在通过三角定位与女孩取得联系后，多支三角洲小队兵分多路前往将近沦陷的柏林，想抢在马卡洛夫的人马之前找到女孩，但马卡洛夫已经先行一步发起了突袭，与“合金-01”小队一同执行任务的另一小队(花岗岩小队)在突入时遭遇埋伏全部阵亡，“合金-01”小队别无选择只能自己杀进大楼，但在与德国装甲部队协同前进时遭遇伏击。
玩家将先后扮演俄罗斯抵抗运动组织成员Yuri、三角洲特种部队成员Westbrook、FSO特工以及TF141的Captain Price，辗转于陷入战火的全球各大城市，从纽约、柏林到巴黎、伦敦，一方面在正面战场对抗俄军和极端分子军队，另一方面在隐秘战场直接追踪马卡洛夫，并最终将其消灭。现代战争3使用了全新的IW5引擎，并且经过Infinity Ward极为高效的优化。在高画质下可以取得非常优异的画面表现，亦在低画质下照顾了配置不高的机器。
