游戏开始，
月夜，杨别父子在船上救起落水女子张彩。在和追踪而来的黑衣人的战斗中坚持3回合，张彩会发动毒水阵解决他们。黑衣人逃走后，将晕倒的张彩带回采石村的家。
次日，杨别出门打鱼，在家门的正下方，和一个渔夫打扮的npc对话后，进行钓鱼小游戏。 胜出后，杨别回到家中，得知采石村附近的小南河已经被追杀张彩的人下了毒。张彩本人也中了他师兄下的毒，杨别为了替她找寻解药，来到采石村附近的石竹林（出了采石村，在世界地图的左上方）寻找解药石楠花。 拿到石楠花后，回采石村，张彩发现自己的锦囊不见了，锦囊里藏有一件非常珍贵的东西。杨别在村中寻访。在和采石村的村民对完话后，杨别忽然想起可能是张彩落水时落在河中了，于是来到小南河边，找回锦囊。
回到村中，发现采石村已经被追杀张彩的人包围，为首的青年名为水苏。为了不牵扯无辜，杨别三人无奈出逃。
三人来到石竹林附近废弃的采石场，发现采石洞已经被废石堵死，在采石洞里搜寻一番后，找到了硫磺等三样物品，制成炸药后，从炸开的洞口中逃出。
出来采石洞，沿世界地图向下，来到鲤鱼川，发现这里的人全部都死去了。几人四处查看，在鲤鱼川的药店（左手第一间屋）里找到被当作新药品试验人的宛儿，由于自小身体变成药罐子而产生抗药性，虽然身中剧毒却活下来。为了替宛儿寻找治疗她的药物，几人决定前往－－泉州。（世界地图的右下方）
进入泉州城中，张彩提议去城中有名的藏药圣地－－扁鹊塔（全州城的东北角），在扁鹊塔的顶层找到药物--雀尾草。下塔之后，发现张彩的师兄--水苏已经率众包围了扁鹊塔，但是却中了张彩故意布下的毒。而解药却恰是刚刚到手的雀尾草，双方约定次日交换解药。水苏离开后，杨别在扁鹊塔顶收服木之金石妖。
当晚，杨别决定一人去交换解药，来到约定的地点－－本草园（出到世界地图,在泉州左下方不远处）, 在本草园内堂遇见水苏，战斗，必败！
第二日，张彩和杨随来到本草园救醒杨别，张彩将其师父的密书《千金方》交给杨别，随后张彩和杨随二人被水苏挟持！
杨别苏醒后和宛儿一路跟踪水苏一行来到泉州酒楼，偷听后得知张彩故意诱使水苏等人去海中一小岛拿《千金方》。
追踪水苏一行，来到泉州码头得知几人已经登上了商船"无忌号"。为了混上无忌号，杨别回到泉州来到波斯商人府，（就是门口站着一个黑人的那个）和他交谈后，来到波斯府内厅，击败波斯家奴后，波斯商人会带领杨别混上"无忌号"。
游戏开始
在无忌号中闲逛一圈，发现船已经出海，无奈中……决定先找到父亲再说。 从无忌号甲板上下来，到甲板仓发现底下的货舱有古怪，下去后发现父亲杨遂被关在一个箱子里，救出他后和闻讯前来的水苏战斗！胜利后，在水苏的身上找到"避水桑"。此时海盗攻船，为首的是一个美艳女子--海狼。
来到船尾，发现无忌号已经被海盗占领，击败三拨海盗之后寡不敌众，杨别父子被海狼强逼入伙。
二人被带到海盗船海狼号上，和一个海盗对完话后，来到自己的房间--沿甲板下去，右转第一间房间。 三个月后，杨别父子已经渐渐熟悉了"海盗"的生活，杨别为了替父亲解毒用心研习《千金方》，发现少了一味药物"开心果"，在海盗船上四处寻觅，在海盗路飞处(船舱左转第一间房)击败他得到药品"开心果"。
第二天，杨别来到海狼号仓库，治好了因生怪病而被当作海神祭品的海盗小呆。二人来到甲板，恰逢风暴，众海盗认为是杨别是杨别触怒海神，于是将杨别父子二人扔下大海…………
