故事前略。在海边吹笛的两姐妹发现漂流到这里的亚特鲁，于是带回列达部落疗伤。
伤好后可以先找奥露哈了解情况，整理一番后出村子，刚出村子发现伊莎，她害怕的逃走了。先往右走，如图位置有一隐藏通路，在里面的宝箱中发现蜂蜜。
往右上走，来到吊桥前见到奥多族长，发现吊桥被毁坏了。然后来到祈祷之泉见到奥露哈，她担心亚特鲁会迷路所以出来找，闲谈一番之后找伊莎去了。
往左走来到月落之汀，找到伊莎告诉她奥露哈正在找她，于是伊莎匆忙离开。月落之汀向上走到有三棵花那里，相信不算是隐藏通路吧，里面的宝箱是药草。
回到祈祷之泉听到一声巨响，首个BOSS出现了——迷走之龙·德米盖瓦，为了救伊莎亚特鲁奋不顾身地冲上去与BOSS展开激战。这BOSS不难对付，注意躲避它的攻击，并善用跳攻击，很快便可将它击倒。
击倒BOSS的同时亚特鲁的剑也断了，不料这龙神兵不用艾美拉武器是无法给它致命一击的，危急关头奥露哈赶到一箭将它KO。回到列达部落，奥多族长托付给亚特鲁三把艾玫拉司剑之一的青艾玫拉司剑利瓦特。别急着走先去找奥露哈，她会送你生命种子。
刚出村子，伊莎赶来送你自制的木雕手镯（攻击+2，防御+2）。
来到祈祷之泉从刚才BOSS出来的洞进入神秘参道，在一道门前见到一佣兵青年——盖修，他说想见识一下亚特鲁的实力，于是开打。这场战斗输赢都没关系，只是对话不同而已。这里说一下要点，假设挥剑是一二三，你就一二（稍停）一二（稍停），他就很难还手，轻松取胜。对了，这里还有6幅壁画，可以了解到艾雷西亚大陆的历史。
如果玩的是噩梦难度，在神秘参道出口处会掉下来两个大蟑螂，以现在的能力是无法消灭它们的（它打你绝对是一击必杀，除非修改），还是赶紧逃走算了。从出口出来见到洛伊德和扎克松，一番寒暄后他们邀请亚特鲁到港城利摩奇见他们的老板巴司拉姆。
见就见吧，到利摩奇见过巴司拉姆后，在城里先整备一番。左下的木屋可以锻剑，至于右下的木屋会见到老朋友拉瓦，他会给你地图。整备完后就可以向古拉纳峡谷进发了。对了，现在回到夸特拉树林的吊桥处找库瓦尔会得到给巴司拉姆的信，把信给巴司拉姆会得到30元（真吝啬，打个怪都不止30元啦），再回到库瓦尔处，他会给你力量种子。
在古拉纳峡谷如图位置取得饰品装备孔，如果发现不了只能说明是你不够细心而已，因为这里并不是什么很隐蔽的地方。
在山腰附近遇见一个列达族少年正被一群魔物围攻，上前解救他后得知他叫乌鲁，是拉瓦的入室弟子，同时也是奥多族长的儿子。
在如图位置跳下去取得青之石板和轻甲护靴。
来到山顶的剑之祭坛，刚捡起地上的镜之碎片，一个红色的小妖精出现并召唤出BOSS——贪婪的翼兽·宗普拉斯，没办法只好迎战了。（这里有BUG，在拿镜之碎片的时候看准位置跳过去同时使用雅露玛之羽，成功的话着地时取得镜之碎片同时因为雅露玛之羽的效果飞回山脚，但这样就算再回到山顶BOSS也不会出现了，剧情发展不了只有读取进度重来……此BUG在后面两个拿镜之碎片的BOSS处也可以使用）
消灭BOSS后祭坛也坠落在山脚，从瓦砾中爬出来发现一把剑插在那，二话不说据为己有。这是赤艾玫拉司剑布里兰特，现在已经取得两把艾玫拉司剑了。
回到列达部落把镜之碎片还给奥露哈可以取得守护种子。现在回到神秘参道，在和盖修开打的地方以布里兰特开门来到忘却之遗迹。在如图位置跳下去可取得过重腰带。
在忘却之遗迹可以取得第1个卡普拉神水（在港城利摩奇的酒吧可以和阿古换得艾美拉小锤），如图位置从四根柱子中间跳下去可取得龙神兵之手。
图中的宝箱是血之爪，从如图位置向左跳，再向右冲斩跳便可取得。
在忘却之遗迹的最深处，拾起地上的镜之碎片，又一个黄色的小妖精出现了，也召唤出BOSS——摇篮之守护者·乌德美尤。换上布里兰特吧，用这把剑打这个BOSS很好使。
战胜BOSS后继续前进，途中会看见龙神兵的幼体。来到圣地瑟米斯，见到变成白艾玫拉司石像的雅露玛，她托付给亚特鲁最后一把金艾玫拉司剑艾力克希尔。往回走刚走出门口，盖修也来了，叫亚特鲁不要多管闲事后独自进去里面，这时再进去见到他在贴符咒。
回到忘却之遗迹门口，用艾力克希尔打开上方的门取得虹之碎片和赤之石板。回去港城利摩奇把艾力克希尔锻造出技能（顺便向巴司拉姆要海神护符，得到后可以先回到月落之汀因为水深不能下去的地方去取得卡普拉神水），回到忘却之遗迹的如图地方，装备虹之碎片可以看见隐藏的平台。
一路跳过来，最后的这个地方用艾力克希尔的技能冲过去，里面是黑之石板（第1次开宝箱会跑出来3个像鬼火的魔物，消灭后再开宝箱取得石板）。
还记得拿龙神兵之手的地方吗？装备虹之碎片会发现上面还有隐藏的平台，冲刺跳过去。
里面是隐藏的最强BOSS——雅露玛的宠物·马奇伦。它的实力可是比最终BOSS还厉害，以现在的等级去打无疑是送死，还是拿了宝箱里的魔力披肩后赶紧逃走吧，等以后高级了再回来挑战。
好了，忘却之遗迹里的东西基本都拿完了，是时候向绿水洞进发了。先把镜之碎片交给奥露哈，她会给你力量种子，但这时奥露哈是在风见之丘上吹笛。（如图位置有隐藏通路，里面是利姆利亚蘑菇）
进绿水洞前也可以先到夸特拉树林西部打倒中BOSS——食人花·加波苏达拉，还有迦南平原西部的中BOSS——蜜蜂·比亚纳比亚斯，打倒蜜蜂还可以取得无音之铃（对付绿水洞的铁壳蝙蝠）。
这里的宝箱可先踩在石柱上再跳上去（如图），宝箱里面是药草。
如图位置，先跳在中间的石柱上再跳过去，用普通的跳就可以了，掉下去可要饶很大的圈子才能回来哦。过去穿过瀑布地区，跳下台阶后往上走取得金之石板。
中BOSS——水母·努多伦，用利瓦特或布里兰特打都可以。利瓦特的技能五连旋对全方位都有攻击判定，能同时应付BOSS和它放出来的史莱母；而布里兰特的储力斩能对BOSS造成连续攻击，效率快。
来到洞窟湖，盖修在湖边烦恼如何过河。哈！你不行我行，我有海神护符呢。如图位置，先站在左面六角形的石台上，冲刺跳到柱子上，再用普通跳过去宝箱位置，里面是苍之秘药。
穿过洞窟湖继续往前走来到另一个湖边，在地上拾起最后一块镜之碎片。不出所料，这次是青色的妖精出现，召唤出第4个BOSS——深渊的咆哮者·奥奇根。这时三把艾玫拉司剑起码都有6级以上了吧，对着BOSS正中一个火剑魔法加一个雷剑魔法，最少也能打掉它三分之一的血，再换风剑把BOSS放出来的蜜蜂打回去，不一会儿就可解决。可以先把BOSS的手暂时砍掉（过一会又会再长出），如果不砍掉的话就只有站在如图位置才可避开它的双手乱拍。
打倒BOSS后继续向前走，前面有岩石挡住没路了。刚想往回走，多奇从另一边一拳把岩石打个稀巴烂。走出洞穴来到日出港湾，重遇蒂拉等人，走出海盗船与拉多克对话便会回到港城利摩奇。记得在船上的如图位置取得海盗烈酒，可卖给利摩奇酒吧的卡尔曼得2500元；也可先与列达部落的托克沙（若现在过去的话他是在月落之汀）换得金之垂饰，再与利摩奇酒吧的卡尔曼换得幸运银币。
在港城利摩奇与巴司拉姆交涉完后，先回到码头找蒂拉，她会给你力量种子。回到列达部落把最后一块镜之碎片交给奥露哈，她给你卡普拉神水，接着修复好瑟米神镜。突然神镜里映出圣地瑟米斯的影象，拉瓦等人来到圣地，还等什么，也过去看看吧。来到圣地瑟米斯，由于巴司拉姆等人把盖修贴在柱子上的符咒撕了下来，让三个人造妖精趁机解封了迦南大旋涡。
由于迦南大旋涡的解封，罗门帝国舰队进入迦南诸岛。赶到列达部落时，所有人都被捉走了，奥多族长也受了重伤。安置好奥多族长，回到港城利摩奇找巴司拉姆商讨对策，这时蒂拉出现并提出声东击西的作战计划，准备好一切后与蒂拉对话开始实行计划。（记得与蒂拉对话前先做好一切准备，例如等级提升到一定程度和剑的锻造等等，上船后就不能回来了，直到打倒船上的BOSS为止）
首先进第一艘船的船舱，来到牢房打倒一士兵救出列达族的朋友，发现奥露哈和伊莎并不在这里，于是先让大家逃离这里，临走时乌鲁交给亚特鲁提督的钥匙。继续来到第二艘船的船舱，用提督的钥匙打开牢房的门，发现奥露哈被关在笼子里，同时BOSS出现——混沌的猎人·拉纳鲁拿。打这个BOSS使用布里兰特或艾力克希尔随个人喜欢（本人是喜欢用艾力克希尔啦），不推荐使用利瓦特。
打倒BOSS救下奥露哈，但亚加雷司提督却回来了，这时盖修出现两斧砍死三个（汗），杀完人后开溜。在亚加雷司提督的尸体上搜得罗门的钥匙，可以打开两艘船上的所有宝箱。
两艘船一共有三个宝箱，除了在打BOSS那艘船上控制室的宝箱里是帝国星光勋章（装备后经验双倍）之外，其余都是钱。
在圣地瑟米斯，艾伦斯特手持黑艾玫拉司剑雅露玛里恩，把变成白艾玫拉司石像的雅露玛砍碎，解开方舟最后一道封印。方舟升上海面，大旋涡再次出现，同时沉睡在忘却之遗迹深处的龙神兵进化成完全体，把罗门舰队全数消灭。
回到列达部落找奥多族长，他托付给亚特鲁龙之纹章。
还记得那三个中BOSS吗？它们都复活了，各守着一件艾玫拉司装备，记得打倒它们取得哦。夸特拉树林西部的是中BOSS——食人花·加波沙拉斯，守着的是艾玫拉司皇冠（HP最大值上升50%且提升运气）。
迦南平原西部的是中BOSS——蜂后·比亚纳布拉斯，守着的是艾玫拉司手套（攻击+5，防御+5）。
绿水洞中央的是中BOSS——海蛰·迪亚努多伦，守着的是艾玫拉司护膝（防御+5，站着不动可缓慢地回复HP）。
若这时有10万艾美拉晶石的话去找丽芙，她会帮你锻造出艾玫拉司灵铠。
来到风见之丘利用龙之纹章打开废都奇修迦尔的入口，前进不久遇到中BOSS——门卫·奇修迦伦A，用布里兰特可轻松消灭。
在如图位置取得白之石板，此时五块石板全部取得，在港城利摩奇的酒吧找欧卡斯特可换得翼神纹章（防止所有异常状态）。
继续前进，遇到第2个中BOSS——门卫·奇修迦伦B，和之前的攻击方式一样，只是多了三个无敌的小兵。
利用升降平台下来，找到四个开关升起四个连接上方入口的平台。
进入龙之回廊，在尽头发现没路可走，奥露哈出现给亚特鲁瑟米神镜，并召唤出引导之龙。这时盖修赶到，和亚特鲁一同乘坐引导之龙飞向纳比斯汀的方舟。（注意：一旦前往方舟后便不能再回来了，再这之前请将一切事情办好，例如升级、锻剑、取得道具等等，找港城利摩奇中央的艾里米奥可接到寻找比卡多的任务，分别在古拉纳峡谷山顶、忘却之遗迹最深处、日出港湾右上方、风见之丘找到比卡多归还给他，他会送你曙光守护石，作用是装备后若死亡可复活一次）
往上走来到升降平台前，发现平台每次只能乘坐一人，盖修一马当先。正当亚特鲁等待平台下来的时候，BOSS出现了——龙神兵完全体·卡鲁瓦·罗亚。此BOSS建议用布里兰特的剑技对它造成连续伤害，打倒后不要以为完了，它会顽强地继续向你爬来，再次打倒后结束。
乘坐平台来到方舟中枢，发现盖修身受重伤倒在门外。进去见到艾伦斯特和三个小妖精，原来艾伦斯特就是很久之前让方舟发生暴走引发洪水摧毁了艾鲁迪恩的人类的后裔，一场战斗在所难免。
BOSS——黑键之继承者·艾伦斯特，本人打此BOSS喜欢用艾力克希尔，小心三个小妖精的合体攻击，不时打晕其中一个就行了。
艾伦斯特被打倒后还不服输，利用黑键解封方舟企图得到超越神的力量，最终因控制不了这股力量，导致方舟再次暴走。
通过王座之间的楼梯来到秘迹之间，面对最终BOSS——气象控制装置·纳比斯汀的方舟。
消灭第一形态的6000HP后进入第二形态，第二形态比第一形态好对付多了。
纳比斯汀的方舟崩毁了，雅露玛的力量使大旋涡再次消失，亚特鲁的冒险到此告一段落，但也意味着新的冒险再次展开。END
伊苏6全装备
伊苏6全饰品
伊苏6全道具
