现代战争3是使命召唤：现代战争系列的收尾篇。在本作当中，由扎卡耶夫、马卡洛夫、谢菲尔德将军引发的全球战争将在各国首脑的斡旋下宣告结束，而被列入恐怖分子名单的马卡洛夫亦会在TF141和各国军事力量的协同行动下最终被绞杀。然而，现代战争系列的最终结局却也不能算一个完全的喜剧。从现代战争到现代战争3，登场人物到最后只有屈指可数的两三个人活了下来。在本作当中，玩家将先后扮演俄罗斯抵抗运动组织成员Yuri、三角洲特种部队成员Westbrook、FSO特工以及TF141的Captain Price，辗转于陷入战火的全球各大城市。
夺回了纽约后，美军将目标转移到布满于哈德逊湾中的俄军主力舰队上，“合金-1”小队与一支海豹小组通过布鲁克林-炮台公园隧道（即478号州际公路）从水下潜入停泊于哈德逊河的俄军舰队，进入其旗舰——一艘满载远程巡航导弹的弹道导弹核潜艇（奥斯卡II)，三角洲和海豹小组突入潜艇内部，夺取了潜艇控制权，将潜艇上的所有导弹射向了附近的俄军舰队头上，任务成功后，美军最终突破俄军对纽约的包围，俄军被迫从美国东海岸撤退。
