商朝末年，商纣王帝辛祭祀女娲时，于女娲宫中写诗亵渎上古神明女娲，遂失天道。轩辕坟三妖奉女娲之命为祸殷商，以示惩戒。因轩辕坟三妖祸乱商朝，天下大乱，周武王岐山起兵，逐鹿天下。
上古洪荒仙人妖三界崩分，鸿钧老祖化为天道后，坐下童子昊天成为玉帝统管新天庭，天庭初建无神管理，昊天担忧无神管理的三界崩坏，遂向鸿钧老祖求要神仙，鸿钧老祖已化为天道，授意门下阐截人三教仙人共签封神榜，定365正神。而阐截二教不合，以商周之争为契机，各辅佐一方，展开封神之争。
人界商周争霸，仙界阐截相争，却不料诸仙共签的封神榜不知缘何失踪。封神榜若不能签则天下山河，五湖四海，飞禽走兽之神皆不能封。届时山河崩裂，四海狂暴，最终人间将回到上古天柱断，天河水灌入人间，下界妖孽横生祸害人间时的惨状。玩家为当年女娲补天时五彩补天石九世转世灵童，鸿均老祖徒孙，有挽救天下之灵根。闻封神榜失，偷偷离开紫宵洞府前往三界寻回封神榜，以救天下。
