第五章是否该这样分离
依旧是昔日的你我!
车子疾驶向NERV的大门，可谁知前面的路居然已被封锁。站在最前面的便是司令官、真嗣的父亲碇元渡。美里无法违抗上级的命令，只好听凭真奈被人带走。而面对真嗣的哀呼，碇司令根本无动于衷。
晚上，真嗣与里因为白天发生的事而心情极差。加持到来，他责怪美里竟对无辜的人被害而熟视无睹。
真嗣来到NERV总部在L-3的中央作战司令室见到父亲碇司令和冬月副司令，他们对真嗣的苦恼似乎并不在意。
来到L-1，沿C2通路进入庭园，在这儿又遇见加持，在加持的鼓励下，真嗣决定去寻找真奈的下落。
真嗣、明日香、东治、剑介、光等五人来到真奈的家，可惜在这里未能找到有用的线索，只看到一行巨大人型兵器的足迹，众人猜测这是真奈的同伴之一留下的。大家根据地图以及过去人型兵器活动的范围思考
上学时听到嘈杂声，真嗣来到外面看见校外有一辆货车，真奈正被关在车后的铁笼内。
真嗣等随后追踪，来到湖边。原来，军方是想以真奈为诱饵，引她的那名同伴出现。
乐治和剑介在对岸用烟火吸引住自卫队的注意力，而真嗣则趁机来到关真奈的铁笼边。巨大的人型兵器从湖中出现，它突破自卫队的火力网，并开始四处破坏。
军方无耐之下只好请NERV相助。美里驱车来到，接真嗣回总部启动EVA初号机。
零号机、初号机、二号机一同出动，但真嗣因为对方劫持关关有真奈的铁笼，所以迟迟不敢出手。
人型兵器开始逃走，真嗣和明日香切断了电源随后追赶，可惜直到后备电源用光也未能追上。军部为避免这人型兵器逃离日本而引起国际争端，所以决定投下NN爆雷将一切抹消!
真嗣与奈对视良久，真奈告诉他芦湖的约会以及美里的晚餐都令自己终生难忘，而现在一切都将结束。“对不起，再见了，真嗣君!”
NN爆雷投下，人型兵器被蒸发成一快结晶。大家都认为真奈已不可能生存，但只有真嗣坚信她仍在人间。
晚上，真嗣与明日香共进晚餐，而对意志消沉的真嗣，明日香似乎也变得乖巧了许多。
第二天，真嗣独自坐在长椅上，思考着以后的路该如何去走。
最后时限的来临!一切是否将结束?
