起航系统
在游戏中玩家身为船长，可以带领喜爱的小伙伴向伟大航路起航，航线是沿着原著里草帽海贼团的路线行进的，每个关卡下有十几个小关卡，每个关卡均是一个小故事。每次获胜可以获得威望、贝里，在boss关卡和精英关卡还有几率获得奥义、装备、伙伴魂魄等奖励。另外，此系统为玩家提供了船长升级的最佳途径。
玩家全三星通过一个小关卡时，
商店系统
罗格镇是海贼王中被称为“开始与结束的城镇”，位置处于伟大航路的入口附近，是招募伙伴和购买航海用品的必经港口，所以罗格镇在本游戏中做为商店的代名词。
【招募】——有三种招募伙伴模式，分别为【百万悬赏】，【千万悬赏】，【亿万悬赏】，每次可刷新出一名伙伴。
【百万悬赏】——每天5次免费刷新机会，能刷出A，B，C品质的船员。
【千万悬赏】——每24小时一次免费刷新机会，能刷出S，A，B品质的船员。
【亿万悬赏】——每72小时一次免费刷新机会，能刷出S，A品质的船员。
【道具】——目前有如下几种消费道具在罗格镇里卖：
【宝箱、钥匙】：金、银、铜、木四种宝箱和钥匙需配对使用，可以开出装备、奥义、金币、贝里特殊道具等好东西。
【稀有生命牌】、【普通生命牌】：伙伴传承时使用的道具，将一伙伴的经验传给另一伙伴，使其快速升级。
【换名许可】：更换海贼团的名称。
【活力浓汤】：高人特训时使用可以获得双倍经验。
【挑战书】：增加决斗挑战次数。
【电话虫】：全服聊天时消耗的道具。
另外，特殊道具有如下几种，不够时会有快捷购买的弹窗，不能直接在罗格镇里购买。
【牛排】：使用后补充12点体力。
【宾酒】：使用后补充12点精力。
战斗系统
游戏战斗沿用了卡牌的经典战斗模式，操作简单，界面华丽，点击可以加速战斗。
战斗分为三轮，前两轮为回合单挑模式，每个伙伴单挑一名敌人，无对手时轮空，全部单挑分出胜负;如果某一方未被全灭或五回合内不分胜负会自动进入下一轮。第二轮结束后还没有分出胜负进入决斗会合(第三回合)。决斗会合将双方剩余伙伴的意志值与剩余血量相加之后互相比拼，先比拼意志，意志耗尽后比拼血量，某一方血量归零则失败。
战斗中船员们会触发奥义，S、A级奥义触发时会有人物会说出相应的技能名(日本原声配音)，并播放出极其炫目的无双效果。
如何安排战斗中伙伴的对位也有小小的策略在其中，战斗挑战的出手顺序设定是1,3,5,7先出手，2,4,6,8先防御一轮，第二轮出手，所以尽量把攻击力比较强的伙伴放到单数位置上，防御高些的伙伴放到偶数位置，伙伴选择上尽量选择属性有特点的，要么攻的成长高，要么防御成长高，攻击，防御，意志成长比较均衡的，尽量不要选。
决斗系统
每只海贼团达到达5级就可以参加决斗，每次挑战会显示比当前排名高的五位其他海贼团，只要击败对方就能让自己与对方排名互换，排名等级的提高可以使船长声名大振。达到一定的排名会获得“巅峰高手”称号，增加气势值。
每隔一段时间会根据海贼团目前的排名发放一次奖励，排名越高获得的蓝波球就越多。蓝波球的数量越多，伙伴的成长速度就会越快。
