第三章约会与敌人
从没有过的快乐!
回到家中，真嗣给真奈打电话，告诉了她芦湖之行的安排。真奈听后显得十分高兴。
夜里，真嗣想着近来发生的一切以及数天后的约会，一时间无法入眠。
约会当天，真嗣乘电车从第3新乐来到银铃，之后见到了身穿便装的真奈。两人按照原计划踏上行程，开始了这愉快的一天。
坐在长椅上的时候，真嗣与真奈的手握在了一起，两颗心似乎也贴近了许多。
不久前曾出现过的谜之移动物体终于被NERV捕获，通过美里和明日香的现场调查，发现此物并不是使徒，而是由人制造出来的人型兵器。另一方面，真嗣收到命令，立刻赶回总部待机。
在碇司令的命令下，同调率实验再度开始。心中颇有几分不满的真嗣来到了律子博士的研究室中。
见到了律子博士，可没想到她却决定暂时中止实验，一切等将那谜之物体回收后再行安排。
真嗣见以明日香并且得知驾驶谜之物体的人也是与自己相似的14岁少年。当听说那人正在战略自卫队的医院中治伤时，因为好奇心的驱使，真嗣便决定前去控望一番。
在医院、真嗣又遇见了真奈。真奈称那伤者是自己的朋友，明日香先行离去，真嗣则与真奈一起来到屋顶。
真嗣问真奈与受伤的少年究竟有什么关系，这时加持出现，他叫两人以后洒再到这里来。
两人离开医院，在河岸边的草地上坐下。此时夕阳西下，真奈与真嗣虽然心中有很多话想说，但一时却不知该如何表达。
真嗣的心乱极了，他不知究竟该相信谁，真奈是否真是同谍的疑问令他坐卧难安。
在芦湖，NERV的行动并未停下。碇司令希望能将中外一架谜之兵器找出来，可惜时间慢慢过去，一切均未有进展。正当美里已有些不耐烦的时候，总部的命令传来，让她与真嗣等立刻返回。
