第一章 逃脱
当瑞德醒来后，发现自己趟在医院的病床上，直觉告诉他要赶快离开，但是首要的任务就是先找到另外3个同伴。来到门边发现大门紧闭，于是转身来到大门旁的电子仪器前，发现的地上有个蓝色的小点。站在附近，系统就会出现一个提示，点击小键盘5（游戏默认设置，玩家可以根据自己需要自行改动）后就能将门打开。出房间按照这种方法在打开第二扇电子门时，旁边突然出现一个机器守卫，将其打倒后就能进入其它房间，而其它房间里同样也会出现许多的机器守卫。打打停停终于来到医院的资料室，室中电脑大屏幕上显示的正是自己妻子苏的身体资料。
这时场景转换到杰尼这边，当发现自己身体的异状后，杰尼的想法与瑞德相同，但是房间外的机器守卫却非常多，同时在电子门的通道之间还开着电子防护网。打开防护网的方法很简单，与开门方法相同。这时苏也醒了过来，感觉到身体不同平常的同时也听到不远处的打斗声，因此决定出去看看。但是门外的机器守卫可不答应，轻松解决掉它们后，在一个房间中找到了自己的丈夫瑞德。两人简单问候之后继续寻找其它同伴，可是在通过一扇电子防护门时遇到了点小麻烦，门边开门的仪器不能使用。但是这难不倒苏，给瑞德加上一个能量护盾，后者就能轻松通过。
通过几个房间后就会找到苏的弟弟火焰侠杰尼，姐弟见面自然十分高兴。简单了解一下彼此的情况后，三人继续出发寻找最后一名同伴——本。在一个电子防护网后面的大门内传出砸门的声音，苏大声呼叫本的名字，果然本就在里面。但是本确告诉门外的三人不要进去，说完后自己还将房间的窗户给强行撞开，并且跳楼跑了。
第二章 本的迷惑
跑到一条大街上的本，内心充满着恐惧与迷茫，原来拥有了超能力后的他，外貌变的十分丑陋，全身皮肤有如石头般坚硬，而且还有满身的皱纹，而这就是他不愿与同伴见面的原因。但是没跑多远的本却被大街上那些地痞流氓拦住，双方一语不合就打了起来。原本脾气就十分火爆的本，现在更是暴跳如雷，那些小喽啰自然不是本的对手。轻松解决敌人之后，穿过几个街区，就会来到一个小屋前。屋里突然出现一个身强力壮的大个子，嘴里说本打伤了他的小弟，他要找本报仇。本当然不会怕他，两人废话了几句后就开始动手。
打倒大个子后，本继续前进，来到了一个似乎是酒馆的建筑物前面。酒馆里面的地痞流氓知道有人来抢自己地盘，纷纷从里面冲出，有的甚至在里面向本扔酒瓶。酒馆里会不断有人冲出来，本再强悍也感到了厌烦，所以干脆将酒馆一起拆掉了事。拆酒馆的方法就是将门口的4根柱子打断即可。之后穿过废墟，又来到一个街区，这时另一个小BOSS出现，同样也是个大个子。此处战斗时需注意旁边的那些地痞流氓，被围住后虽然没有大碍，但是也只能被动挨打，所以最好多使用技能合组合拳。将讨厌的地痞流氓全部清理掉后，本发现自己还救了一名黑人MM，于是上前大献殷勤，却发现MM对他有点害怕，顿时感到十分懊恼。
与此同时瑞德和苏也在本的后面紧紧跟随，通过询问路人两人很快将本的大致方位了解清楚，但是追到本后，本的情绪仍然十分不稳定，在拒绝掉夫妻二人的帮助后，还是不敢面对同伴而再次逃跑。瑞德和苏没有放弃本，继续在本后面紧紧跟随，但是路上的地痞流氓认定瑞德和苏是本的同伴，并对他们二人发起了攻击。摆脱小喽啰的纠缠后，夫妻二人发现与本的距离拉远。本跑到一座大桥上，这时桥上正好发生了交通事故，使命感驱使着本不能袖手旁观，救出几人后，本发现一辆消防车的半个车身已经悬在桥外，就快要坠落桥下。本即时赶到，抓住车尾后想往安全地方拉，但是车身下滑过快……眼见本快支撑不住时，背后瑞德和苏即时出现，一同赶来的还有杰尼，最后4人联手将消防车托了上来。此时本也不再逃避，接受了事实，同时队友间并没有因其外貌的改变而疏远他，也令他倍感欣慰。之后大家重修旧好。
第三章 调查
1.英雄救美
有消息称在地铁站出口处出现未知怪物，在威胁大家安全的同时还抢劫财物。本和瑞德及时出现在现场，发现这起事件的策划者是一位身材矮小的胖子。胖子发现有人前来干扰犯罪，心里十分不爽，在吩咐手下的怪物继续闹事后，自己却先跑了。本和瑞合力干掉怪物后，旁边的一名警官告诉本和瑞德，在地下还有大量的怪物，而且还有一名女乘客被它们劫持。警官帮助二人打开通往地下的大门，让本和瑞来到地下。杀掉所有怪物就可以救处被困的女人质，本发现这名女人质就是在第二章遇到的黑人MM，两人叙旧几句后，本自告奋勇背MM上去。回到地面，本关BOSS也出现在本和瑞德面前。该BOSS全身长有巨大的尖刺，正面攻击对其无效，而它的弱点就在背后的腰部，耗费较多时间最终本和瑞德将其打败。
2.下水道的维修工
解决到BOSS后，瑞德决定与本分开，只身前往地底调查。来到一处下水道时发现，这里有一名维修工人被怪物包围。将他救出后，他告诉瑞德，怪物在附近的洞穴里收集了大量不知名的东西。在干掉两只会钻地的怪物后就能打开通往洞穴的门。来到洞穴后发现之前有过一面之缘的矮胖子也在这里，大家聊了几句后，胖子又跑掉，同时洞内出现大量的怪物。消灭怪物后，之前在地上见到过的BOSS怪物再次出现。打到它之后，就可继续深入洞内。眼看要抓住矮胖子，但是关键时刻被其他的怪物救走。这时正在地面调查的杰尼也发现了怪物的秘密搬运地点，不过他的任务不是杀死怪物而是要将两个搬运口给堵住，玩家只需将搬运口两旁的支撑柱破坏即可完成任务。
3.击倒BOSS怪
由于计划屡次被Fantastic Four破坏，矮胖子恼羞成怒，将一体型庞大的BOSS叫出地底，并在地面上大肆毁坏建筑。瑞德四人闻讯赶到后，与胖子交涉，但是矮胖子根本不与理会，双方随即展开战斗。这次战斗的主角是苏，怪物体积太大所以不能移动，而玩家只需看准时机将BOSS的双手限制住，这样就能慢慢将其消灭，而限制怪物双手的方法，游戏会自动提示玩家。
