《忍者无双》的流派系统为流派成员提供了一个交流互动的平台，玩家在加入流派成为流派成员后可以参与到流派的建设中来。随着流派的壮大，流派成员可以得到各种丰厚的回报。
流派庄园
1、流派成员可在其中一起参与种植作物，收获作物，为了防止敌对势力的流派来抢劫庄园，玩家还可以守护自己流派的作物。
2、在作物种植后，流派成员可以给作物充灵，从而增加作物收益。作物充灵满后，作物上方会有守护标志，玩家就可以守护自己的农田了。
3、为了流派中的每个玩家都能参与到庄园种植中来，玩家在流派庄园里的种植、收获等操作是有一定限制的。
忍术馆
1、流派研发及学习流派技能的场所。
2、研发技能需要流派职务族长或副族长才能研发。
3、玩家想要学习流派技能就要赶快加入流派，玩家退出流派的话已经学会的流派的技能暂时不可用，玩家从新加入流派后会重新生效。
仓库
1、放置流派获得的奖励。
2、流派通过流派战、据点战获得宝箱奖励会放置在流派仓库里。
3、只有流派族长和副族长才能在仓库里放置并分配流派奖励。
流派大厅
1、研究以及升级流派建筑物。
2、升级流派建筑需要流派职务族长或副族长才能升级。
3、升级流派各功能建筑可以增加建筑的功能，比如升级忍术馆建筑，可以提升玩家学习的流派技能等级。
悬赏任务
1、建造悬赏任务后，玩家可在其中接受特殊任务。
2、完成任务可获得丰厚的流派贡献、银币、声望奖励。
3、悬赏任务只有流派职务族长或副族长才能升级。
