有网页游戏的地方就会有公会的存在，《TNT弹道轨迹》公会战在每周六的19:00至21:00间进行，届时同公会的玩家可以组成3人小队参与到公会战之中，战斗规则同竞技模式一致。玩家可以通过公会战获得公会经验以及个人资金。公会经验可以为公会升级提升助力，而个人资金可以购买公会福利提高生命值或攻击力。
此外，争夺据点更是公会战焦点。房主在每局战斗开始前都要选择将要攻占的据点，同其它公会进行战斗，系统会根据战斗的胜负自动为公会分配该局战斗公会获得的占领值。公会战结束后，据点将被占领值最高的公会占领。
公会战据点共有5个，占领据点的公会，在未来的一周内都能获得对应的增益效果，占领的据点不同，可以获得的增益效果也不同。占领医疗站，公会成员生命值提升50点；占领实验室，公会成员强化概率提高30%；占领军械库，公会成员的暴击伤害加成提高10%；占领捕猎场，公会成员武器初始攻击力提升10点；占领战营，公会成员提升25点生命值，5点攻击力；占领实验室，公会成员强化泰坦芯片概率提升30%。
每周六19:00至21：00期间，玩家在公会地图，点击建筑“公会战”即可进入公会队伍界面，公会成员可以在这个界面组建队伍或者是寻找队伍。完成队伍的组建后，在公会战房间中选择想占领的据点，就可以开始匹配对手进行作战了。公会战的战斗结束后，公会根据胜利或者失败获得一定的占领值，公会成员在战斗中要格外注意据点的占领值情况，公会战结束后，只有占领值排名第一的公会才能占领该据点。
《TNT弹道轨迹》的世界共分为13个区域，每个区域拥有5个据点，能占领据点的公会都是该区域的佼佼者。在公会战中，每个区域的公会，都通过紧张激烈的公会战争夺自己区域据点的占领权，以便为公会的发展添加更大的动力，而究竟鹿死谁手，装备、技术、团结无疑都是非常非常重要的因素。
