关卡：40号行动（OPERATION 40），美国对古巴发动猪湾行动（即历史上的“吉隆滩之战”），游戏中的剧情和历史不同，CIA特工亚历克斯·梅森（Alex Mason，本作主角）和队友伍兹（Woods）、鲍曼（Bowman）组成了代号40的小组奉命刺杀古巴领导人菲德尔·卡斯特罗（Fidel Castro）。行动非常顺利，三人顺利杀入卡斯特罗官邸内部，梅森亲手枪毙卡斯特罗，之后三人顺利登上逃亡的飞机，但是在飞机因机场跑道被敌人用车辆堵塞而无法起飞，梅森毅然跳下飞机利用路边的防空炮击毁路障，飞机顺利起飞逃走，但梅森却被古巴军队抓获。梅森醒来后，发现自己在海边，旁边有一艘写有“水中仙女”号（Rusalka）的大货轮（这实际上就是德拉格维奇发布广播的秘密通讯基地），而卡斯特罗竟活生生站在自己面前，另外还有德拉格维奇和克拉夫琴科。
通过谈话得知，卡斯特罗早已知道CIA的刺杀计划，梅森杀死的只不过是个替身，之后卡斯特罗将梅森当做“礼物”交给德拉格维奇，并请德拉格维奇折磨梅森。梅森被送到了沃尔库塔集中营，在这里德拉格维奇和斯坦纳博士似乎有另一个秘密研究，对某些犯人进行洗脑，让其为自己服务。由于梅森本就是CIA特工，很适合拿来作杀人工具，于是被实施了洗脑，灌输了刺杀美国总统肯尼迪的命令，同时还在大脑里植入了一套密码破译程序。
但是梅森具有超强的意志，对德拉格维奇的命令并没有很明确的反应，于是判定对的洗脑失败了，斯坦纳博士放弃了梅森，将他送回集中营，负责拖回去的正是雷泽诺夫。雷泽诺夫一心想要报仇（德拉格维奇不止一次背叛，而且迪米特里的仇也要报），但是凭自己似乎实力不足，于是当发现梅森被洗脑的事情后，就对梅森灌输了“德拉格维奇、克拉夫琴科、斯坦纳都必须死！”的思想。日后梅森与雷泽诺夫相识，并和其成为了好朋友，雷泽诺夫计划将梅森送出去。而梅森自己对于被洗脑的事情一无所知。
