副本系统副本是玩家可以独自探索或者同朋友一起组队挑战的游戏地图，玩家（或小队）在副本中可以独享地图中的所有怪物及资源。副本内的怪物能力远高于同级别的野外怪物，与之呼应的就是更好的收益，副本里掉落的装备，无论数量还品质，都不是野外地图可以相比拟的。
在《隋唐演义》中，同一副本的难度分为普通副本和英雄副本两类，玩家可根据自己的级别限制及任务需要选择进入某一难度的副本。
1、普通副本的难度相对较低，怪物的级别和强度较副本所在地图的怪物略强。玩家可在此完成普通每日副本任务。普通副本内的掉落道具的品质和数量略低。
2、英雄副本中的怪物种类和分布大致与普通副本相同，但不论是怪物的级别、数量，还是BOSS的强度都远超普通副本，掉落的装备自然也上了不止一个档次。到了游戏的中后期，普通副本逐渐消失，每一个副本都需要玩家全力以赴方可过关。部分副本还需要特定的钥匙才能进入，其中更有着噩梦级的怪物和奢华的宝物。
隋唐演义
45级至60级副本介绍
副本名称：狼神殿
副本等级：45级以上
副本难度：普通&英雄
副本背景：突厥国师塔尔莫为进犯中原，在狼神谷建立秘密基地狼神殿，暗中与天市教勾结研制变异的怪兽，意图建立一支怪兽军队助突厥进攻中原。由于塔尔莫时常掳掠附近百姓用以制造怪兽，此事被传扬除去。混世魔王程咬金得知此事后大怒，派亲信将领亲自主持征讨塔尔莫的事宜。
狼神殿
副本名称：金光塔
副本等级：45级以上
副本难度：英雄
副本背景：千年前，信奉星宿之力乃天下本源之力的血魔三祖【诛尘】【太虚】【弑天】自封【太微星尊】【紫微星帝】【天市星祖】，利用血魔大法摄人灵魂，夺其心志，意图攻占天下，扭转人类信仰，成为信奉星神与血魔的傀儡。一时之间天下豪杰并起，人魔之间的圣战持续了上百年，其中金顶寺初代住持灵光用大法力将血魔三祖之一【天魔诛尘】封印在金光塔之中。
金光塔
副本名称：阴阳颠倒阵
副本等级：55级以上
副本难度：英雄
副本背景：天市教从万毒大阵中窃取得到万毒老祖精研一生所著的三本奇书：【傀儡术】【异兽志】与【天下阵图】。并利用其中的邪术在太原城附近布下了一座大阵，阵内阴阳颠倒，乾坤倒置，待阵法大成，太原城必定天地崩塌，生灵涂炭。
天市教中的阴阳师【无常】利用【异兽志】召唤了一批异兽驻守在大阵之中，防止阵眼被破。太原之危迫在眉睫，李氏父子召请天下英雄破阵，瓦岗义军自然义不容辞。
阴阳颠倒阵
