第十三章 凤凰涅磐
几经周折，Konoko回到了父亲的实验室，经过两天的休整后，她决定到TCTF找Griffin，为Kerr舅舅、为Shinatama，也为自己讨还一个公道。
Konoko打碎玻璃天花板进入大楼内部，司令室里果然只有Griffin一个人，但他不敢正面回答Konoko的斥责，而是开动机关使整个司令台向下沉去。升降机通向总部大楼地下的机密资料库，没有4级以上的安全密码无法进入。对于没有密码的Konoko来说，唯一的办法就是令供应站反转，使资料库的电子锁过载而失效，但这就意味着向整个TCTF挑战（第一存盘点）。
Konoko走出司令室，在两边的警卫室里找到控制终端关闭了通道里的激光光栅，在控制室里操作控制终端打开通往楼下通道的门，从通道下楼来到高级安全区（存盘点2）。这里到处是TCTF特种部队，逐层解决掉他们后下楼来到安全区（存盘点3），这里的士兵不多，Konoko很快找到3个能量站，并操作控制终端使其反转，安全系统全部失效！Konoko快步赶到楼下（存盘点4），在每层的控制室里都有一台控制终端，将它们全部关闭后，通向地下室的通道打开了，Griffin果然在这里。
“你是个失败的实验品，这早就在风险预计中了，我一开始就知道可能会有这么一天的。Shinatama曾经用于在实验的各个阶段保持与你的联系，她很了解你。我想最好的结局就是没人知道你的存在，所以我将她与攻击群的控制系统连接起来，你没有机会，根本没有。”
资料库中间升起一个像“死亡之脑”一样的装置，在装置中间的竟然是……Shinatama！她被Griffin控制了！能量护栏保护着Griffin。唯一的办法就是通过断路器切断电路。Konoko发现自己必须面临一场无奈而痛苦的战斗（存盘点5）……
当第3次合上断路器时，四周的激光光栅和能量护栏一起消失了，Shinatama从装置中艰难地走出，Griffin非常惊慌，用枪指着Shinatama，枪响了，他又一次杀了Shinatama！Konoko扑过去夺过他手中的枪，该结束了！（以下有两种选择：放过Griffin或者杀死他，这将对结局产生影响）
