秘宝系统在玩家完成40级主线任务之后开放，是一项能够大幅强化主角及伙伴战力的重要功能。玩家可以通过画面下方的秘宝按钮进入相关界面。
秘宝共分四类——风林火山，分别对应强化了体、忍、幻、生命这四种主属性。每个角色同种秘宝仅可装备一个。
“秘宝融合”功能可以提升秘宝的等级，以进一步强化角色的属性。达成融合的方式有三种：消耗同类秘宝、消耗特殊道具、消耗金币。
“秘宝转换”功能可以指定将一个秘宝转换成另一种秘宝，玩家将能随意根据需要变更手头上的秘宝类别，十分实用，不过该功能仅对未融合升级过的秘宝有效。
