一开始，我们见到的是今次黑白的舞台伊修地方的博士，アララギ博士。（阿拉垃圾？战场原荡漾）
她向我们介绍了PM是什么，相信大家都知道了吧。和前作没什么两样，是和我们一起战斗一起游玩的生物。
之后，就轮到选择我们的主角了。有男女两种选择，之后便是设定名字，输入完毕后，会介绍本作的两位劲敌，贝鲁（女）和切雷恩（男）。之后便正式进入游戏。
一开始主角在房间里，两位劲敌会走进来。之后会和主角说起关于博士送的礼物的事。礼物上的信写着，从三只PM中选择一只！之后打开礼物。
这里笔者选择了火猪。
随后两位劲敌也选择了PM，好战的贝鲁主动要求与主角对战。她使用的是被主角选择的初始PM克制的那只（Lv5)。
无论战斗胜负（胜利就得到500，败北的话。。呵呵。。），因为精灵对战，房间里乱得不成样子（。。。）。然后切雷恩帮助主角和贝鲁的PM回复HP。
之后与切雷恩对战，他使用的PM是克制主角选择的初始PM的那只（Lv5)。
战斗后（胜利得到500）因为妈妈的呼喊，两位劲敌下楼，跟着下楼吧。
原来楼下的妈妈听到了精灵对战的声音，便喊三人下来，之后三人才想起去研究所的事情。两位劲敌走后，妈妈会帮主角的精灵回复体力。
之后得到视频功能！然后离开自己家。
从自己家出来后看到贝鲁急匆匆的离开。去贝鲁的家（左边），一进去就看到贝鲁对自己父亲表示要成为伟大的精灵训练师。之后贝鲁往外走的时候看到了主角，说了“没关系的，没关系”，便离开了。（小光你跑错世代了。。）
之后往博士的研究所（最上面）进发，看到门口立着的两位劲敌，和切雷恩说话，一起进去见博士。
进去后博士向三人打招呼，正要自我介绍的时候，切雷恩却说出了她的名字，博士大囧。。之后她重新介绍了自己，是为了研究精灵诞生和起源的博士。随后，她说PM是值得信赖的一起战斗的伙伴，并且问你要不要给初始PM取名字。（这里随意）
不管你说什么名字，她都会说是个好名字的。。。
接着她说到了PM图鉴，对此贝鲁表示疑惑不解，博士做出了解释。PM图鉴是能自动记录遇到的PM资料的道具。主角等三人要为了精灵图鉴的完成而踏上冒险之旅。这里选否的话会无限问你。。老实选是吧。
在此之后，博士会说要教大家遭遇野生PM的方法，要大家来1号道路等她，之后离开了研究所。两位劲敌为之后如何冒险议论纷纷。
离开博士的研究所，两位劲敌也会一起出来。主角的妈妈正在门口等着主角，她会赞赏主角受了博士完成PM图鉴的愿望。（我是被迫的。。TAT)把小镇地图给了主角等3人。
之后妈妈鼓励主角在伊修地方尽情地冒险，便离开了。两位劲敌也去1号道路找博士了。
往右，再往上去镇子，和两位劲敌一起去1号道路吧！
博士会在那等着，告诉众人PM图鉴会自动记录遇到的PM，如果能捕获PM能得到更详细的信息。之后便是一场演示的捕捉精灵的过程。
随后主角得到5个精灵球，博士离开。两位劲敌发下了竞争宣言后也跟着离开了。
之后往上走，到下一个城市前面。两位劲敌就在那等着你，问你抓住了多少PM。不过，数目并不影响什么剧情。（就算抓一只也可以）然后博士用视频功能叫大家去精灵中心。
进入下一个城市，到精灵中心门口（出镇的路被2个怪人拦住了），发现两位劲敌正等着你。进去后博士在里面，会介绍精灵中心的功能，之后和上面的乔伊小姐说话恢复PM的HP.
