1998年7月，美国中西部小镇拉库恩（Raccoon）市。STARS特警队员克里斯（Chris Redfield）和吉尔（Jill）在对发生在拉库恩市郊区的离奇恐怖生物偷袭人事件的调查过程中，发现了隐藏在其背后的可怕真相。原来国际制药大企业Umbrella公司在市郊的医药化工厂（实为生化研究所）秘密进行的生化武器实验，在一次实验过程中，致命的T病毒泄漏了。
所有的研究人员，包括研究所里的动物，都因为感染了这种病毒而变成了会吃人的僵尸。STARTS队员冒死摧毁了研究所。能侥幸逃出的队员克里斯等4人回到镇上揭露了这个阴谋。但由于小镇的经济全靠这家公司所开设的制药厂来支撑，而且所有的证据都随着研究所的爆炸而烟消云散，所以没有人相信他们拼死查出的真相。
然而Umbrella公司并没有就此罢手，虽然他们的骨干研究员约翰（John）已经在这次事件中感染病毒而死亡，但公司又很快安排了一位年轻有为的科学家威廉（William）在拉库恩市的地下制药厂开始了一种新的更可怕的G病毒研究。
第一章开场（Opening）
今天是利昂（Leon Scoot Kennedy）第一天到拉库恩市上班的日子，他驾着一部吉普车，进入了拉库恩市内，由于见到有一名女性伏在马路上，于是便停车看看是什么事。同一时间，在市内的一个油站内，一名运油车司机突然被那里的店员咬了一口，这令他非常愤怒，但他并不知道这会带来什么影响。
利昂检查地上的伤者，发觉她身上有着一些奇怪的伤痕，正当他思索是什么造成的时候，马路上出现了多个人影向他走来，他们双目无神，神情可怕。
利昂拔枪试图阻止他们，但他们却仍是不断接近，刚才伏在地上的女人这时也变成另一名僵尸，抓着利昂的双脚不放。
利昂不得不开枪，中枪的僵尸虽然被冲击力迫退了一两步，但却没有停下来的迹像。利昂边战边退，手上的子弹也所余无几了。
就在这时，身后一所餐馆的后门突然打开，一位少女从那里走了出来，唯一不同的是，这少女似乎知道利昂正用手枪瞄着她，叫道不要开火，于是利昂明白到她也是正常人，就叫他趴下，并开枪击倒了她背后的僵尸。
利昂觉得再留在这里太危险了，于是建议一起前往警署。俩人在路上发现了一辆警车，总算暂时逃离了僵尸的追击。在车上才发觉无线电失效了。
在自我介绍之下，得知那少女名叫克莱尔，是来拉库恩市找寻哥哥克利斯的。由于见她手无寸铁，于是让她拿走车内的手枪自卫。这时不知从哪里飞进来一个僵尸，利昂为了开枪击退他，结果车子失控，但那僵尸也总算被抛出车外。
由于其他的门都被锁上了，利昂沿着原路走回大厅，途中要留意经过西北角通道时，会有很多僵尸的手从围板外伸进来，因此应尽量贴近另一边的墙壁前进。回到大堂后，可前往位于中央的女性石像前，只要在这里使用独角兽硬币，石像手上的水瓶中会掉下一枚葵扇锁匙，取走锁匙后应再次进入一层大厅左下角的房间，进入位于房间后通道中的资料室。
进入资料室后，先从文件架上发现“巡逻报告书”，将铁梯子推到尽头可取得放在架上的手摇键。接下来从梯上到二楼，用葵扇钥匙打开位于通道尽头的门。以后再也不需要这把锁匙了，可将其扔掉。
进入通道后，解决4名僵尸警察后，可安心地取手枪子弹，这里的木桌上了锁，暂时不能开启。继续前进来到警署内的图书馆，沿着旁边的楼梯可登上3楼，但有块地板突然烂掉，只好来到图书馆的暗角，这里有个可动式书架的电源键，按键后离开这密室。
这时利昂发现4 个可动书架和密室内的壁画很相似，于是把书架移动成壁画中的样子，壁画下方突然出现一个暗格，在暗格里得到一支象棋相插头（Bishop Plug）。
从图书馆的另一个出口离开后，来到了大厅的2楼部分，这里也有数名僵尸警察，但只要专心逃走是可以甩掉他们的。经过二楼大厅的中上方时，发现了可通往一楼的梯子，为了日后方便，可将梯子放下。
绕过大堂二楼，来到了大厅右下角的房间，这里没有敌人，只有道具箱及打字机，在沙发上有把小钥匙，在打字机可得到色带和“秘书之日记A”，里面提到那些石像的事。回到一楼大厅左下第一间房间，以小锁匙开启那里的锁，铁桌子里放着手枪子弹一排，而与此对应的二楼的这间房间的木桌子则放了手枪强化部件，与手上的VP70组合后，便能变成一支可三连射的手枪。
接着来到二楼拿到小钥匙的方间，从另一个门进入通道，这里的一角有一部失事的直升机阻着去路，只有先进入另一通道，这里有一大群乌鸦聚集在一名僵尸的尸体身上，虽说调查那尸体两次可得手枪子弹一排，击退乌鸦所需的弹数可能更多。离开这通道后来到一个大平台，阻塞着通道的直升机残骸一大部分就在这边，利用这里的水箱或许能救熄直升机的火，但就要先找到转动活门的手把才可。
从平台另一方的铁梯离开警署，回到了街道上，路上到处都是僵尸。利昂边战边前进，到达了一间小屋中，这里有打字机、手枪子弹及色带，还有正在找寻的活门手把。
回到警署二楼的平台，在水箱下使用活门手键，使水箱的压力过大而裂开，涌出的水将直升机的火扑熄了，于是回到通道，虽然其中一边的门被撞坏了无法开启，但现在可以进入位于尽头的房间。这里放了不少艺术品。从箱子的一角得到一把钻石钥匙，另外发现墙壁上3个石像中，两个女性石像的胸口位置都有一个颇大的空隙，于是将先前收集到的两枚红宝石放在这些女性石像的洞口，中央的石像受感应而开启了机关，从暗格内取得了一支象棋王插头（King Plug）。
进入二楼大厅右下角的房间，利用道具箱整理好装备后，再进入右侧通道，这次开启了通道正对着的门，这里是连接警署一楼和二楼的后楼梯，在这里和下层的角落均种了一些绿色药草，不要拿太多，否则没有地方存放以后能找到的道具。
经后楼梯来到警署右方办公室的后门，检查离入口不远的尸体两次可找到手枪子弹，而在办公室内则有另一个小房间，里面放了一个设有四位数字锁的保险箱。保险箱中除了有霰弹枪子弹外，还有一份警署地图。
离开这房间，遇上大群僵尸围了过来，解决他们后可进入通道。最初到达的房间要利用钻石锁匙才能打开，这里是警署内的认人房，台上放了一罐急救喷剂和一束电线，而架上则放了一支象棋车插头（Rook Plug），由于取下急救喷剂，就会有个猎食者从玻璃外跳进来，想避免战斗的人可不取这东西。
房间的另一边放了很多杂物，但只要拿走桌上那把小钥匙后就可离开，经大厅到大厅左下第一间，用钥匙打开这里的锁，进入通道，用电线开动通道中窗户的闸门，从通道前往一楼左侧中部的房间。这个房间是最后需钻石钥匙的房间，开锁后便可将钥匙弃掉。
这里应该是用来存放证物的地方，解决大堆僵尸后进行调查，可发现一卷可以拿到暗室冲洗的胶卷A。经证物房的另一边门，又回到曾遇见警员A的左方办公室，在房间内重新见到他，但他已经变成僵尸了，利昂不得不忍痛将他击倒。在房间的书桌上发现了一把红心钥匙，找到一份写给利昂的备忘录（Memo）。
从这房间直接回到大堂后，再进入右方的办公室，利用刚到手的红心钥匙打开通往一楼最右侧通道的门，从那里的楼梯进入了警署的地下。
第四章王阿达（Ada Wong）
地库里有好几只变成了僵尸的警犬，由于他们每中一枪均会倒下一次，对他们连射是没有用的，反而应留意他们的叫声，当听到低鸣时说明它们已经站起来了，这时开火可节省子弹。
进入通道，这里的尽头有一个下水道的入口，但动作要快，否则会被两只突然跳下的僵尸犬突袭。下水道的入口可通往下水道处理场的通道，这里没有什么道具，但也不会有敌人。左侧的房间里有道具箱及打字机，可用来整理道具及存盘。
回到地下一层的通道后，这次可进入右边的电表房，得到一张警署地下图。房间左上角还有一部后备发电机控制器，适当地将5个开关向上或向下按；向上按增加36，向下按减少14，指标最后要到达80的水平，但绝对不能超过80。恢复电力后可让旁边武器房的电子锁再次起动，但暂时没有用来进入那里的磁卡。
继续前进，来到警署的地下停车场。正当利昂走到半途，背后突然有人开枪射向他的脚边。利昂回头见到一名姑娘王阿达（Ada Wong）用枪指着他。她正在找自由记者阿班（Ban），据说他被关在这里的拘留所，但入口被车阻着。希望利昂能帮忙推。
于是利昂便随她走到车子背后推起来，将车子推开，发现了另一扇门。但当利昂进入那通道后，王阿达已先行一步。利昂随她沿通道前进，在到达地下一层左下角的通道时，找到了阿班。这时，王阿达也来到拘留所。她向阿班询问她那在Umbrella芝加哥分社里工作的男朋友约翰（John）的下落，约翰已经有6个月没有音讯了。
阿班对此一无所知，他有拘留所的钥匙，但不想出来，因为外面到处是僵尸。阿班说出这里头的狗屋内有个地下道入口，从那里走可能能走到城外。
阿曼达听完后便一个人走去试试，利昂则留意到阿班那牢房外的木架上有个下水道开盖器，拿了这东西后，来到阿班所说的狗屋，笼内还有数头警犬，只要取下这里的红色药草，它们便会突然冲出来，所以若打算取下这药草的人，可先趁那些警犬仍在笼内的时候击毙它们，但这样就得不到其中一个笼内的蓝色药草）。接着使用下水道开盖器打开下水道入口，来到一条狭窄的通道。
把守这里的是数只大蜘蛛，一旦靠近就不断吐出毒液，不仅会在地面上移动，有时也会爬到墙壁的两侧，甚至天花板上，因此要留意利昂在画面中的视线，如果他望着上方，就要把武器指向上方攻击。最好使用霰弹枪或麦林等杀伤力大的武器，速战速决。
离开那满是蜘蛛的通道后，来到了下水道处理场的另一边，这边的房间里也有打字机及道具箱，若不幸中毒的话，可利用这里的蓝色药草治疗。从道具箱取回那3支象棋插头，然后进入下水道处理场西北角的一个房间。用这3个插头来打开房间尽头的门上的怪锁，不过还是少一支象棋马插头（Knight Plug）。
返回通道，又遇上神出鬼没的王阿达。两人望向眼前的死胡同，在阿达的提议下，利昂帮她爬上闸门上的通道，这时玩者所操作的人物暂时变成阿达，她手上的道具不多，只有手枪一支、数十发子弹和一支急救喷剂，用来对付通道内的两头僵尸犬已经足够了。这通道可分别通往两个房间，右边的房间放着一份霰弹枪子弹，而左边的房间内可得到下水道处理场地图。
接着走到房间下方，将三个木箱推至并排在边沿的位置，然后再回到上方开闸放水，浮起的木箱便会成为一条通道，可在房间的尽头取得梅花钥匙。
不过，当阿达回到刚才换身的通道时，却无法回到利昂那边。阿达将钥匙和霰弹枪子弹扔给利昂。利昂拾起地上的道具后，先沿通道返回警署地库，走到设在这一层的停尸间（这一层的东南角）。
在接近位于角落的铁柜时，已不断有僵尸爬出来，打败僵尸后在铁柜内得到红色磁卡（Red Card Key），这是进入武器库所需的磁卡。回到通道，将入口旁的电子锁打开。
武器库内有不少补给品，铁柜内有半自动机枪及挎包（Side Bag）。游戏是以Zapping系统的方法来计算的，也就是说利昂在这时取了的话，到克莱尔的故事时便不会再出现，特别是半自动机枪会占用两格道具位置，没有挎包会很麻烦，困此倒不如留给克莱尔更好。
接下来回到警署一楼，用梅花钥匙开启东北角的房间。在床上找到佐治的日记，桌上还有麦林手枪。然后来到通道另一侧的房间，这是最后一间需梅花钥匙的房间，开门后便可将钥匙弃掉。
房间内可得到胶卷B，墙壁上有幅壁画，上面写着当Queen、King、Jack点亮生命之火时，马车便会飞奔而出。在房间另一方的墙壁上，有3支分别写着11、12、13的灯，这不禁让人想起Jack、Queen、King在扑克牌中所代表的数字。点灯时先用打火机按适当的顺序点灯后，壁画中的车轮部分掉了下来，可得到金齿轮。
回到道具箱取回很久前到手的手摇掣，连同刚到手的金齿轮一起再次来到3楼的图书馆，这次经图书馆内的楼梯到达三楼的一个时钟房间，
利用手摇掣，开动了墙壁上的机关，放下木梯子，然后沿梯子登上房间的阁楼，在那个似乎是巨大时钟的零件位置上，有个红色的掣，但因缺少了其中一个齿轮而看不到什么效果，于是把金之齿轮放在这里，再次按掣，旁边的墙壁露出了一个暗格，发现了最后一支象棋马插头（Knight Plug）。
第五章G之细体
取得插头后，利昂发现这暗格好像通往某处的通道，于是便大胆地滑了下去，直接来到了地库的通道。这时他听到了阿班的惨叫声，于是马上跑去拘留所，但到达现场时还是慢了一步，只见阿班满身鲜血的躺在地上，奄奄一息。
阿班将一些写着署长的真面目的文件交给利昂，这时一只奇怪的生物从阿班的身体跑了出来，阿达这时也来到了。她面对如此景况显得十分冷静。他们读完阿班死前留下的信后，阿达便打算先行离开，去制药工场。她觉得约翰会在那里。利昂见无法阻止她，于是拿起通信器先和克莱尔取得联络。说明自己要进入下水道的，让她跟着来。
利昂沿着入口再次进入下水道处理场，正当进入那个需用象棋插头开门的房间，打算用最后一支插头开门，发现刚才从阿班身上钻出来的怪物在面前变大了，口中不断吐出一些幼虫，它便是游戏中的第一个首脑级敌人“G之幼体”。
它本身的移动速度很慢，一般来说很难会被它击中，反而是较难摆脱它吐出的幼虫，由于这些幼虫的耐久力很低，如果攻击的话可能会打不中它们而浪费子弹，所以不妨选用有区域性杀伤力的霰弹枪，方便快捷。不过，在击倒了幼体后，可能仍会有一些幼虫缠在身上，可先回一次通道再进入，现场就会回复原状，不留痕迹。
进入通道时，又遇到阿达。利昂说服她一起行动。两人经通道来到Umbrella公司设在这里的控制室，这里有道具箱及打字机，而在桌上有一份“下水道日程表”。把铁柜推开，现出一条往下层的梯子。先用打火机照亮墙壁上的油灯，才能较清楚地看到这里的情况。
回到控制室后，乘升降机来到通道，这时正好有一名身穿白袍的女性在这通道内，不过她一见到他们出现便马上逃掉。阿达不理利昂的劝告，冲过去追那名穿白袍的女性，但对方却向阿达升枪，于是奋不顾身飞身推开了阿达。
这时暂时操作阿达来进行游戏，在取得了通道墙壁的“下水道之地图”后，继续追着那名女人来到下水道里。眼看着她爬上了梯子，于是跟着爬了上去。这里有大群甲虫，可将它们消灭，但如果不打算战斗的话，就要以最快速度跑到通道的另一方。
离开甲虫通道后，阿达在房间里找到那穿白袍的女性，但却被对方先发制人，射掉了阿达手上的手枪。她叫安妮·巴奇，是创造T细菌的威廉的妻子，知道协助T细菌的研究而由芝加哥来的男人曾设下了“约翰和阿达”（John ＆ Ada）的密码。她说约翰已经变成了僵尸，
而想夺取G病毒的人也全部要死。G病毒是最强的细菌兵器，和那些只能产生废物僵尸的T细菌是不同的。阿达在警署所见的那怪物就是威廉，因为Umbrella才变成那样子，如果那些家伙不干那些事情的话，威廉的研究就已经成功了。
安妮回想起当日的事情，一队特种部队沿着下水道前往制药工场。在研究所内，威廉博士正在欣赏自己的精心制作出的G病毒。这时，两名特种部队的队员进入了威廉所在的房间，
让他将G病毒交出来。威廉不肯，于是特种部队的人一轮扫射，威廉已身中多枪。但害怕射中G 病毒而停手了。特种部队的人拿着样本离开后，安妮从另一个房间赶到，威廉自知无药可救，于是把手上的G病毒注入自己体内，变成怪物，下到下水道挡住特种部队士兵的去路，将他们杀死。
G样本散落在地上，下水道内的老鼠好像很喜欢那些散落在地上的G病毒，然后将细菌散播到镇上。威廉在G病毒的影响下，已经完全失去人性了。而现在他的下一个目标，是在其他生物内产下胚胎。
阿达听到这里突然发难，在两人斗缠之间，阿达将安妮推了下去。阿达拾回自己的手枪，沿着梯子来到废物处理场，但却遇上意想不到的敌人。
醒来后的利昂马上沿着阿达所走的路前进，希望能追回她，但这时通道内的梯子由于开动了风扇而过不去了，只好找其他的路前进。这时如果调查死尸的话，会得到一枚奇怪的狼之硬币。
沿着通道往西，在岔路口往左，途中会遇上不少大蜘蛛，若不幸中毒的话，在房间入口的位置有个蓝色药草种植点，也就是可无限次使用的蓝色药草，很方便。
这里有部油压式动力传达机，用活门手掣将通道降下后，应把油压桥升回上层，若认为有需要的话也可在这里存个盘。从房间的另一个门进入通道，这通道有个高压氧气瓶，在紧急情况下会亮起红灯，可将氧气瓶取出以防止危险。
前进到通道的尽头时，看见一头巨大的鳄鱼从水中爬了出来，阿达不断向水中开枪，虽然及时避过了鳄鱼的突击，但它仍是沿着通道不断逼近，这时应全速跑向入口的方向（鳄鱼可是一击致命的）。利昂往后退，发现亮起了红灯，于是按键将氧气瓶放了下来，然后继续退回通道入口附近的位置，却发现那鳄鱼咬着氧气瓶不放，没有追来。于是一枪把这条鳄鱼了结（虽然不用这方法可将鳄鱼击退，但要花上很多弹药，而且如果不将鳄鱼杀死，到时还会再度出现）。
击倒鳄鱼后，再到废物处理场与阿达会合。阿达帮利昂包好伤口。两人经梯子来到一个房间，取下“下水道管理人之日报”及旁边的“鹫之硬币”，然后用活门手把让甲虫通道的风扇停下，再回到通道，见到一部奇怪的机器，上面有着狼与蟹的图案，于是先后使用两个硬币，让水闸的水停下来，露出了通道。由此来到缆车车站，当开动机器开启电源后，便可进入缆车，离开下水道。
第七章G-2
即使是在缆车中也不安全，一只巨爪突然刺穿了缆车的顶部向他们攻击，利昂拿起武器应战。这巨爪在刺下来之前，那处的车顶会有少许碎屑掉下，这样就可预测它的攻击位置，及早回避，然后在安全的位置反击。在击中数次后，这巨爪似乎也知难而退，俩人成功来到车场。
下车后，在月台边缘有个可发射信号弹的发射装置，他用打火机点着，射出了一枚信号弹，在强光之下，发现在发射装置的地下有些反光的东西，拾起一看，是个武器箱钥匙。
接着进入通道，通道内有不少僵尸，但阿达会开枪相助，因此可节省不少弹药。在尸体旁可找到可用来强化霰弹枪的零件。经过通道后，沿梯子来到控制室，这里有道具箱及打字机可用，同时也有不少道具。离开控制室后，可先在工程车月台的墙壁上取得车场地图，然后进入工程车内，取得挂在车内的工厂钥匙。取得钥匙后再回到工程车月台，当把工厂钥匙插进开关，开动工程车，然后进入车内等待。
就在工程车不断下降时，车外传出了一些撞击的声音，还是那只曾在缆车那里出现过的巨爪。阿达被它击中受了重伤。利昂觉得守在车内不是办法，于是离开车厢，打算找出那巨爪加以消灭。就在他刚离开车厢时，突然有支铁棒飞到他的身边。利昂发现车顶上有只从未见过的怪物，它露出了另一个头、右手手臂上出现一只大眼、还有右手前端的巨爪，就是它一直在发动袭击的。
这一战可用强化后的霰弹枪作为主要武器，这首领“G—2”移动速度不算高，但巨爪的攻击范围却相当大，而且他还有随着时间回复体力的特殊能力。因此战斗的方式应先移动至安全位置，然后不断开火，到G—2差不多走到附近时，然后再移往安全位置进行攻击，不可让他有回复的机会。
击倒了G—2后，先回到车厢看看阿达的伤势。他抱起阿达，将她带到一个类似办公室的房间里休息。阿达好像仍然非常痛苦。这里是Umbrella公司的研究设施室，阿达让她先走，但利昂没有这么做。他得到房间内的大堆道具后，利用房间的道具箱整理行装，用打字机存储进度。
然后经通道的右方前往职员宿舍，在铁柜内得到一支火焰喷射器，另外还得到“研究设施保安手册”及“临时用户登记方法”，在取得“研究设施保安手册”的同时，可选择是否使用对生化兵器的气体，虽然听起来是好东西，但其实不用它更好。床边有个可治疗中毒的蓝色药草种植点，墙角则有一些类似植物触手的物体，一般武器似乎对它无效，于是他拿起刚到手的火焰放射器将这些触手烧毁，然后从这里进入旁边的房间。
守在房间内的，是两只比狩食者更强的“狩食者改”，击倒它们后，就可以取下铁柜内的两份霰弹枪子弹离开；接下来是经来时的通道的左方前往东侧的低温工作室，当取下了灰土盒后，便可利用旁边的机器将它制成主灰土，只要将这东西用在通道中央的断路系统上，便能让本部分地区的电力恢复过来。
再次来到通道的右方，由于电力恢复了，这次可开启通道左方的闸门了，闸后是两株会移动的植物Ivie，它用触手攻击或吐出毒液，若不幸被击中，可利用职员宿舍内的蓝色药草来解毒。
经铁梯走到下层后，先消灭通道内迎面扑过来和数匹狩食者改，然后会到达电视房，这里也有道具箱及打字机，并可得到研究所地图。接下来来到存放武器的房间，如果有武器箱钥匙，就可打开武器箱，取得使麦林手枪威力加强的零件。继续前进会来到威廉博士的研究室，不过这里现在只剩下一群僵尸，在取下磁卡（Rabo Card Key）后便可离开。
利用刚到手的磁卡，先开启了624房间的门，守在这里的，是一只巨型飞蛾，击倒它之后可前往开动电脑，但键盘周围满是飞蛾的幼虫，用枪消灭它们（不用担心会把电脑射坏）。开动电脑后，会自动执行培养实验室员的登记程序，输入特定的名字后便可完成登记程序（留意曾取得的文件），然后回到通道开启右方的门，由于要有两名职员才能进入培养实验室，所以这时只能作第一人的指纹确认，无法进行第二人的，希望这样做会帮助到其他经过这里的人。
然后利用RABO磁卡开启实验室的门，取得放在桌上的MO盘。不过，就在利昂离开实验室时，遇上了那位曾在下水道遇见过的安妮。她拿着手枪指着利昂，让他无计可施。安妮要他说出阿达的下落，说她是某个组织的工作员，为了夺取G病毒而派来的间谍。由于这里的情报被人带走了，阿达故意接近研究员约翰，然后盗取Umbrella公司的情报。
这时，四周突然发生了异常的震动。走廊天花板突然掉下了一些铁枝击中安妮，利昂走到她身边，取得了G病毒的样本。
这时设施内响起了广播。“自爆装置已经开动，重复，自爆装置已经开动。请研究员从最下层的月台以紧急车辆逃走。”于是利昂回到通道，打算沿右方的路前往下层，阿达突然出现在利昂的背后，用枪指住他，要他把G病毒交出来，否则就要开枪。利昂倒是无所畏惧，阿达犹豫了一会，在她决定放下手枪时，
却被人从后面开枪击中了。利昂冲过去捉住快要跌下去的阿达，开枪的人是安妮，然而她在开枪后也不支倒地了。利昂想把阿达拉上来，希望一起能离开，但最终也没办法将阿达拉回，她就这样跌进设施之下。利昂悲痛万分地望向手上的G病毒样本，一怒之下，将手上的G病毒样本扔进设施之下。
利昂拾起地上阿达的手枪，里面已经没有子弹了。他沿着梯子再次来到制药工场的地下五层，在通道内，用手上的MO盘开动了电脑，开启了闸门，进入决战的房间。
克利安篇
克莱尔（Claire Redfield）的哥哥克里斯（Chris）是市警特种部队，最近突然神秘失踪，她来到这个镇上希望寻回他，然而等待着她的，却是一场生死一线间的战斗。
第一章开场（Opening）
为了找回哥哥，克莱尔驾着一部摩托车来到了拉库恩市，就在同一时间，在市内一个油站内，一名运油车司机突然被那里的店员咬了一口，这令他非常愤怒，但他并不知道这会带来什么影响。
她走进了一间餐厅，这里异常的宁静，看不见任何人影，正当她以为没有人在这里时，却看见一个人正蹲在地上吃着一具尸体，他听见她的声音转身望过来，只见他双目无神，满身鲜血。
这情景把她吓了一跳，她极力令自己冷静，由于看见这个人正向她这边走过来，她一边后退，一边向他道歉，试图令他不要再走过来，但他却没有理会她的说话，一步一步逼近，这时她发觉自己已走到窗边，但窗外却传来了可怕的叫声，转身一望，外边原来也都是想把她吃掉的僵尸。
手无寸铁的她只有想办法逃走，她拼命走到餐厅的后门，但一打开门的时候，只见一名很年轻的警员正拿着手枪指向她。她赶忙叫他不要开枪，他想了一想后叫她伏下，一枪击倒了已走到她背后的僵尸。
这警员说留在这里太危险了，建议一起前往警署，于是和他走到街上一辆警车上，总算是暂时逃离了僵尸的追击。在车上，这警员说无线电失效了，接着自我介绍名叫利昂，是这天才来拉库市赴任的新警员，而她也将自己的名字及前来拉库恩市的目的告诉了他。在警车上，莱恩突然叫她打开车内的储物箱，箱内放了支手枪，原来他是想她拿着这手枪自卫的，这时车里飞进一个僵尸，利昂为了开枪击退他，结果车子失控，但僵尸也被抛出了车外。
正在他们稍为松口气时，才发现有辆运油车高速向他们冲过来，虽然及时逃出车外，但因为运油车发生大爆炸，四周变成一片火海，她无法走到利昂那边，于是便和他相约在警署内见面，然后再想办法。
第二章直升机
她走在拉库恩市的街道上，由于里昂的故事与她的行动是相关进行的，难易度会保留下来，因此克莱尔手上有手枪一支及求生刀一柄，加上克莱尔的白朗宁手枪只能装13发子弹（但威力和VP70相同），所以逃走似乎是唯一的办法，这街道上并没有任何道具，她应以最快速度跑往东北方向，先到左方的小屋取得小屋钥匙，这样可开启右方房间的门，这房间内除有色带及子弹外，也有打字机一部，若担心的话可利用这里来存贮。
离开房间后来到东北角的通道，这里同样有大群僵尸，在现时弹药不同的情况下，仍是应避免战斗，反正这里的路面很阔，只要先把僵尸引到一边，便可利用速度跑到另一边甩掉他们，总之目标是经铁梯子跑往警署2楼的平台。
刚到达这里时，她看见一名胖子警员正向附近的一部直升机求助，不过直升机没办法停在这里，于是放下梯子，这时僵尸突然出现，那胖子警员开枪攻击，僵尸扑向他身上，结果机枪射中了直升机的驾驶员，失控的直升机就这样撞毁在平台之上。
由于没法救熄直升机的火，于是她先进入警署里面，门旁有一株绿色药草，这对于现时毫无回复道具的她来说是很宝贵的。通道内是一群可恶的乌鸦，而她应在途中进入警署后门，在取得药草后来到警署一楼右方办公室的后门，在木架下方找到活门手掣，这时可到这里的小房间打开保险箱，保险箱里除警察署之地图外，还有一份可供榴弹发射器使用的硫酸弹，此外这房间还有手枪子弹、色带及药草。
第三章神秘敌人
接着沿刚才走过的路回到二楼平台，在水箱开关处使用活门手掣，可将直升机的火救熄，但就在她打算回到警署内部时，上空突然有另一部直升机经过，在直升机的下方，吊着6个巨型的桶状物体，而直升机将其中之一射进警署之后便离开了。她继续走回警署内，这里的天花板因为刚才那东西射进警署时的冲击而松脱，结果瓦砾将门封住，再也不能回平台了。
克莱尔经过通道，乌鸦不见了，但有一名身形高大的谜之敌人向她走过来。她的攻击好像对他毫无用处，他一拳便将她打趴下，然后双拳合起来准备作更重的一击。幸好他的速度不算高，她有机会从旁边避过，赶紧逃开。
既然火已救熄，那么那个通道应该已经可以进入了吧，果然当来到通道的时候，往证物房间的门不再被火势所阻碍，在开门前她听到左方的房间内传来一阵惨叫声，但因为那边的门锁被直升机撞坏了，无法前去相助。在证物房内，由于手上仍未有红宝石（连打火机也没有），还不能破解中央石像的机关，不过这里可得到蓝磁卡（Blue Card Key），这当然要取下了，但在离开时，一匹猎食者突然从头顶的玻璃跳下，克莱尔吓得逃离这里。
接着进入西侧的房间，这里有道具箱及打字机，在这里整理手上的道具。房中还可发现署长秘书的日记。接下来是从另一出口离开，到达大厅的二楼，在经过中上方的时候，不要忘记将梯子放下，但不要走下去，因为通道尽头的木板上有枚独角兽之硬币，拿到它后用梯子前往一楼，可节省不少时间。
到达一楼的大厅后，先到后方的警备室，在桌子上找到一支榴弹发射器和6发榴弹，接着启动电脑，利用蓝磁卡一次解除3处门锁，最后走到女石像的前面使用独角兽之硬币，取下葵扇钥匙。
然后走到大厅西南侧的房间，这时房间内有两个僵尸，解决他们后，可取得《署内回览》，至于铁书桌仍然锁着但因为她随身带着一套开镇工具，直接取得放在里面的急救喷剂。经过另一侧门的通道时，利用手上的葵扇钥匙开启资料室的门，在这里可得到巡逻报告书。如果推动铁梯子，可在柜顶取得相当重要的道具打火机。
接着进入的通道，消灭冲破围栅的僵尸警察，就可进入途经的会议室，从中得到作战报告书。再到有火炉的房间，对着火炉使用打火机，取得第一枚红宝石。进入通道，先取得角落里的2株绿色药草，然后进入那个有道具箱、打字机及黑房的房间，从桌上拿到《作战报告书》。沿通道楼梯登上二楼，在通道中推动那些石像，这样，可得到第二枚红宝石。
经通道来到STARS的房间，见到利昂。利昂说哥哥克里斯好像不在这里，并将克里斯的日记交到她手上，建议分头搜索生还者，然后离开这个城市。克莱尔同意后，从利昂手里接过通信机，准备随时与他联络。
这房间的铁柜内，放着一种不太好用的武器“弩”，另外在克里斯的书桌上有一把钻石钥匙。正当她打算离开房间时，房门旁边的传真机收到了一份传真，于是她走到传真机旁，发现一份由联邦调查局发给利昂的信，知道了一些有关拉库恩市署长的事。
第四章沙利（Sherry）
正要离开STARS的房间，在门外看见一名少女被僵尸警察袭击，这少女在向她求救后便逃掉了。难得发现其他的生还者，于是她马上击倒这些僵尸追进通道，但那少女已逃去无踪了。
她用手上的开锁工具，打开了木书桌的锁，取得了放在里面的手枪子弹，接着是顺道进入图书馆，虽然没有手摇掣，但仍可进入这房间的密室，在适当地移动书架后，壁画下的暗格打开了，不过里面所放的是一个刻有水蛇图案的水蛇之石。
回到房间，以钻石钥匙开锁进入证物房，铁柜中放着一卷胶卷B，另一个铁柜则上了锁，开锁后可得到一些塑胶炸药，这炸药的份量应足以炸开那被直升机撞坏了的门，但就必须先替炸弹加上引信才可。
经证物房来到一楼左方的办公室，在这间房间里可得到引信，她用组合指令将它变成完整的塑胶炸弹才可。除此之外，在办公室的桌上找到给里昂的备忘录。
从左方办公室直接回到大厅，用这里的铁梯登上二楼，应先到有道具箱的房间里整理道具，除了塑料炸弹外，两枚红宝石也应带在身上，这样便可到对过的房间向石像使用宝石，
从中央石像的暗格中得到了一枚蓝色石，然后回到通道，使用塑胶炸药，成功地将门炸开，露出一名少女的尸体，这时椅子突然转过来，署长布莱恩（brain）用手枪指着她。她好奇地望向桌上的少女尸体，布莱恩说这个少女是市长的女儿，我本来是想保护她的，但她还是死了。
在数个小时后，她便会变成僵尸开始活动了。要阻止她变成僵尸，除非一枪射爆她的头，或者是将它锯了下来也可。布莱恩望着装饰在房间内的标本，说他很喜欢作标本的，但这也快要结束了。然后，应局长之请，他留下他一个人清醒一会儿，自己进入署长房间内的另一边门，从通道来到署长摆放个人珍藏的房间，
进入这房间时，她听到房间内还有其他人的脚步声，她跟着声音来到房间的尽头，当打开了灯开关后一看，发现刚才在STARS房间门口出现过的女孩子。
这小女孩想再次逃走，但被克莱尔一手捉住了。小女孩知道她不是僵尸后开始冷静下来，然后伏在她的胸前哭起来。她说她名叫沙利，爸爸和妈妈在Umbrella制药工场内工作。因她妈妈打电话让她来警察局躲避危险的。克莱尔说服她一起离开，但她已被一只追杀她的，比僵尸还要大的怪物吓坏了。
房间外突然传来了一阵吼叫声，惊慌的沙利一个人跑离了房间。克莱克见阻止不了，于是先取下房间内书桌上的“署长秘书之日记B”，回到署长的房间。
这时署长的踪影也不见了。她跑到署长的座位，发现他留下的“署长之手记”，从中得知原来是他就是暗中阻碍警方和僵尸战斗，更不惜杀死自己的部下的人。
书桌上留下了一把红心钥匙，墙壁上的壁画后面有个暗格，上面有3个正方形的空格，写着“活祭品在豹的手上，成为感到痛楚的的尸体，他流出的血变成了蛇，令大地变得死寂，天空之神大鹫因他的死而显出耀目的光芒，相信通往破灭之门跟着便会打开。”
克莱尔经楼梯到达一楼，用红心钥匙打开通往通道的锁，但不要马上进入，这样可节省一个道具的空格，然后走到另一个通道，解决5、6个围上来袭击她的僵尸，进入另一个通道。先进入认人房，在木架上找到一块飞鹰之石，如果拿取桌子上的急救喷剂会引来猎食者。
认人房的另一边只有手枪子弹，但却有猎食者守着，子弹不够的人可去取，但即使不取也没有什么问题。然后可经右方办公室的后门进入通道，取下这里的药草及硫酸弹，经楼梯走到警署地下，如果道具栏有空位，可先进入电力室。打开发电机开关。这里还可得到“警察署地下地图”，铁架上有火焰弹，墙角有绿色药草。
克莱尔走进通道，由下水道入口进入下水处理场的通道，这时可先到储物室整理手上的道具并存盘。离开这房间时，又与沙利相遇。她劝沙利一同离开，沙利没有同意，因为她好像听到爸爸在呼叫她，打算前去救他。沙利突然跑到通道尽头，爬上那烂掉了的铁丝网。
很快却已经爬到通道的另一边。
这时暂时改为操作她来进行游戏。沙利利用通道另一方的小型升降机，来到了通道里，这里有着不少僵尸，只会利用一些呕吐物进行攻击，不会像平常那样咬人。
沙利不断躲避，闪入一个房间，这里墙壁上放着下水处理场之地图，接着经楼梯来到房间的低层，将3个木箱并排地推至边沿，然后便可按开关，让水位升高，再沿木箱搭通的路来到房间尽头，拿到木架上的梅花钥匙。
完成任务后，接着进入通道，拿到一份榴弹，然后回到克莱尔这边。将找到的钥匙和榴弹抛了过来。沙利觉得过不到这边来，于是自己去寻找其他出口。这时，克莱尔的通信器发出了联络用的响声。里昂说他下准备进入下水道的，让她跟去。
这时操作的人物会变回正常的克莱尔。取得了沙利为她找来的道具后，先回到通道，利用梅花钥匙打开停尸间的门。这次来到时，房间内已整洁得多，虽然没有那些扮死的僵尸，但很快猎食者就来了。打倒他们后，从铁柜中得到红色磁卡（Red Card Key），回到通道，将密码锁打开，
进入武器库。武器库内除了手枪子弹及硫酸弹外，铁柜中有半自动机枪及挎包（Sid e Bag），如果利昂当时没有拿走，现在还在柜中。挎包的作用是让道具栏的位置由8格增至1 0格，而半自动机枪则是以量取胜的武器，每一发的杀伤力虽然只有手枪的1／3，
但胜在连射速度快，用来对付小妖小怪是一件很好的武器，但不适合对付魔头。这武器的弹数余量以％来表示，0％表示没有子弹了。这武器的最大不便之处是占用两格道具位置，因此最好马上装备使用。
克莱尔经停车场进入通道，得到通道尽头的胶卷C，来到拘留所。这时地上只剩下阿班的尸体，牢房或木架上只有一些普通道具。接着来到狗屋的房间，下水道的入口是关上的，她拉不开它，在盖的旁边可找到手摇制把。
在警署地下已再没有什么可以得到的了，于是她返回一楼，用钥匙进入了宿舍，在床上找到 “佐治之日记”，接着应先找一个道具箱取回打火机，然后经通道进入那拍照用的房间，在这里用打火机点燃火炉，再顺序点灯，得到从壁画掉下来的“金之齿轮”。
当她跑往那金之轮的位置时，之前遇过的谜之敌人突然破墙闯进来。如果打倒他，可从他身边得到两份手枪子弹。找齐了手摇把和金之齿轮，克莱尔前往图书馆。
走到通道的一半时，那谜之敌人又破墙而出。这次如果打倒他，可在尸体中得到弩之箭。终于来到图书馆了，登上三楼，来到巨型时钟的零件房间，用手摇把降下木梯，登上阁楼，将金之齿轮装在所需位置，）按动红色按钮，在暗格中得到另一块蓝之石。将手上的两块蓝之石组合起来，得到豹之石。
于是克莱尔前往署长的房间。在经过通道时，又遇上那个谜之敌人，这次打倒他的话，则会得到榴弹一份。来到署长的房间，见到沙利。当克莱尔将豹之石、鹰之石和蛇之石放到墙上的暗格后，在秘道的入口发现了“给署长的信”，这时有关署长的罪证可算是已经相当充分了，在秘道的尽头找到一部升降机，当她正想乘升降机到下面看看时，沙利也进了秘道。
克莱尔让沙利在这里等她，自己乘升降机来到警署地下，经过通道，来到一个可称是屠房的房间，见到了署长。
署长显得非常激动，拿着手枪指向她。那班可恶的Umbrella公司将镇子弄得一塌胡涂，这对于一直帮助他们的署长来讲，有些想不通。克莱尔向他询问有关G病毒的事，署长很清楚地知道那是一种能促进人类进化的细菌兵器，是T细菌所不能相比的。
署长一步一步地向她逼近，克莱尔发觉自己已无路可退了。署长提到威廉巴奇的艺术品，威廉巴奇是沙利的父亲。现在G的怪物已经在警署内了，无人可以制止，即使是Umbrella公司也会很头痛吧。
正当署长想开枪时，突然传来一阵奇怪的声音，就在署长四处张望声音来自哪里时，一双怪物的手从通往下层的地方伸了出来，将署长捉了下去，她好奇地望向那楼梯的位置时，半个署长突然破板而出，他已被怪物分尸了。克莱尔取下房间内的弹药，从楼梯走到下层。
一名似乎是僵尸的人向她这边走近，他原本看来非常虚弱，但突然却有所变化，不但全身的肌肉结实起来，右手的手臂上更出现一双巨眼，他随手折断了身边的一根铁棒，开始向她这边走过来，他就是署长所说的G怪物G—1。
G—1的最大特点是铁棒击中对手时可令对方暂时不能行动，如果不能及时起身，第二击便会马上来到，而且他拥有一击令对手致命的会心一击，若不幸中招就只有怪自己运气不好。
击倒G—1后，沿原路回到署长的房间，沙利见她平安回来，显得非常高兴。克莱尔知道是这孩子的父亲将G病毒带进来，于是缄口不谈。只是让沙利一起从出口前往镇外。就这样，她暂时会多了一件名叫沙利的选项（Option），她基本上会跟着她走，但若是她走得太快的话，她是会因为追不上而停下来什么也不做的，而她则会因此而不能继续前进，幸好暂时并不会遇上敌人，否则战斗时或许会有点麻烦。
她和沙利一起再次来到与G—1交战的通道，按动通道的尽头机关，降下铁梯，登上这里来到通道，这时她们发现那谜之敌人在通道的上层，于是她们一起全力逃出这个地区。
第六章（The Sewer）
来到下水道的时候，水闸突然打开，沙利一个不小心就这样被冲了下去，而她也回复到单独一人的状态，经通道来到控制室后，可先取下桌上的“下水道日程表”，接着如果使用开锁工具，便可打开通往仓库的门，取得仓库内的弹药后，便可经小型升降机来到通道，她发现了受伤的利昂。
原来利昂刚才和阿达在这里受到袭击，被枪击伤了。阿达自己一个人去追那家伙，利昂放心不下，要克莱尔去帮她。
克莱尔没有去追阿达，而是先跑到通道另一端的升降机，来到另一边的控制室。这里有3株绿色药草，在推开了铁柜后，会出现通往下层仓库的梯子，在这里要先以打火机点着墙壁上的灯，才能较易发现两份榴弹发射器弹药。
处理完私人事务后，可以开始去找阿达了经过通道时，不妨顺道取得墙壁上的“下水道之地图”，接着是调查408通道内的尸体上取下“狼之硬币”，当经通道到达一个房间里时，她遇上了那位被阿达一掌打了下来，好不容易才爬回岸边的安妮。
由于沙利不知去了这下水道的什么地方，安妮知道她带着G病毒，因此让她逃往警署，一急之下，她昏了过去，克莱尔也无法再问到什么情报。于是利用活门手把开动了油压式动力传达机，
但过桥后用这一侧的油压机将桥移回原位，接着便可进入那条有鳄鱼出没的通道，不过利昂已将鳄鱼干掉，所以这时不会再遇上它。克莱尔直接进入垃圾房，经那里的铁梯到达一个房间，在桌上找到“下水管理人之日报”，的尸体旁边有“鹫之硬币”，取得后便可在风扇开关使用活门手把，将风扇停下，经甲虫通道返回，最后另一个通道尽头的机关使用两枚硬币，打开通往缆车月台的路。当到达缆车月台时，先开动控制器让缆车驶来，而沙利此时也来到这里。
克莱尔见到沙利十分高兴，赶紧向她询问G病毒的事，希望能替她保管，但沙利对此一无所知。于是她不再追问下去，沙利再次成为她的Option。
两人一起登上缆车，这次缆车很平安地来到了车场的月台，她用打火机替信号弹发射装置点火，利用那光来发现地上的武器箱钥匙，由于打火机并非她的随身装备，因此有可能会忘了带来，但其实即使没有放出信号弹，单是调查地面也可得到钥匙。
进入走廊，终于要带着沙利进行战斗了，这时不要让敌人前后夹攻，否则很难保护沙利。走廊的尽头放着一支电枪，威力虽然不错，但会花两个道具空格的。当登上通道左方的楼梯后，来到控制室的房间。
第七章G-3
房间里有很多道具，由于接下来很快会有首脑战，一般情况下不妨先在这里存次盘，而她则叫沙利在这里等一会，让她到外面调查一下。克莱尔来到工程车月台，先取下墙壁上的“车场地图”，
这时工程车不在这一层，于是要利用升降机进入机械室，在控制器上找到了所需的工场钥匙，跟着她望向闭路电视的监视器，发现那谜之敌人正向着她这边走来。
她一拳将那部闭路电视打烂，这时她要马上决定应战还是逃走，若击倒他的话，可得到6发硫酸弹。逃回控制室（510）后，她用工场钥匙用在房间内的控制器上，这样能使工程车回到她们所在的那一层，而设在车外的开关这时是插着钥匙的，她只要按键便可开动升降台。
在下降途中，车身不断受到怪物的撞击，于是她便叫沙利留在车内，在取得放在车头位置的 6发火焰弹后，走到车外对付那搔扰她们的G—3，他的特点是有4双手，连续抓击的速度很快，而且会不时跳上车顶来避过她的攻击，由于他往往会利用再次跳下的一刻进行突袭，
所以在他跳上车顶时，可先停在原处少许时间，到他设定了跳下位置便马上走开，然后转身攻击，这样做较为效率。
G—3受到一定损伤后便会逃走，而她也回到车内看看沙利的情况。克莱尔给了她一个护身符。让她在这里稍等，她去找沙利的妈妈来。沙利对克莱尔的关心很感动。
克莱尔离开了车厢，经通风槽来到了通道中，工程车这时已降到工场的低层去了；由于这时升降机没有动力，她首先来到动力室，这里没有敌人，只有一个道具箱，
但最值得可疑的还是那个放在升降台旁边的黑色大箱，于是她先把这箱推进升降台，当到达下层（605）后，便可经一定的移动顺序移动这个箱，以架起一条通往上层右上方的路，只不过是暂时还没有钥匙罢了。
下层的右下方仍有着相当多有趣的东西，在尸体身上得到“有关气体的报告书”，另外也有 12发火焰弹，最后沿升降台走到下一层，这里虽有猎食者改，但她必须走到房间尽头开动升降机电源。
升降机的电力恢复后，利用它直接来到制药工场的地下四楼，通道上有很多全身也没有表皮的僵尸，幸好似乎和一般的僵尸分别不大，干掉他们后可先进入房间，取得道具，整理好装备。经通道的右方来到职员宿舍，从椅子上得到“临时用户登记方法”，电脑旁（2）则是“研究设施保安手册”，
还有是床边的蓝色药草种植点，但椅子旁边得到RABO磁卡，然后沿房间角落的通道来到旁边的房间，这里也有着两只猎食者改，消灭它们后从房间内得到2份榴弹。
接着便经通道的左方来到616的低温工作室，她同样需要先取下的灰土盆，然后利用机器将它制成主灰土，离开时可顺便进入实验室，这里只有一份榴弹，但却有两株Ivie守着，解决它们后便可回到通道中，将灰土用在中央的断路系统上使电力恢复。
接着来到通道的右方，开启通道左门，用火焰弹消灭植物Ivie，经铁梯走到下层，仍会在通道内遇上猎食者改的突袭，跟着她会到达有道具箱及打字机可用的闭路电视旁，得到“研究所之地图”，然后来到存放武器的房间，利用武器箱钥匙打开武器箱，会得到两份榴弹。
在威廉博士的研究室内，则可在桌上发现动力室钥匙。回程时不要忘了经过那飞蛾房间，击倒巨型飞蛾及键盘周围的幼虫后，可在电脑上输入名字登录，之后便可回到闭路电视的房间。当她正走向通道时，安妮却拿着手枪向她这边走来……
安妮向克莱尔询问沙利在去处，克莱尔说沙利完全不知道G病毒的事情。安妮说G病毒就在那头饰之中，她走到控制器前查了一会，终于找到了沙利的下落。
原来沙利正被那谜之敌人追击，安妮看见自己的女儿处境危险，于是马上赶去救她。克莱尔应紧跟去救她，但在经过通道时，要先绕道前往培养实验室。
由于利昂在前面已经做了第一人份的指纹确认，因此她在确认指纹后就可成功解除门锁，房间内共有3只猎食者改，而在房间尽头的特种部队队员尸体旁，则会发现半自动机关枪以及子弹（如果已经取了机关枪现在就只剩子弹了）。
