500年后，商业化航空技术已经成熟，联合国也通过了银河开发法案，人类的太空时代正式拉开帷幕。 人类开发飞船在某颗星球上遭到异星生命体X物质的侵蚀，紧接着X物质利用掠夺的情报侵袭并灭亡了该开发飞船的母星。整个星球在7天内灭亡。为了生存，人类破译了X样本并对人类基因进行优化，同时通过改造小行星建成多艘方舟级太空母船，这一大逃亡事件标志着流浪时代的开始。
人类的星球开发基地几乎全部沦陷，方舟尽量搜集关于X的隐秘历史，发现了利用星尘能量抵御X物质侵蚀的方法，并向着可能成为人类最终希望的目标前进。在此背景下，克隆技术与基因优化不断培育着新一代的人类。为了进一步教育新人类与掌握神奇的力量，星海学院建立。
星海时代60年，游戏正式开场：在星海学院，一批13岁左右的孩子被集结起来，他们当中既有热血少年，也有被X物质侵袭但仍保持人性的感染者；既有地球人的贵族后代，也有地球人和宇宙基因合成的新人类；既有阿格莱亚统治者后代的高等人，也有地下城出生的劣等人，外部面临X物质控制的黑暗追杀势力压迫，内部面临人种属性的阶级冲突和潜伏感染者的颠覆，整个世界观表达的是一种绝望中的信仰坚持：在已经丧失信仰、面临灭亡的最后时刻，人类将如何坚守最后的人性。
