故事会以两条线索交错进行，第一场弗兰克·伍兹将以老人的形象登场，谈论早前他与亚历克斯·梅森一起进行任务，向我们表述如何击败劳尔·梅内德斯的方法，当然回忆是可玩的。另一部分就是反派劳尔·梅内德斯，一位在2025年的未来最终掌控全球无人机军队的恐怖分子，准备开启世界大战。当然，劳尔·梅内德斯也会登陆回忆关卡里，展现他数年里是如何增强权力的。
审问劳尔·梅内德斯。详细内容：梅内德斯被拘捕，随后将被审查。当“核心之日”组织进攻时，梅内德斯逃跑了，在任务的末尾，玩家可以操控梅内德斯，挟持人质。如果女程序员克洛伊·林奇成功救出，且特工存活，四项突击部队任务成功，末尾会出现中国空军前来救援，保住“巴拉克·奥巴马”号。否则会导致航母沉没，并导致中美开战。可选事件：杀死或者打伤舰长布里格斯上将。选择射击布里格斯上将的腿部，或选择不开枪，布里格斯上将将得以存活，并恢复奥巴马号的安全系统；否则，若选择射杀布里格斯上将，奥巴马号的安全系统将因他的死亡而无法启动。
