《轩辕剑六》的故事背景跨越了商周两个朝代。在公元前1046年，历史上著名的牧野之战爆发。西方周人领袖——周武王姬发，趁天下共主——商纣王子受派出朝廷大军去远征东南方淮夷之际，率领西方诸侯，在孟津联盟会师，闪电袭击防卫空虚的商都——朝歌。年老的纣王措手不及，在鹿台上自焚而死，立国六百年的商朝至此灭亡——历史名义上似乎进入了"周朝"这个新纪元。
脉轮系统：
海轮：代表色为红色，是生命与活力的体现
密轮：代表色为橙色，象征着乐观与自信
日轮：代表色为黄色，控制着身体与心灵
心轮：代表色为绿色，为滋润感情的力量
喉轮：代表色为蓝色，辅助感知与表达
灵轮：代表色为靛蓝，是发现力量的洞察能力
顶轮：代表色为紫色，能够超越自我，是进入天上之门的关键
每个主角都独立拥有自己的七轮系统，他们的等级、经验值、数值刻度皆为分开计算。系统开放时，队伍中所拥有的角色七轮等级直接为一，有新角色初次加入队伍时，皆会拥有七轮并且等级为一，当角色离开队伍时，程序会自动记录该角色离开时的七轮等级、经验、调整刻度，当角色再次加入队伍时，七轮便直接是该角色离队。
