兵杀了。
broken trust
connor与kenway回到华盛顿的营地，告知华盛顿两人所打听到的消息，kenway无意间看到华盛顿桌上的信并发现了惊人的事实，华盛顿正准备攻打connor族人所居住的村庄。华盛顿向connor解释，但这也压不住connor的怒火，不过当务之急是要把路上的传令兵给拦下，阻止部队攻击村子。骑上马，追击一共5个传令兵，杀掉也无所谓。成功阻断信使之后，回到村子，clan mother告诉connor，k已经带着人要去袭击大陆军的阵地，为了避免无谓的流血冲突，connor接下来要把埋伏在大陆军阵地附近的族人放倒。一共六人都埋伏在红色的阵地周围，用空手把他们勒晕吧。转入剧情，connor找到k，k说lee把实情都告诉他了，大陆军要毁掉村子而connor则是来帮手的。k向connor袭来，无奈之下connor只好还击，k也因此丧生。
battle of monmouth
为了找到事件的罪魁祸首lee，connor来到lee所指挥的部队寻找他的踪迹，此时该部队正打算阻击一只企图占领纽约的英军，眼看红衫军开到眼前，现在御敌才是头等大事。指挥大炮抵御敌军，正中央显示要防御的时间，左上角则是我方剩余人数，防守满3分钟后我方会下令撤退。优先消灭带标记的敌军，大炮的范围攻击可以打到第二排的兵，多多利用双杀能够大大减慢自军伤亡。撤退到下一阵地，这里看到了华盛顿，connor告诉华盛顿lee是叛徒，他企图夺取总司令这个位置。
回到现实中，desmond收到了坏消息，老爸被神殿骑士所属的abstergo抓住，必须要用金苹果换人。来到abstergo总部，一路过关斩将，又遇到了之前的仁兄，这次desmond被他用枪逼得无路可退，千钧一发之计这家伙精神错乱跑掉了。跟着追上去杀掉，最后来到博士的房间，老爸被捆在正中间，desmond掏出金苹果，控制身边的警卫开枪杀了博士，凭借着金苹果一路大摇大摆的走出abstergo总部，也因这次营救行动父子矛盾得到化解。
sequence 11
connor切断了自己与华盛顿、kenway的联系，虽然charles lee已开始遭到怀疑，然而他仍然还活着。只要lee还活着，一切就都还存在着危险，connor正策划着暗杀lee的计划。connor打算利用波士顿的地道接近lee，并在海上用舰船炮击造成混乱，趁乱刺杀lee。
battle of the chesapeake
为此，首先要准备海上力量，这就需要先帮海军做些事情。找到海军长官admiral de grasse，他很怀疑connor和他的aquila号是否有能力抵御这一波英军的海上攻势。本关为海战，大约可分为3个阶段，首先是最普通的海战，敌舰较多不过大部分是小帆船，进入第二阶段后，一艘友军战舰被击沉，这次敌人大舰船的火力较猛，推荐先用锁链弹把桅杆打断，开不动的船就只能当靶子了。来到第三阶段，这时候aquila号的也快撑不住了，connor决定只身一人摧毁敌人的战列舰，开船撞上敌人之后就会出现过场动画，动画结束后要马上逃，趁还没爆炸之前回到aquila号。connor的英勇作战得到了admiral的赏识，他答应帮助connor。
lee’s last stand
按照约定，舰船会看到港口的信号后炮击，所以首先要做的是去点灯。来到港口最高的塔上，connor点燃信号。不幸的是，connor被流弹击中，状态不佳的他已无法执行刺杀任务，在目标地点connor遇到了kenway。下面是一场父子对决，kenway是不吃任何反击，玩家只管防御就好，走到一些周围发亮光的场景旁边防御会出现过场动画，几个动画过后两人被炮弹击中，根据画面提示千钧一发之际给予kenway致命一击。
sequence 12
kenway死了，现在由lee控制着圣殿骑士，connor的故事即将走到结尾。
laid to rest
kenway的葬礼上，lee在发表演说，connor企图刺杀而被抓到，愤怒的lee发誓要把connor珍爱的一切都毁掉之后再杀掉connor。士兵把connor带到一旁，lee也趁机走掉了，将一干士兵解决后询问到lee在港口。来到船上，偷听2段对话后弄清楚了lee的计划。
chasing lee
在酒吧问到lee现在正位于港口，来到目标地点用鹰眼找到lee。看到connor，lee拔腿就跑，前半段的追赶会有士兵来阻挡你，按a可突破他们的封锁。一路追来到造船厂，这里起了大火，地板塌陷两人均摔到了下层，connor还被木桩插到腹部。无法站立的connor对着lee的胸口开了一枪，然而这并没有杀死lee，最终还是让他逃了。一夜过后，在边境的酒馆中找到了伤势严重的lee，两人小酌一杯后，connor拿起knife结果了lee，拿到了吊坠钥匙。
connor回到族人居住地，这里应经人去楼空，拿起金苹果，先知出现并告诉connor必须要把吊坠藏好，最终connor把吊坠埋在了已故的师父achilles的墓中。connor的故事到此完结。
desmond一行找到了吊坠，用能量块启动剩余的3个设施后，联通最终大门的大桥开启，一路上先知会时不时跟你对话。第二个门的路线会有点纠结，先从右侧的楼梯往下来到最底层，接着找到这个唯一开着门的小室，从小室一路往上爬找到设施。（这里有段很精彩的剧情，但是各位还是好好在游戏里看吧）启动了装置，desmond倒下，先知也因此得到了统治世界的机会。
在字幕结束后会回到connor，大家可以游玩支线。主线攻略到此结束，谢谢观赏。
