传说，封神仙魔大战，截教通天教主，为了保住天下第一教派头衔，使用上古神器诛仙四剑立下诛仙阵，与众仙佛鏖战，只战得天昏地暗，空间破碎。最终被群仙重创，遁逃而去。诛仙四剑遗落世间，从此故事拉开了序幕。
名山依旧在，仍见夕阳红。虽然空间破碎成片，神州大陆偏移，确是另一番仙景。没了阐教，天下教派百花齐花，宝物仙府也如雨后春笋。简而言之，不管是人间，仙道亦或是妖族，都受到了莫大的牵连。之后由搜寻仙府神器所引起的上古悬案，云览修行途中的神仙眷侣传说，天下霸道之争的哀鸿遍野……还有错综复杂的派系暗流，窥探神州的外来神魔等等一些列故事构成了庞大的仙魔纪世界。少年英雄们，正投身于这乱世，需找各自的机缘，踏上了修仙妙道。
正值神魔大战后，世界大变革，少年英雄们修炼于山野，得老君指点，清除截教妖孽残余，提升自我修行，踏上了成仙之途，立即为了自身命运展开了一段斩妖除魔的历程。路途中发现了诸多惊天秘密。截教通天教主并没有想象中残暴，妖精们也不尽都凶恶，吃小孩的也有神仙（寿星老）。随着少年英雄们的怀疑，和阐教神仙的关键逐渐恶化了。随后少年英雄们通过灵识宝物的追踪还揭开了当年神魔之战，老君和原始天尊为了彻底打败通天教主，勾结了西方教接引道人（阿弥陀佛）和准提道人（准提菩萨），甚至连通天教主的大弟子多宝道人（如来）也是老君手中一棋。得知秘史被揭露的众仙大发雷霆之怒，派遣诸神对知情者报复打击，或杀或剐或卖为奴或镇于塔。鉴此，少年英雄们为了弥补自己泄露机密导致朋友遭难的过失，决心帮助动物修士争取一片生存空间，与保守的群仙展开斗智斗勇的鏖战。之中又遇到了破碎空间的唐僧师徒，帮助揭开了佛祖之谜。唐僧师徒各为其主，从中作梗，千头万绪，错综复杂。最终少年英雄们在通天教主灵识的帮助下，搜集全了至宝诛仙剑阵，打退了神佛诸多势力的侵袭，还欲将发现的老君与铁扇公主丑闻公诸于世，老君苦衷自食，被迫退出战团将祸水西引。
佛祖法力无边，早早算出了有此大劫，为保西天洗脑大本营不失，立即派出座下四大弟子将祸水东牵，听闻蓬莱有瀛洲，上有天照大神，法力甚强。佛祖设计让倭寇夺走少年英雄们挚友，施展驱虎吞狼之计。少年英雄们只得东渡瀛洲，发现这里景色独特，民风怪异，一场恶战却不可避免。原来瀛洲女王卑弥呼被一向宗（佛家瀛洲代理）挟持，一向宗对内残暴统治，对外阿谀奉承，瀛洲百姓苦不堪言。一向宗为了完成使命，集岛国人力物力于少年英雄们致命一击。最终在女王的帮助下，召出天照大神，少年英雄们捣毁了一向宗本部，解放了瀛洲。
正当少年英雄们要回归本土之时，变故突生。港口黑云压城城欲摧，山雨欲来风满楼。一艘黑船耸立天际，伴随惊涛骇浪缓缓而来。随着万炮齐鸣，少年英雄们深陷一片火海，女王卫队伤亡惨重。只见船上一人，赤脚踏浪，如履平地。白袍猎猎，神情黯然。救世主悠然登场。以极其温和的语气要求少年英雄们和众人信他得永生。被少年英雄们断然拒绝后，善意的重伤了少年英雄们，并“教化”了瀛洲，将少年英雄们众人送回中土，并附书一封，信我既得救，信我得永生，即日将至。
见识过厉害的少年英雄们，正是愁眉不展之时，却发现仙佛两家一同到来，愿意尽弃前嫌，合作抵御修仙界第一大灾。原来创世教已经吞并了诸多世界，神佛法力已不及，所以倾力合作，一同互保，一场惊天大战就此拉开帷幕……
