“炼天地之万物，为我所用”是炼器系统的精髓。炼器功能是《跨越千年》中极具特色的系统。炼器炉为上古秘宝，掉落凡间为黄帝所获，由于玩家助黄帝战胜蚩尤，建立华夏联盟，因故被黄帝赠与玩家，以辅助玩家行走时空，争霸天下。
熔炼
熔炼炉可以化天地万物，取其精华结为晶石。晶石可投之与炼石八卦炉，可投之与炼器八卦炉。更是玩家进行装备强化等操作的必备用品。
炼石
将晶石放置于八卦炉各个炉眼中，可以点燃对应炉眼的图标，点击炼石就可以启动八卦炉，而八卦炉熄灭后，则可以根据玩家在八卦炉各个路演中的晶石放置情况，收获晶石。
炼器
炼器乾坤炉可以摄取天地之精华“晶石”之能量，炼化万物。炼制不同的物品需要消耗不同数量的晶石，而每种物品的炼化过程都有可能失败。
合成
玩家可以使用合成功能，直接获得用于装备提升的符印，也可以通过合成功能获得更加高级的符印材料。
