五人团纷争
时间很快到了1994年，被奥特梅德教授寄予厚望的47在度过了他的30岁生日后，立刻就被投入培育仓进行了洗脑，可是，这个在过去三十年里异象百出的克隆人在接受这件事时的表现却非常平静，甚至没有过丝毫的反抗，那种平静就如同一开始就看穿了自己的命运一般。
另一方面，虽然一直以来以奥特梅德为首的五人团一起密谋的计划趋于顺利，但在这个犯罪气息浓厚的团伙中，各种猜忌和排挤却是一直都存在着的。五人团内部在围绕着克隆技术归属权的问题上展开了激烈的争斗，这种内讧就如同大厦崩跨一样颠覆了整个五人团。奥特梅德始终认为，除了部分同伙给予的资金支援外，所有与计划有关的事情都是自己苦心经营的，他绝对不能容忍同伙在对自身贡献的问题上有丝毫质疑。也就是在这段内讧时期，奥特梅德酝酿了一个自己过去想都不敢想的计划——利用47消灭同伙。
在对47洗脑之后，奥特梅德不止一次想着挑选一个合适的机会收集47的实战数据，但是他又不想在罗马尼亚搞出太大的动静，所以一直都只是心里想想，并没有被他提上日程，但是由于这次内讧的发生，让愤怒而狂热的他再也无法平静，他最后还是决定下手了——1998年，奥特梅德故意放走了洗脑完成记忆残缺的47。
逃离精神病院后的47在经过一年时间的发展后，通过自己的实力加入了一个被称为ICA的神秘杀手组织，可他却不知道，这一切都被自己的“父亲”奥特梅德监视着，甚至在他本人都不清楚自己究竟在何方的时候，奥特梅德却已经清清楚楚了。就是在这样一种情况下，47开始为那个被奥特梅德伪装成的所谓的“固定雇主”工作，这个神秘雇主为他安排了一系列的任务——虽然按照ICA的规矩，一个杀手是不能为同一个雇主工作两次以上的，但由于这个雇主出手极其大方，所以任何的条条框框在这里都是必然要被破坏掉的。
在1999到2000这整整两年的时间里，47以开膛手托拜斯（又作托拜斯·瑞伯，Tobias Ripper）的假名执行任务，他通过ICA联系人戴安娜（Diana）提供的任务简报，先后在中国的香港、哥伦比亚的亚马孙、匈牙利的布达佩斯和荷兰的鹿特丹繁忙的执行着一个又一个的任务，尽管与他对阵的刺杀目标都是些狠角色，但对于经历了三十年残酷训练的他来说，任何对手都不能阻挡自己的道路。然而，在众多的刺杀目标中，47曾有听到四个年过半百的家伙都提到了“五人团”这一名称，精明无比的47自然会去琢磨这其中的意味。他通过调查这四个已经死在自己脚下的犯罪大亨的背景之后，得出了他们都曾在法国外籍军团中服役的结论——按照杀手界的经验，接连刺杀多个有着千丝万缕联系的人，一定有着不可告人的秘密，更何况这四个刺杀目标似乎都认识自己。前后推断，47已经意识到，自己被人利用了。
完成这些任务后，“固定雇主”为47安排了最后一个任务，这个任务让47回到了起点：罗马尼亚的精神病院。对所有过去的任务有所怀疑的47明白，这个固定的雇主就是奥特梅德。在进入精神病院后没多久，47就迎上了一群装备精良、来势汹汹的特警，在这里，47并没有使用自己精通的暗杀技能，而是如破茧狂龙一般冲了上去，将这些特警全部击杀，因为，他实在是急于和自己的“父亲”当面对峙。可是，当这个机会来临的时候，47只看到实验室里出现了一群批量生产的48号克隆人，奥特梅德开始洋洋洒洒的讲述自己的伟大计划，这个疯狂的科学家在狂喜之下已经丧失了思考能力，他沉醉于自己当前的成功之中，妄想以批量生产的甚至毫无实践的克隆人围捕47。所以在这种情况下，他的失败就成为必然了。在一阵眼花缭乱的枪林弹雨中，47杀出重围来到了奥特梅德面前，他内心中那种从未有过的复杂情绪在滋长着，最终这种情绪促使他无情的杀死了奥特梅德。事后，47开始厌恶这种利用和背叛，也使得他在接下来的一段时间里，对今后要走的道路彻底失去了信心——在那个可怕屠杀发生的雨夜，47销声匿迹。
