双星物语这个游戏是以主人公皮皮洛和布库尔的探险经历为主线的。在冒险之前，主人公们会在村子里将进行一系列的准备工作，首先通过同村人们的对话，能够得到进行游戏非常重要的4本词典。其中“魔兽词典”从布库尔的师父凯特那里得到，“道具词典”从道具店的普利克那里得到，“人物词典”从村人埃利亚那里得到，“成绩词典”从神殿的守护者布尔那里得到。
首先找到宠物，然后再开始冒险！从布克村出来之后，首先去“希柏利塔之丘”，在那里生长着一棵叫“古代杉”的大树，在它的下面，支着一顶帐篷，在帐篷附近有一口井，从井边上可以听到有动物的叫声从井下传来。主人公可以从帐篷中借来绳索，下到井里，在那里就可以找到宠物了。在所有的冒险伙伴都凑齐之后，就可以开始正式的冒险旅程了。最初要去的的是在大陆南部的“帕维尔庭院”的“中央水路”。最初的探险难度并不大，虽然主人公们的级别低，但只要小心应付，应该很快就能顺利闯关。在这里将到达迷宫的第一个分歧点，并且会有一个剧情出现。主人公们能够遇到一对寻宝者纳塔莉娅和特姆。从他们口中得知要想继续探险必须要得到能够启动充电小车的电池，对于“帕维尔庭院”的探险就暂时到此为止。
此后回到村子里在得到酷爱蘑菇的丘特爷爷的指点后，去了卡洛普洞窟。在“洞窟之路”碰到了一个“谜一样的男子”，不知道为什么他向两人传授了“百式天眼·改”的秘法。这样在迷你地图上，主人公们就能看到用红点代表的敌人了。此后，再沿卡亚帕森林的“森林主路”进行探险，在森林深处可以再次遇到纳塔莉娅他们。并被他们告知后面的路上因为有巨石挡路，所以需要到村中的武器店中购买力量手套才能够搬开障碍物。按照他们的话做了之后，可以再次回到森林的分歧点继续沿着“通往祭坛之路”进行探险。在这里的关尾可以第一次遇到敌人魔法师“科尔贝托”。并且同他召唤来的巨兽进行了一场苦战，在胜利之后可以找回“地之神像”并将它带回村里，安放在村中神殿的祭坛之上。此后回到卡亚帕森林去“妖精通路”进行探险。在茂密的森林深处，他们找到了妖精“希洛弗”们所在的村庄。在同族长安普洛弗的谈话中得知，在很久以前，妖精们同人类也曾经有过交流。另外，他们被族长拜托帮助寻找一名在森林中走失的族人。在对“大耳兽之森林”进行探险时他们找到了走失的妖精“希洛弗”的族人利普尔，正如大家所猜测的那样，她是被怪兽们给绑架了。
在将利普尔送会家后，为了表示感谢，妖精们将“水之妖精”存放在他们那里的“水之键”交给了主人公。下面，主人公们会再次回到水源丰富的帕维尔庭院去冒险。再次去帕维尔庭院然后去炎之火山在帕维尔庭院的的分歧点，使用水之键可以打开“秘宝之路”的大门，在那里最深处的祭坛上能够找到一颗拥有无穷魔力的魔宝石“极寒之宝玉”，在装备上它之后，主人公们就能够施展“水之魔法”了，它对于火之属性的敌人尤其有着非常高的攻击力。另外还可以用来击毁“火之魔法壁障”。下一步冒险的地点是“凯诺比火山”，在那里可以用刚刚得来的宝玉施展“水之魔法”打开封在洞口的“火之魔法壁障”。首先要去的是“溶岩地带”。在这里再次可以遇到“谜一样的男人”从他那里可以学到二级奥义“王者练极气功”，能够在成功的进行十次极限攻击后，得到一次极限蓄力一击的机会。在掌握了这一奥义后，他们可以去下一个地点“溶岩洞窟”。
在这里他们遇到了老朋友纳塔莉娅和特姆。并从他们那里听到了关于“4匹古代龙”的传说。后面的路因为有断崖，必须要找到飞索才能飞跃。据说，飞索在村子里的一个戴着帽子的小男孩那里。而这个男孩就是普利克的儿子丘诺，听丘诺的母亲埃菲讲，他好象去了特丽波卡湖附近。在湖畔的小桥上丘诺告诉他们，他在卡亚帕森林里把鱼钩给弄丢了。这时主人公们拿出在森林中拾到的鱼钩交还给他，作为答谢丘诺将绳子也一并送给了主人公们，这样就得到了飞索能够顺利飞越凯诺比火山里的断崖了。
在回到火山的分歧点后，选择“通往祭坛之路”在关尾再次同魔法师科尔贝托召唤来的怪兽进行战斗。然后同“蒙面男子”会面。到目前为止还没有人知道这个男人的真是身份。从关尾的祭坛中可以找到丢失的“水之神像”。然后可以重新回到分歧点踏上“妖精之路”，在那个迷宫的最深处能够见到火之妖精“萨拉玛塔”的维尔坎一家。他们的两个小儿子因为始终生活在一个狭小的世界中，觉得非常无聊，因此，布库尔决定将布克村家中的故事书送给它们，故事书放在他房间的桌子上。收到布库尔赠书后的维尔坎一家非常高兴，将它们保存的“风之键”交给了主人公们。诺姆村，维特奈乐园以及……使用“风之键”的地方是卡亚帕森林里通往“通往秘宝之路”的入口。在进入到这里之后，可以得到的道具是第二块宝石“疾风之宝玉”，装备后就可以使用风之魔法了。利用它打开由地之魔法壁障封印的卡亚帕森林的“森林支路”，在迷宫的最后可以及见到“蒙面男子”，从他那里学会能够使两人合力的奥义“奥义·双锤飞天翔”，主人公们的能力也得到了进一步的提高。
下一个目标显然是被“土之魔法壁障”封印的卡洛普洞窟的“洞窟主路”。在洞窟迷宫的最深处主人公们又见到了提前到达那里的纳塔莉娅等人。从他们那里可以了解道前面迷宫的两种设置。首先是金刚岩的设置，这种岩石用普通的炸弹无法炸毁，只有用威力最为强大的雷管才能够将其催毁。于是他们回到地面上去达布纳沙漠，从商人那里买来了雷管又开始继续探险。最先走的是“妖精通路”。在通过迷宫后能够到达土之妖精居住的诺姆村。村中的长老齐库立特告诉他们，在500年前，土、水、火、风的4个妖精一同参加了同魔王的大战。在胜利后，圣女蒂阿拉将宝玉分别交给四个妖精。齐库立特虽然掌握着“火之键”但是却不能就这么白白的交给他们。而是让他们用美酒来交换。当然，对于这两位年轻人来说，到底什么才是最美味的名酒他们并不太清楚，于是他们就想到了村中最喜欢喝酒的村长彼得鲁，并决定向他去请教。可是村长平日里总是东游西逛不在家。最后主人公们终于在附近的达布纳沙漠里找到了这位老人。村长同意把自己长时间酿造的美酒“美青年”贡献出来。两人回到村子后，来到诊疗所从村长的女儿皮卡姆那里得到美酒后，返回妖精们的村庄，把酒交到齐库立特的手中。老人非常满意，如约将“火之键”交给了他们。
另外，诺姆村的铁匠培科也将自己制造出来的电池送给了他们。这样主人公们又增加了许多可以去探险的迷宫。
下一步是去寻找另一个道具，首先去凯诺比火山的分歧点。使用“火之键”打开“通往秘宝之路”的大门。能够在最后得到火的魔法石“灼热之宝玉”。这样主人公们又能够施展火之魔法了。利用这种魔法他们可以除去“水之魔法壁障”前往帕维尔庭院里的“周边水路”。在那里从师父“蒙面男子”那里又学到了新的奥义“奥义·雷击爪牙走”，这样他们就具有了聚集包括宠物在内的三个人的力量进行攻击的能力。这种最具威力的奥义对于他们同魔王的战斗大有益处。此后他们可以走上“通往祭坛之路”去夺回第三尊神像“火之神像”，在迷宫的深处，他们无意中偷听到了“蒙面男子”同魔法师科尔贝托的谈话，了解到这两个人是相互协力的关系而不是同谋。他们的目的好象是要解开什么“封印”。在这里将召唤来的巨兽邪水龙打败之后，就能够得到第三尊被盗的神像“火之神像”了。
然后返回到村里，将神像送回到神殿之后，务必要去自称领主的普休凯制造的地下室里去看看。在那里可以得到可以吸开金属像的强力磁石。带着它首先去帕维尔庭院的分歧点，从那里沿着“妖精通路”，可以来到深藏在地下的水之妖精“维特奈”的住处。原来这个村子被建成了一个游乐场。但是因为远离人们聚居的地方，所以从来没有人来过。应游乐场的管理员拉比斯女士的请求。主人公们决定帮助妖精们进行宣传。他们拿着宣传用的海报回到了村里，在同酒店的女主人库拉蒂商谈后，将海报贴到了酒店中最现眼的位置。回到妖精们的住地后，他们如愿得到了能够打开卡洛普洞窟中通往秘宝之路的钥匙“地之键”。在进入到卡洛普洞窟的秘宝之路后，主人公们得到了另一个魔法石“大地之宝玉”，然后又去了洞窟中的“通往祭坛之路”进行探险。天之回廊、谜之废墟、还有幻之大地以及在祭坛的前面主人公们再次见到了魔法师科尔贝托。
在击败了它召唤来到怪兽双头龙希多拉之后，向前走，在神像的前面见到了“蒙面男子”。在第四个封印被解开后，布克村的深处发生了巨大的变化。从很久以前就被关闭的另一扇门被打开了。在回到村里将神像送回神殿的时候。他们发现村中一直流传的通往阿普利埃斯神殿本殿的大门已经打开。从那里可以进入到神殿的其它部分。在进入神殿之后，能够到达“天之回廊”，在那里又能见到纳塔莉娅同特姆。而且，蒙面男子和科尔贝托也同时出现在那里。在那里首先选择“通往秘宝之路”的方向，在迷宫深处能够得到“闪光之宝玉”，然后再去“祭坛之路”。在将召唤来的怪兽消灭之后，可以来到祭坛前看到蒙面男子和科尔贝托正将光之封印给解除。至此主人公们终于了解到科尔贝托的真实目的是想将500年前，被封印镇住的魔王维斯帕给唤醒。在地面上“谜之洞窟”中通往“埃斯比纳暗黑迷宫”的大门也被打开了。此时那个蒙面男子的真实身份也终于大白于天下了。
他就是传说中的圣骑士帕拉迪斯。魔王被六个封印给镇住，而其中的关键全在圣女蒂阿拉身上。中了石化的魔法一直沉睡至今的圣骑士帕拉迪斯为了能够让心爱的人蒂阿拉重新复活才会帮助怪兽解开魔王的封印的。在混乱的时候，首先先将“暗之神像”得到手，此后就剩下最后一个“光之神像”了。而这尊神像被保存在刚刚打开的谜之通路的迷宫深处“埃斯比纳暗黑神殿”当中。在暗黑神殿的“冥之回廊”里，他们听了纳塔利阿同特姆的介绍。首先去“通往秘宝之路”取得了“暗黑之宝玉”。然后走上了夺取最后一尊神像的旅途。去“通往祭坛之路”。在那里他们最终打倒了威力无比的召唤兽，当他们走向祭坛的时候，最后的封印也就是由“圣女蒂阿拉”的身体做成的封印被打开了。随之而来的是大地发出强烈的震动。在阿尔杰斯大陆的上空出现了一个谜一样的浮游在空中的大地。
这时魔法师科尔贝托将帕拉迪斯称作魔人，劝他一起加入魔王的阵线，却遭到了帕拉迪斯的坚决拒绝。他宣布要继续同魔王进行战斗，并且不会再用人体封印这一同归于尽的方法。受帕拉迪斯所托，两位主人公将圣女带回了村子里，安置在酒店的二层。这时他们已经收集到了全部的6尊神像。但他们知道事情还远远没有结束。最终他们劝说圣女蒂阿拉，同意他们与魔王进行最终的决斗。最后的秘密隐藏在大陆北面赛尔弗的废墟当中。在那里能够到达被魔王封印的魔幻大地“塞尔芬迪纳”。在蒂阿拉的祈祷同宝玉的作用下，通往那里的道路被打开了。在进入了“天之回廊”后。两人不断的前进，又通过“王之回廊”到达了“通往寝宫之路”。最后终于登上了同魔王进行决战的最终舞台。面对从沉睡中醒来的魔王维斯帕他们到底能不能取得胜利呢？
