《姜太公的小岛》的故事发生在元末，爱国人士男主角听到倭寇正在侵犯中华领土——“姜太公小岛”，高喊“国家兴亡，匹夫有责”来到小岛打击倭寇。
在抗击倭寇的战斗中，遇到了正义凛然的英雄常遇春和有情有义的神秘女子“鞭子姐”。 游戏的世界观基本与武侠相同，加入了一些神话色彩，将中国四大神兽化为人形，使之成为推动游戏故事情节发展的重要元素。游戏的过程中，玩家将会与四大神兽作战、交流，从而逐渐理解他们内心隐藏着的想法……
游戏的结局自然是赶走了倭寇，成功保卫了小岛。
然而，一切的一切，却没有那么简单。 为什么倭寇不惜血本要攻下荒芜的小岛？目的是什么？ 自远古起就居住在大陆的四神兽为何心灰意冷来到小岛？
十二岁的萝莉为何甘愿同机械师一起叛为汉奸？
保岛归来后，剑圣的守护之剑竟然挥向了……？
游戏表面看充满激情，实际故事中充满了小人物逐渐发现自己无法改变世界的无奈感。
