剑3问情篇以发生在仙剑3故事之后的一个事件作为引子，将长达19年的一段恩怨情仇娓娓道来。第一男主角南宫煌的父亲赤炎乃是从锁妖塔中逃出来的狼妖，与蜀山女弟子丝缎一起隐居于山野，但终究没有逃过仇家的追杀。南宫煌被蜀山派门人常纪收养，视同己出，长大后更担负起了拯救蜀山危难的重责，同时也揭开了自己的身世之谜。游戏中当然少不了“仙剑系列”一贯擅长的感情戏，两位女主角各有特色，令人难以抉择，同时游戏中还增加了友情、亲情的成分，玩家将会接受一次情感浪潮的冲击。
支线剧情表情选项好感度：
注：支线剧情里，基本都是表情选项，以下全部按左边表情为1，右边表情为2归类
一：唐家堡--温慧支线（孝子偷钱）
1、温慧好感度+5
2、温慧好感度+0
二：绿萝嶂--絮儿支线（苗地寻踪）
1、絮儿好感度+5
2、絮儿好感度+0
三：里蜀山--温慧支线（英雄救“美”）迷宫内找到温慧后： 温慧好感度+10
四：渝州--温慧支线（钓鱼）
1、温慧好感度+0 习得乾坤一掷
2、温慧好感度+10 无法习得乾坤一掷
五：蜀山后山醮台--絮儿支线（仙兽召唤）
1、絮儿好感度+10 无法得到梦溪杂录128页
2、絮儿好感度+0 得到梦溪杂录128页
六：石--絮儿支线（石村幼女）---此支线分两次选项
第一次：石屋前（自己取的名字= =）
1、絮儿好感度+5
2、絮儿好感度+0
第二次：民居屋内
1、：絮儿好感度+0
2、絮儿好感度+5
七：施洞--絮儿支线（打雷的妖怪）
此支线没有选项，但分两部分增加好感度
发现桃子一战云中子：絮儿好感度+5
取得喔喔二战云中子：絮儿好感度+5
八：厥阴蔽日东南--温慧支线（玉红草）
1、温慧好感度+10 完成支线后无法得到子母锤图谱
2、温慧好感度+0 完成支线后得到子母锤图谱
注：选1虽然会+10的好感度，但失去图谱就得不偿失了
选2虽然当时+0的好感度，但在合成冰魄锤时，会因为赠送以及合成，填补回10点好感度
