《三国志Ⅵ》和以前各代最大的不同在于其独特的“天、地、人”系统，这套系统源自我国古代“天时、地利、人和”的说法，而对整个游戏的把握也要依靠三者之间的有效配合和运作。这个系统使得6代彻底走出了过去各代游戏的窠臼，从而为7、8两代的全面变革打下根基。下面简述一下6代的这3个要素：
天时
天——“挟天子以令诸侯”
6代中，献帝不再只是可有可无的摆设，只有天子才能给予玩家更高的官位或爵位，只有和天子关系拉近，才能得到更多的封号，从而间接得到带兵数量的提升，名望的提高。比如最高官位的大将军可带20000人，而君主本身只是白身的话，部下最多只能带5000人。《三国志Ⅵ》扩充势力的关键，在于如何尽早控制献帝，所以本代的献帝自然成了“招财菩萨”，人人得而抢之，这就是所谓的“挟天子以令诸侯”。
地利
地——“各地专有的特色兵种”
6代废止了5代的部队阵形模式，只保留兵种的特点。由于此作的士兵防守能力很高，因此无论是攻城战或守城战都费时良久。而攻城战中首次引用了半即时的作战模式，玩家每回合下达的指令都是三天一个周期，而一旦下完了命令，电脑将会自动在之后的三天内按照玩家的命令行事。这个设定很符合历史信息不能及时传达的真实情况，另外6代的兵种设计很有特色，出现了“蛮族兵”、“铁骑兵”等少数民族军队，并且每个地域能招募的兵种个不相同。正所谓南船北马，在北方所向披靡的铁骑兵到了南方的水军面前就只能任人宰割，各个兵种间相生相克，再加上地形的限制，使战斗的变化多种多样。
同5代一样，兵粮在此代的重要性不言而喻。战争中一旦兵粮被夺，那么就会造成士气下降，士兵逃逸，必败无疑。值得一提的是6代的单挑，采用素描线条勾画出来的武将轮廓，在单挑动画中，武将的一举手一投足都熠熠生辉，并且一些知名武将施放必杀技的时候还有专有动画，是6代的单挑显得真实而有魄力。笔者以为，《三国志Ⅵ》的武将单挑堪称该系列一绝。
人和
人——“有理想、有性格的武将”
《三国志Ⅵ》的武将出现了性格和理想，忠城度也不是简单的封赏就能轻易提高的，而是要看主君的作为及相性、理想的异同。如果一个残暴的君主手下某些武将极其重义，那么他们不久便会离你而去；反之，一个野心极大的武将遇上一个暗弱之君，那么该国发生内讧也是必然的事。除了将领以外，士兵也没有了训练值，而是以士气衡量战力，士气为0的军队会自动瓦解。三国6的人性化还体现在以下几个方面：拥有一定谍报力(>=5)并任命军师的国家，当发生国土周围有他国武将活动时，会自动召开军事会议商量对策，而且三国6的军师谁都可以当。如果敌人想来攻占我国的领地，有一定谍报力的(>=5)会先于敌人进攻之前获得情报，并通知君主采取措施应对；而谍报力差的可能等到对方兵临城下了才如梦初醒。这种“先知先觉”的设定在三国志系列中属6代独有，非常的有意思。
《三国志Ⅵ》的一般指令都是同时下达给各将领的，所以执行时敌我武将的步调一致，就出现了很多新的变化。比如会出现敌方比我方早一步占领空城的局面，这时就要开会决定攻城部队是否继续前进；当我方的部队出征在外时，有可能后方遭到偷袭，这时可以让出征的部队再返回防守。有时候武将也会因为性格莽撞或懦弱，发生不听君主号令的情况。这种种人性化的特点，都被今后的9代所采用并加以改进了。
