《秦时明月2》历练系统是整个游戏的核心PVE玩法，根据主线剧情，挑战一个个副本章节，在挑战过程中，通过挑战副本章节内每个关卡获得的星级，可以开启该章节星级宝箱获得战利品。通过挑战关卡，还可以获得经验、铜币、装备等奖励，更有机会开启云游商人。玩家在满足云游商人的进入条件后，即可通过云游商人处直接购买弟子或装备。
而章节通关后会激活更高的副本难度。
大部分章节副本都分为普通，精英和宗师三个难度，宗师难度和精英难度有着比普通难度更为丰厚的奖励。同时在完成某一关卡后即可对该关卡展开扫荡操作，扫荡最大次数为10次，可以大幅节省玩家的操作时间成本。
