支线任务3：龙形舞天蓝图
开启时间：打血佛后
关闭时间：下湖宫前
在九回龙弯遇到龙族少年阿格达，他拜托龙九州将一只龙心转送给心爱的天族少女。来到转世天岩将龙心交给玛拉儿，再回到九回龙弯找少年复命，得到龙形舞天蓝图。
支线任务4：紫獠兽
开启时间：打血佛后
关闭时间：进入天关
开启条件：在小天山见过喀丝加
来到神堡得知喀丝加离家出走，龙九州答应将她找回。来到关外峡道遇到喀丝加和王刚在斗嘴，两人为了比较胆量一起进入迷雾林，龙九州赶紧跟了过去。在林中遇到落单的喀丝加，正说话间闻听密林深处传来王刚的尖叫声，于是留下燕真和天威陪伴喀丝加，龙九州只身往迷雾林深处摸去。绕到树林西方找到王刚，他说不远处有鬼魂出没，帮他调查一下宝箱消除他的恐惧，两人一起往喀丝加处会合。在原地却不见了喀丝加等人的身影，正诧异间身后出现一只怪兽，一掠便不见踪影。寻到树林西北角空地终于找到三人，天威与燕真正为喀丝加疗伤，得知他们受到了怪兽的攻击。留下王刚守护，其余人沿怪物逃逸方向来到紫藤巢，在这里打败紫獠兽获得紫兽獠牙。在一具骸骨手中拿到宝剑紫獠破，然后说服喀丝加在王刚的陪护下返回天山。在圣府事件之后，前往莱亨镇拜访王夫人可得三青印。
支线任务5：真假龙九州之一
开启时间：打血佛后
关闭时间：湖宫对决
开启条件：龙九州、燕真在队上
在小天山遇到凌夫人，她指认龙九州拐走她的女儿，燕真向她解释之后，龙九州感到此事有些蹊跷。来到西境驿站遇见秦老和儿媳陆香霏，秦老指认龙九州拐走其孙睦元，更令龙九州感到奇怪。再到松阳村，村民张滔又说龙九州拐走他的女儿琴儿。来到莱亨镇找柳妇谈话，得知她的女儿涓儿也失踪不见了，龙九州觉得一连串的事件针对自己而来，想必是有人栽赃陷害，决定将此事调查清楚。
支线任务6：铸典遗篇
开启时间：打血佛后
关闭时间：下湖宫或排教之邀事件
开启条件：龙九州、燕真和天威在队上
三人来到莱亨镇神武分舵，听廖发说神武会视为至宝的铸典遗篇在石林出世。来到石林，在尽头的山洞里发现一只巨大的雪蛛尸体，上面插着一把剑，由于上面染上蛛毒，众人用布将之包裹起来收好。再往无我河调查，在河边发现一具尸体（项梁）。过桥后来到破庙，遇到神武会弟子飞泉和孟彦在争夺从石林得来的铸典遗篇，河边的项梁也正是他们下的毒手，这时一名少女项灵出现扒走了遗篇。然后来到小天山看到孟彦正要抢夺项灵手上的铸典遗篇，龙九州等人上前将之打败，得知河边的死者正是项灵的兄长，为了报答救命之恩，项灵将遗篇赠给龙九州。龙九州携遗篇往神武会见掌门人武殇，武殇为叛徒孟彦等人的恶行感到羞耻，将铸典遗篇赠给了龙九州。获得铸典后可开启任务栏里的宝物搜集册，可以看到各种道具的详细图说。
支线任务7：宵练剑
开启时间：打血佛后
关闭时间：下湖宫或排教之邀事件
开启条件：获得染毒的宵练剑
来到元阳帮和帮主尹拂阴谈话，得知剑上所沾染的雪蛛之毒要用万年参精才能除去。万年参精可在七重天打武将得到，在神堡的楼梯处也能找到。将万年参精交给尹拂阴即可获得一把宵练剑。
支线任务8：战帅转生之一
开启时间：打血佛后
关闭时间：下湖宫后
开启条件：龙九州、燕真和天威在队上
在东野的战神滩遇到上古战族之王战帅，战帅希望三人能帮其转生，为此必须要找到两件关键道具——青魂绝和青魂绝魄。于是一行人来到天关天绝洞，龙九州为赴舍身台之约，决定在洞内参悟如来神掌，燕真和天威在洞外护法，这时会玩到一个“神掌新境”的小游戏，共有3个顿悟关卡，玩家要记住中央黑幕播放的招式顺序，然后在下方的格子里排列出来，具体解法如下：
天佛引路：3、6、7、2、1、4、10、9、5、8
普渡众生：8、2、6、7、3、9、1、5、4、10
立地成佛：5、10、1、4、9、8、6、2、3、7
此小游戏若能成功通过，龙九州将可获得任一式如来神掌加一级与内功加两级的奖励。
龙九州出关后，三人赶到郢苍山舍身台去见荆雷，龙九州虽百般解释仍消解不了荆雷的仇恨，执意与龙九州一战。取胜两场后圣府的司太虚和北斗出现，将荆南天的尸棺带到，说明荆南天是被奸臣魏忠的墨玉神功所杀，荆雷在忿怨中五蕴俱灭沦入魔道，打败他后龙九州为其重开五蕴化消戾气，最后荆雷决定和雅丽丝一起返回天山参佛修道。如当初选择超渡血佛，则荆雷会坠崖而死。龙九州大战之后又消耗真元过渡，最后倒在地上陷入昏迷。
第三章 往古来今 一梦千年天地事
踏罡步斗 四阵九曲逍遥宫
昏迷中的龙九州被带到圣府治疗，梦中看到天地初始时邪魔与梵天交战，梵天用无声的意识与龙九州交流，让他从天地初始之态来融通天道宇宙的生灭法则。不料这种意图被邪魔察觉，转身朝龙九州攻来，梵天在救护时为邪魔所伤。
梦中醒来，龙九州将梦里情形向司太虚描述一遍，司太虚道出他是梵天选中的传人。帮司太虚击退邪魔后，龙九州往石室拜见狂龙前辈，两人分别化为梵天和邪魔在上古时代对决，完成试炼后梵天真力耗尽化为元胎投往转生界。不久卫士来报说转生界有状况发生，于是龙九州和北斗前往探视，战斗之后司太虚见他与元胎有缘，嘱其照料元胎。不久转生界为幽魅所侵，在战斗中天威、燕真与司太虚不敌身亡，龙九州见到触目惊心的惨状恍然失神，邪魔趁机借助元胎转生……
龙九州从梦中醒来，才知之前种种皆为梦境，此时幽兰前来探视，关切之情溢于言表。龙九州随幽兰来到大厅向司太虚道谢，感觉司太虚似乎在催促他离开，龙九州只好辞行离开圣府，在经过树林时感受到真元涣失，为了不让燕真和天威两人察觉，便让他们到莱亨镇等候，自己先找地方调理一下。踌躇间天降大雨，于是往东南进入破庙避雨，在庙里遇到美艳夫人和花奴，将花奴打败后，美艳夫人觉察出龙九州真元流失命在旦夕，出手封住他的穴道和经脉，在佛像后面为其疗伤，这时欲仙和无念禅师赶到，两人在破庙外打起来，美艳夫人暂时止住了龙九州的真元涣失，帮助他逃离破庙。
来到莱亨镇客栈与燕真和天威会合，这时石复赶到交来一封书信，发信人约龙九州到少林寺见面，表示能够帮助龙九州恢复两成功力，并嘱其不要贸然前去圣府，三人于是遵照信上所言动身赶往少林。
支线任务9：莫医人
开启时间：出圣府并在迎远楼会合
关闭时间：石林遇到爱恨女神后
开启条件：龙九州在队上
途经无我河时遇到钓鱼的莫医人，他用钓线搭在龙九州的脉博上，诊出他真元涣失并被封穴的事实，燕真和天威怕他对九州不利，上前与莫医人交手，如果输给他，可得到一本脾窍经。
支线任务10：无念禅王
开启时间：出圣府并在迎远楼会合
关闭时间：石林遇到爱恨女神后
开启条件：龙九州在队上
在经过天佛寺时遇到无念禅王，两人由禅理展开一番讨论，这里的问答有以下选择及不同的结果：“在下会记得禅王，告辞”，结果无；“原来是教外八系的无念禅王”，结果得知白灵锋的下落；“见识一下禅王的禅机如何高深”，武斗的结果是战斗，文斗选“禅机是有也是无”结果是无，选“……”结果是得到脑窍经。
支线任务11：欲仙
开启时间：出圣府并在迎远楼会合
关闭时间：石林遇到爱恨女神后
开启条件：龙九州在队上
在前往少林时，抽身返回莱亨镇会在街道上遇到欲仙，他正用极其残忍的手段对付对手。龙九州见状上前斥责，欲仙这时闻到龙九州身上有美艳夫人的脂粉气味，回答会有几种选择：“我与美艳夫人有一夜姻缘”结果是战斗得肾窍经；“美艳夫人为在下疗伤，所以留下香味”，结果是欲仙不信离去；“谁是美艳夫人？”结果是战斗必败。
支线任务12：血河神君
开启时间：出圣府并在迎远楼会合
关闭时间：石林遇到爱恨女神后
开启条件：龙九州在队上
行经湘原时遭到血河神君手下的包围，这时飞蝠客出现并与血河神君抢夺龙九州。就在两人唇枪舌战互不相让时，龙九州一行人趁隙逃出，并拾到血河神君掉在地上的肺窍经。
支线任务13：飞蝠客
开启时间：出圣府并在迎远楼会合
关闭时间：石林遇到爱恨女神后
开启条件：龙九州在队上
在血河神君事件之后，来到中原的逍遥湖畔遇到飞蝠客，他逼迫龙九州做练功的鼎炉，打败他可得肝窍经。
支线任务14：千岁武帝之一
开启时间：出圣府并在迎远楼会合
关闭时间：在少室山、水云林和永定坪3次放弃
开启条件：得到石复书信
来到少室山不见发信人的踪影，却出现了一伙排教徒众，天威想起杀母之仇气愤难当，上前准备向他们出手。这时龙九州出言劝阻，天威愤而离队，龙九州随排教徒众前往排教。燕真赶到天关找到天威，两人担心龙九州的安危前往排教探访。到了排教，天威在山下等候，燕真到排教大厅与龙九州会面，然后一起去弱水见老祖宗心如止水。心如止水见到龙九州道出要取如来神掌的心愿，在他攻击的时候燕真赶来却不是他的对手，这时一道剑芒射入水底，心如止水连忙跃到岸边察看。岸边伫立着一个名叫玄姬的美丽女子，声称要用剑器的秘密来交换龙九州。心如止水很感兴趣，当即应允，玄姬告诉龙九州少林的易筋经可以恢复他两成功力，原来她就是石复书信的发信人，于是龙九州遵嘱前往少林拜谒衍空大师。在山下与天威会合后来到少林，战斗中将衍空大师打败得到易筋经和地藏顶。
在石林遇到神鹰上士鹰扬和爱恨女神碧尘仙两人，鹰扬道出自己取得梵天宝典成为古今第一武道宗师的夙愿，而碧尘仙则妒忌他对美艳夫人的眷顾，鹰扬见她有杀美艳夫人的动机，突然出手欲置之于死地，龙九州在千钧一发之际现身救下碧尘仙，两人均为鹰扬的先天阳气所伤。
碧尘仙见龙九州在重伤之下并无大碍，还运功替她疗伤，想他的吸纳功夫定有异于常人之处，提议以探心大法来了解他体内真元流失的原因。于是众人来到石林附近的山洞，燕真和天威在洞外守护，碧尘仙以一吻探知龙九州的身上藏有圣甲元体之心，所以才能化外来的功力为自身真元。碧尘仙提议趁鹰扬找美艳夫人的时候，去他的逍遥湖宫盗取梵典上卷。当众人来到逍遥湖畔时，龙九州挂念美艳夫人的安危，要燕真和天威前去救助美艳夫人，而龙九州则和碧尘仙进入湖宫探访，在这里有两个选项，主线剧情会有分支，分支1比较繁复，须破阵还要打逆通七窍的游戏，难度较大，不愿挑战的玩家可选择较简单的分支2剧情。
主线分支1：龙九州与爱恨女神下湖底一探究竟。
与碧尘仙交谈后得到鱼珠，两人进入逍遥外殿发现武卷不知下落，周围墙上还有4道门，分别通往4道谜阵，当碧尘仙向龙九州表达爱慕时为龙九州的言语所伤，羞愤交集下跑入阵中，这时龙九州要破解4阵谜题进入逍遥内殿。4阵不需全部解开，但要至少解开东西或南北方向阵法各一。
1.逍遥东殿
阵法谜题：宇宙万物，皆有其平衡，东宫的7个星座亦然，角宿房宿相抗；箕宿亢宿相引；氐宿心宿对等；尾宿能量一十有八，白、红、蓝3种星体，能量各有多少？
谜题解法：令白星的能量为Ｘ，红星的能量为Y，蓝星的能量为Z。
角等于房：X+Y=Y+3Z
氐等于心：X+2Y+Z=2X+Y
箕等于亢：X+3Y=2X+Y+Z
尾等于18：3X+3Y+3Z=18
解方程得出：X=3；Y=2；Z=1。即白星的能量为3、红星的能量为2、蓝星的能量为1。
