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剧情开始,是俄罗斯的局势动荡,前作的叛军头子扎卡洛夫被俄罗斯人捧成了英雄,前作的最后,肥皂被救上了直升机回到了英国,晋升上尉后继续带领SAS执行反恐任务,而大胡子上尉被俄罗斯人带走抢救,但是政局动荡后,大胡子被关进了库页岛监狱,但是这些肥皂并不知情,肥皂一直都认为大胡子上尉已经阵亡,包括SAS也这样认为,之后肥皂加入了新成立的141特遣队,第一个任务就是到俄罗斯寻找美军坠毁的卫星,找回ACS,也就是卫星的敌我识别系统,掌握了这个东西就差不多等于掌握了美国的战略防御力量
但是这个系统在被肥皂偷回之前就已经被复制并被保护了,为日后俄罗斯大规模进攻美国埋下了伏笔,带领这支由各国特种部队精英组成的反恐部队,飞机场杀戮那关是主线,美国的一名CIA探员为了打入卡马洛夫所在的恐怖组织,和卡马洛夫一起参与了机场杀戮,但是美军中已经有人把这个消息告诉了卡马洛夫,准确说,这是一起策划的阴谋,在最后要逃出的时候,卡马洛夫将CIA探员打死,故意留下了他的尸体,这件事情在激进派主政的俄罗斯引起轩然大波,几乎所有俄罗斯人都一口咬定是美国人搞的大屠杀,于是,主政的激进派决定倾全国之兵进攻美国,而此时,141特遣队在巴西里约热内卢抓到了恐怖分子的小头目,得知了在库页岛上有个重要的囚犯可以提供141特遣队以重要的信息
在协同海豹部队解决完油井平台的危机后,141特遣队便全部转战了库页岛监狱,但是肥皂万万没想到,所提到的那个“重要的犯人”262号犯人便是他以前的上司,普瑞斯上尉,之后,141特遣队到达了西伯利亚组织俄罗斯人的核潜艇下潜前往美国,普瑞斯上尉进入潜艇后不但启动了武器打开了发射井盖,而且发射了16Magaton的核弹,在美国东海岸高空引爆,制造了大面积的EMP (电磁脉冲辐射)。
这里可以肯定的是Price控制潜艇有意发射EMP,而不是俄国人自己想发射。因为任务一开始的时间倒数是潜艇下潜的时间,另外Ghost有一句台词,也是说我们要尽快,否则潜艇就会下潜了,另外在导弹升空后,Price说:"Good"。用EMP来瘫痪,包括各种汽车,作战飞机,坦克的装备,让被俄罗斯装甲部队打的很惨的美军好喘口气,来缓解美国的压力,然后才有了宇航员从外太空看到核弹爆炸,然后被冲击波冲飞的场面,之后141特遣队的幽灵和Roch一起带领一个小组的人前往俄罗斯一个度假山庄,找出有美军内部人和恐怖分子同流合污的证据,结果一开始便被伏击,之后就剩下了幽灵和R一起逃脱,但是在逃脱后,便被暗算,其幕后黑手终于出现
就是一开始那个代号牧羊人的美军中将,原来,前作中,陆战队强侦连被核弹引爆后全数阵亡让这位将军脸上挂不住了,也让美国的军事势力瞬间滑落到了一个低谷,总统责怪下来,让这位将军的脸面全无,所以,他暗中成立了一支部队,代号影子,也就是游戏后期,那些黑桃臂章的美军部队,来为他服务,目的就是挑起美俄大战,他可以贩卖情报从中渔利,当肥皂和普瑞斯上尉得知这个消息后,决心为两人报仇,也为所有牺牲了的141特遣队队员报仇,便只身潜入到影子部队的老巢去找到牧羊人,杀掉他,拿到证据,此时,141特遣队被迫解散,而普瑞斯和肥皂也成了通缉犯,最后,肥皂使尽全身力气将匕首扔了出去,杀了牧羊人,在自己就要快走向天堂的时候,尼古拉,就是前作中救到的那个俄罗斯情报局人员,和普瑞斯一起把肥皂救上了直升机,整个游戏就结束了,剧情大概就这样子