神印系统和之前的星象系统，功能上有所类似，主要还是提升自身人物属性的功能。但是在玩法上来说，神印系统更加容易上手。与星象系统自由搭配的不同的是，神印系统是一条相对固定的成长路线，玩家可以一目了然地清楚自己将要获得的属性，并且该怎样逐步激活。
解封三大神印，唤醒上古之力。“神印系统”是继“星象系统”之后又一个自定义人物属性的全新功能。引入上古“三皇传说”，赋予每一位修神者“轩辕、伏羲、神农”三大神印，每一条神印都隐藏着五件上古神兵，激活神兵使神印解封，自身属性将获得到最强定义。
大禹治水真神BOSS-相柳
激活神兵需要消耗一定神元，神元主要通过同品阶的补天石、元魂、神铁碎片进行合成，补天石需要在各大剧情副本中获取，元魂则在原剧情副本上新开的单人真神副本之中掉落。因此，玩家将重返宝莲灯、嫦娥奔月、大禹治水等剧情副本，并进入真神副本挑战终极BOSS。
嫦娥奔月真神BOSS-逢蒙
真神副本只能单人参与，真神副本中通常只设定该剧情副本的终极BOSS为唯一BOSS，玩家只需将其击杀，便可100%获得元魂。
宝莲灯真神BOSS-二郎神
挑战真神副本，解封上古神印。
夸父逐日真神BOSS-赤日邪灵
