封神一战，东方三界统治权落入道教手中，佛教避走西方，双方划海而居，共治三界。诸神以玉帝如来为首，向三界宣扬慈悲为怀，善恶有报，只需心诚都可成神，成神者即可飞升仙界，坐享三界供奉。人皆慕长生，是以人妖都以升仙为目标，自此两族兴亡全落神佛掌中。
灵台方寸山，坐落在南瞻部洲，传闻山中菩提老祖早已得道，却迟迟不愿飞升。卸去种种光环，他也只是一个为徒弟操心谋划的老人。数年前，有一妖降生方寸山，此子汲取天地灵气，应运而生，被山中灵物尊为万灵之主，菩提见其聪颖，收其为徒。
万灵之主虽灵力甚高，却心智单纯，眼见三界众生被神佛愚弄，单枪匹马杀上天庭，被玉帝如来联手镇压，修为尽废，被菩提老祖救回山中。菩提本就见不惯诸神行事，此时更是不共戴天，用尽毕生修为救治万灵之主，期待有一天能看徒儿亲手报此血仇。
正值西汉末年，大司马王莽专权，将汉室血脉赶尽杀绝，唯有刘秀逃过一劫。汉室自诩得天命，却不知这一场灭族大劫只是两大天王一缕小小贪恋。
此时，自封神之战，被众神当做靶子的纣王帝辛，魂居魔界，在阿修罗王的煽动下伺机复仇，强占凤鸣山为属地，准备与天庭对抗到底。
神佛为粉饰太平，祸水东引，三界灵根人参果树正面临被毁危机……
万灵之主能否恢复如初，携手孙悟空等人平定三界危机，打上天庭，为众生争一个太平人生？一切尽在战天神！
